nature-writing

Nature 形式の科学論文執筆 — ルーター

このスキルは 2 つのレイヤーに分かれています。

• static/ 配下の静的レイヤーには、バージョン管理された再利用可能なコンテンツの断片（基本方針とワークフロー、論文種別ごとの手引き、セクションごとの執筆ガイダンス、初回投稿ガイダンス、言語別ルール、ジャーナルごとのスタイル）が含まれています。
• このファイルと manifest.yaml で構成される動的レイヤーは、依頼の軸を判定し、現在の作業に必要な断片だけを読み込みます。

記憶に基づいて執筆や編集のロジックを適用しないでください。以下で選択されたルートの内容だけを読み込んでください。

ルーティングプロトコル

0. 執筆の前に、既存コンテンツに関する依頼をルーティングする

manifest.yaml を読み、次に 1 つ以上の special_routes を判定します。

• polish-existing — 言語のみの編集、校正、原文に忠実な翻訳、または提示された原稿テキストの局所的な再構成。references/polishing-workflow.md を読んでください。編集によって別個の執筆依頼が明らかになる場合を除き、執筆の基本ルートと執筆の各軸はスキップしてください。
• latex-layout — 文言ではなく、配置や組版に関する依頼。references/latex-layout.md を読んでください。文章に関するすべてのルートをスキップしてください。
• 特別なルートなし — 以下の 5 つの執筆ステップに進みます。新しい原稿を執筆してから推敲する依頼は、通常の執筆ルートを使用します。

このショートカットにより、推敲とレイアウトのルールが通常の執筆コンテキストに混入するのを防ぎ、局所的な編集が気づかないうちに原稿全体の書き直しになるのを防ぎます。

1. マニフェストと基本レイヤーを読み込む

通常の執筆依頼では、マニフェストで各軸（task、paper_type、section、language、journal）、その値、および対応するファイルが定義されています。

また、always_load に記載されたすべてのファイルも読み込んでください。これらには、すべての執筆作業に適用される既定の方針、執筆ワークフロー、出力形式が含まれています。

2. 依頼に該当する軸の値を判定する

マニフェストの各軸について、detect: のヒントとユーザーの入力に基づいて値を決定してください。

• task — 原稿／投稿パッケージ。初回投稿用の資料には submission-package を使用します。改訂に関するやり取りには使用しません。
• paper_type — research / methods / hypothesis / algorithmic / review。既定値は research です。
• section — abstract / intro / related-work / method / experiments / discussion / conclusion / title。複数選択できます。原稿の執筆に影響する曖昧さがある場合は、ユーザーに確認してください。
• language — en または zh-to-en。ユーザーのメモそのものから判定してください。
• journal — nature / nat-comms / generic。既定値は generic です。Nature Communications は明示的に nat-comms に、その他の Nature 系姉妹誌は nature にルーティングしてください。

明白な軸の選択は内部で処理してください。明白でない選択が原稿に影響する場合に限り、短い前提を 1 つ提示してください。曖昧さによって科学的な論旨や成果物が大きく変わらない限り、作業を中断しないでください。

3. 該当する断片を読み込む

各軸の値に対応するファイルをマニフェストから読み込んでください。task が submission-package の場合、またはユーザーがセクションの文脈なしで独立した議論の段落を明示的に求めている場合は、section 軸をスキップしてください。

static/ 内のすべての断片を読む必要はありません。ステップ 2 で選択されたものだけを読み込んでください。

4. 読み込んだ資料を使って草稿を作成する

読み込んだ断片を、次の優先順位で適用します。

1. 基本方針と受け付け（static/core/stance.md）— 草稿を作成する前に、不足している主張／ 根拠／境界を明らかにします。
2. 論文種別の執筆ガイド — 論旨の流れ、執筆順序。
3. セクション固有の執筆ルールと構成。
4. task=submission-package の場合は、タスク固有の投稿ルール。
5. ジャーナル固有の位置づけと制約。
6. 言語固有の文と段落のルール（最後に適用します）。

task=manuscript の場合は、static/core/workflow.md を最初から最後まで実行します。著者が提示した主張、根拠、境界が明確な場合、計画は内部にとどめてもかまいません。

task=submission-package の場合は、代わりに static/fragments/task/submission-package.md と references/submission-package.md に従います。提出物一覧表と準備状況の監査を作成し、事務的な投稿資料に論文の段落構成を無理に当てはめないでください。

根拠が不足していても、範囲を限定した有用な骨組みを作成できる場合は、プレースホルダーを記載し、Assumptions or missing inputs: の下に一覧化します。未解決の選択によって科学的な論旨、主張の強さ、または依頼された成果物が大きく変わる場合に限り、対象を絞った質問を少数尋ねてください。

5. 必要な場合に限り参考資料を参照する

references/ 内のファイルは詳細な参考資料および事例ライブラリであり、既定で使うものではありません。マニフェストの references.on_demand 表に従い、必要に応じて参照してください。一般的なトリガーは次のとおりです。

• ユーザーが具体例やテンプレートを求めている → references/examples/index.md。
• セクション断片だけでは、そのセクションの草稿の構造上の問題を説明できない → 該当する references/<section>.md。
• 幅広い読者向けの Nature の要旨の書き出しが必要、または「summary paragraph」について尋ねている → references/nature-summary-paragraph.md。
• ユーザーが「この段落の流れは自然ですか？」と尋ねている → references/paragraph-flow.md。
• ユーザーが自己レビューまたは却下リスクの監査を求めている → references/paper-review.md。
• ユーザーが初回投稿一式、テンプレート、または投稿準備状況の監査を依頼している → references/submission-package.md。

投稿の境界

• nature-writing は、査読前に用意する初回投稿用資料を担当します。
• nature-response は、改訂時のカバーレター、反論書、項目別回答、変更履歴付き原稿、異議申し立て、その他の決定後のやり取りを担当します。
• グラフィカルアブストラクトと目次用画像は nature-figure に、投稿前の模擬査読は nature-reviewer に振り分けます。

完了条件

依頼されたセクションまたは投稿資料がそろっており、実質的な主張がすべて著者提供の根拠に裏付けられているか、仮定またはプレースホルダーとして明示され、数値、引用、用語、主張の強さに一貫性があり、参考文献や結果を捏造しておらず、重要な不足情報が報告されている場合に限り、完了とします。プロセスに関する注記で回答を冗長にしないでください。