pacsomatic

pacsomatic

概要

このスキルは、検証、成果物の生成、任意の実行を処理する単一のヘルパーエントリーポイントを中心とした、nf-core/pacsomatic の再現可能な実行ワークフローを提供します。

主なエントリーポイント：

• scripts/run_pacsomatic.py

ヘルパースクリプトは、次の処理を行います。

• 必須の識別子、ファイル、リファレンスモード、実行時の前提条件を検証します
• pacsomatic 互換のサンプルシート（patient,sample,status,bam,pbi）を書き込みます
• 再現可能な再実行のために params YAML と起動スクリプトを生成します
• ドライラン検証と、実行／送信の両方の方法に対応します

pacsomatic の操作では、このスキルを既定の方法として使用してください。ユーザーから手動でのコマンド作成を明示的に求められない限り、手作業で組み立てた nextflow run nf-core/pacsomatic コマンドを使用して、この方法を迂回しないでください。

このスキルを使用する場面

ユーザーが次のことを依頼した場合に、このスキルを呼び出してください。

• BAM ファイルから対応する腫瘍・正常サンプルの解析を実行する
• pacsomatic のサンプルシートや起動用成果物を生成または修正する
• ローカルで実行するか、スケジューラー（LSF/Slurm/PBS/SGE）に送信する
• 実行前にドライラン検証を行う
• 起動失敗のトラブルシューティングや実行出力の要約を行う

次の目的には、このスキルを使用しないでください。

• 実行レベルの妥当性確認を超える、生物学的な詳細解釈
• 明示的に依頼されていないパイプライン内部の編集

典型的なトリガーフレーズ：

• 「この腫瘍・正常ペアに対して nf-core/pacsomatic を実行して」
• 「pacsomatic のサンプルシートと起動スクリプトを準備して」
• 「まずドライランを行い、不足しているものを教えて」
• 「pacsomatic を slurm/lsf に送信して、ジョブ ID を返して」
• 「pacsomatic の送信に失敗したのはなぜ？」

ルーティングと実行のルール

1. 必ず最初に、実行に必要な入力をすべて収集します。
2. 検証と成果物の生成には、必ず scripts/run_pacsomatic.py を使用します。
3. ユーザーが確認や検証のみを求めた場合は、既定で --dry-run を使用します。
4. --run は、ユーザーが実行または送信を依頼した場合にのみ使用します。
5. スケジューラーモードでは、エグゼキューター固有のリソース引数を含め、取得できた場合は検出したジョブ ID を返します。
6. 実行に失敗した場合は、最初の失敗箇所と次のトリアージ対象（.nextflow.log、pipeline_info、失敗したタスクのログ）を報告します。

必須入力

必須：

• 腫瘍 BAM のパス
• 正常 BAM のパス
• 患者 ID
• 腫瘍サンプル ID
• 正常サンプル ID
• 出力ディレクトリ
• リファレンスモードを必ず 1 つ指定：--fasta または --genome

任意：

• プロファイル、リソース、スケジューラーのアカウント／キュー
• パイプラインのバージョン（-r）
• params ファイル、resume/report/dag フラグ
• --dry-run および／または --run

ワークフロー

1. ID と入力の制約を検証します。
2. 必須のローカルパス（BAM、任意の PBI、任意の FASTA）を検証します。
3. 実行環境と依存関係を確認します。
4. サンプルシートと生成する params YAML を作成します。
5. 選択したエグゼキューター用の起動スクリプトを生成します。
6. --dry-run が指定され、--run が指定されていない場合は、成果物の生成後に終了します。
7. --run が指定されている場合は、ローカルで実行するか、スケジューラーに送信します。
8. コマンド／スクリプトのパス、検証ステータス、ジョブ ID（検出できた場合）を返します。

エージェントの応答要件

呼び出し後のすべての応答に、次の内容を含めてください。

• 実際に使用したコマンド、または生成したスクリプトのパス
• 検証チェックを実行したことの確認
• 実行タイプ（dry-run または run）
• 取得できた場合はスケジューラーのジョブ ID
• 検証またはトリアージの具体的な次の手順を 1 つ

クイックスタート

ドライラン：

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --dry-run

スケジューラーでの実行例（Slurm）：

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --executor slurm \
  --queue compute \
  --project my_account \
  --cpus 16 \
  --memory-gb 64 \
  --walltime 48:00 \
  --run

設定

プロファイル／エグゼキューター／実行時の既定値の基準として config.yaml を使用します。ユーザーの要件が異なる場合は、呼び出し時に上書きしてください。

テスト

スキルのルートディレクトリからユニットテストを実行します。

python -m unittest discover -s tests -v

参考資料

• references/agent-playbook.md
• references/config-and-output.md
• references/pacsomatic_guide.md
• scripts/run_pacsomatic.py