paper-bootstrap

論文プロジェクトの立ち上げ

概要

このスキルは、論文プロジェクトを良くする前に、執筆可能な状態に整えるために使用します。目的は、定型ファイルを生成することではありません。原稿の実質的な正本を特定し、ワークフローに役立つフォルダーだけを作成し、投稿先と貢献の位置づけを早い段階で正しく定めることが目的です。

ユーザーが投稿先を明示的に指定しない限り、幅広い影響力を狙うジャーナル論文では、デフォルトでグローバルな Nature スタイルを採用します。

原稿が複数回にわたって実施された実験、作成された図、または得られた結果に依存する場合は、執筆が記憶だけに頼らないよう、早い段階で軽量なプロジェクト状態ドキュメントを初期化します。project_truth.md、decision_log.md、result_summary.md、paper_handoff.md がこれに該当します。

クリーンな基本レイアウトをすばやく用意する必要がある場合は、ヘルパースクリプトを使用します。

python ~/.agents/skills/paper-bootstrap/scripts/init_paper_layout.py path/to/paper
# Claude Code (global install): replace ~/.agents/skills with ~/.claude/skills
# Claude Code (project-local install): replace ~/.agents/skills with .claude/skills

使用するタイミング

次の場合にこのスキルを使用します。

• 新しい論文ディレクトリを作成するとき
• 既存の論文ディレクトリで、草稿、図、メモ、出力ファイルが複数の場所に散在しているとき
• 有効な原稿の正本がどのファイルか不明なとき
• プロジェクト固有の記憶がまだないとき
• 改訂を始める前に、執筆ワークフローのためのクリーンな開始時の構成が必要なとき

次の場合にはこのスキルを使用しないでください。

• 最終段階でのセクションの推敲
• すでに安定した原稿内で、図ごとの論理を修正するとき
• 論文の構成がすでに固まった後で、会議テンプレートに変換するとき

立ち上げの順序

1. 何かを作成する前に、現在の論文ディレクトリを確認します。
2. 有効な原稿の正本を特定します。
3. 論文の貢献の種類を分類します。
   • 手法
   • フレームワーク
   • ベンチマーク
   • リソース
   • 生物学的知見
   • 混合型。ただし、明確に優勢な貢献が1つあるもの
4. 作業に適用する投稿先のスタイルを定めます。
   • ユーザーから別途指定がなければ、デフォルトで Nature スタイルを採用します
   • 構成に実質的な影響がある場合に限り、投稿先固有の上書き設定を記録します
5. プロジェクトで実際に必要なディレクトリだけを作成します。
6. ドリフトの抑制に役立つ場合は、軽量な状態ファイルを作成するか、既存のものを再利用します。
   • notes/project_truth.md
   • notes/decision_log.md
   • notes/result_summary.md
   • notes/paper_handoff.md
7. 安定したローカル制約をプロジェクトの記憶に保存するか、更新します。
8. 最後に、次の内容を含む短い開始時の要約を提示します。
   • 有効な原稿ファイル
   • 優勢な貢献の種類
   • 投稿先のスタイル
   • 不足しているアセットや未解決の曖昧さ
   • 推奨する次の改訂ステップ

推奨するプロジェクト構成

この構成を機械的に強制しないでください。リポジトリが雑然としている場合や空の場合に、デフォルトの骨組みとして使用します。

• input/：外部の資料、査読者コメント、取り込んだファイル
• notes/：作業メモ、主張マップ、図の計画、会議の要約、軽量な状態ファイル
• figures/：元図と編集可能な図のアセット
• output/doc/：有効な原稿の草稿とエクスポート版
• output/review/：監査、改訂メモ、投稿前チェック

プロジェクトに既存の同等物がない場合に、notes/ 内にデフォルトで用意する状態ファイル：

• project_truth.md：現在の論文のストーリー、有効な原稿、中心的な主張、安定した制約
• decision_log.md：今後の改訂で守る必要がある、長期的に有効な位置づけや範囲に関する決定
• result_summary.md：実験結果を原稿に反映するための、裏付けのある知見、根拠の弱い知見、図との対応
• paper_handoff.md：現在の執筆準備済みパッケージ。草稿にできる内容、まだ根拠が不足している内容、各ポイントを裏付ける図や表

プロジェクトにすでに確立された構成がある場合は、それを維持し、すべてを再構築するのではなく、その構成にワークフローを適用します。

メモリのルール

次のような、安定したローカル情報のみをプロジェクトメモリに記録してください。

• 論文の主要な貢献の種類
• 図の役割に関する継続的な制約
• プロジェクト固有の用語
• 論文以外には当てはまらないローカルな設定

次の内容はプロジェクトメモリに記録しないでください。

• 一時的な ToDo リスト
• その場限りの表現上の好み
• 来週には重要でなくなりそうな、一度限りの戦術的な判断

よくある間違い

• 既存の内容を確認する前にディレクトリツリーを作成する
• 実際の貢献がフレームワークやベンチマークであるのに、あらゆる論文を方法論の論文として扱う
• 正本を明示しないまま、複数のドラフトファイルを有効な状態にしておく
• 幅広いインパクトを対象とするジャーナル原稿に、デフォルトで学会論文の構成を持ち込む
• result_summary.md と paper_handoff.md を更新せず、記憶している実験結果をもとに直接執筆する
• 安定した制約だけを記録するのではなく、ローカルの雑多な情報までメモリに保存する
• notes/ のプロセス状況（「ロック済み」、「凍結済み」、「検証済み」、ゲートの判定）を原稿の文章に持ち込む。ノートには作業の進め方を記録し、原稿には何が明らかになったかを記述します

出力基準

ブートストラップを完了したら、次の項目を報告してください。

• 有効なソースファイル
• 選択した投稿先のスタイル
• 貢献の種類
• 新規作成または再利用したディレクトリ
• 新規作成または再利用した状態ファイル
• 保存したプロジェクトメモリの項目
• 次に行う具体的な執筆ステップ