paper-workflow

論文執筆ワークフロー：ディスパッチャー

著者が具体的な執筆タスクを特定していない場合は、このディスパッチャーを使用してください。优化一下论文 や improve my manuscript のような依頼が示すのは目標であって、レイヤーではありません。原稿の作業は複数の異なるレイヤーで行われます。誤ったレイヤーから先に編集すると、編集が無駄になります。科学的な役割が誤っている段落を磨いてはならず、主張が不安定な文の句読点を整えてもなりません。

編集を始める前に依頼を分類してください。科学面から文体面の順に該当するレイヤーを確認し、確認された問題の解決に必要な専門家だけを呼び出して適用してください。診断後は、専門家一人で十分な場合もあります。一般的な依頼だからといって、繰り返し書き直す必要はありません。

デフォルトの前提：学会の投稿先が指定されていない場合、原稿はジャーナル向けの Nature スタイルに従います。

ルールの由来

これらのスキルに含まれるすべてのルールは、対象となる投稿先で論文を読む人、すなわち査読に回すかを判断する編集者、根拠を確認する査読者、または結果を活用する読者のためのものです。ルールは、Nature Portfolio のジャーナルに投稿する研究論文をデフォルトのケースとして作成されています。ルールを適用する前に、誰のどのようなニーズに応えるものかを把握してください。投稿先、論文の種類、または読者が異なる場合は、そのニーズから改めてルールを導き、返信でその旨を明記してください。ルールの文言を満たしていても、その目的に反する文章はルールに従っていません。あるケースでルールが本来の目的に反するように見える場合は、黙って従うのではなく、その点を報告してください。

ステップ 1：タスクを把握し、入力を分類する

ルートを選ぶ前に、対象となる原稿、論文の種類、依頼された範囲、対象箇所（Abstract、Introduction、Results、Methods など。以下の「対象箇所」を参照）、および出力を特定してください。提供されたコンテキストを活用し、曖昧さによって作業内容が変わる場合に限って質問してください。確認、レビュー、診断、提案の依頼に対しては、ファイルを編集せず、所見を提示します。改訂の依頼は、明示された範囲内での編集を許可します。明示的に変更不可とされた判断や数値結果は固定したままにしてください。

対象となる投稿先を特定し、その立場から二つの質問をしてください。編集者と査読者は何を確認するのか、そして誰が論文を読むのか、です。答えによって、論文で何を述べ、何を省けるかが決まります。ある投稿先の査読者が求める文であっても、別の投稿先では弁解がましく読まれることがあります。ML の学会では、テストデータをモデル選択に一切使用していないことを明確に述べる必要がありますが、ジャーナル向けの編集ではその記述を削ることもあります。nature-portfolio-playbook は Nature Portfolio のジャーナルを対象とし、conference-paper-writing は ML の学会を対象とします。投稿先が指定されていない場合は、デフォルトのジャーナル向けルートを選び、その旨を明記してください。

名前が挙がっている保護対象の文章と、依頼された編集の深さを引き継いでください。軽微な修正の依頼では、承認済みの Abstract、Introduction、Discussion の文章に手を加えないでください。保護対象の文章に重大な科学的誤りがある場合は、具体的な修正案とともに報告してください。文章をそのまま残すことは、問題がないことの証明にはなりません。新たな状態ファイルを要求するのではなく、提供された制約を再利用してください。

著者名の記載、連絡担当、および貢献者の役割は、著者が決定する事項として扱ってください。イニシャルの確認や貢献者表記の統一は、著者の追加・削除や役割の変更を許可するものではありません。イニシャルをフルネームおよび現行の原稿と照合し、対応関係が曖昧な場合は、本人を推測したり、疑わしい修正を他のメタデータに反映したりせず、その旨を指摘してください。

提供された資料を使って作業してください。段落の編集にプロジェクトの状態ファイルを要求してはいけません。論文全体を扱う場合は、既存の結果と判断記録を再利用し、セッション間のずれを防ぐために必要なときだけ簡潔なメモを作成してください。入力が PDF の場合は、編集可能な原稿が存在するかを確認してください。利用可能なツールチェーンがないのに、Word の変更履歴、PDF のレイアウト編集、または LaTeX のコンパイルを約束してはいけません。根拠が不足している場合は、影響を受ける主張を特定したうえで、独立して行える編集を続けてください。不足している結果や引用を捏造してはいけません。

この表は候補となるステップを順序どおりに示したものであり、必須の書き換え手順ではありません。

入力	分類	チェーン
1 文または 1 段落	passage	write-scientific-manuscript、続いて、その文章がヘッジ表現や過剰な但し書きを含む場合、または監査的、自己批判的、開発者的、あるいは確約するような語り口で書かれている場合は anti-defensive-writing、その後 scientific-prose-style
散文で執筆または書き直すセクション 1 つ。たとえば Abstract や Introduction	section	references/section-contracts.md で該当する位置の項目を読み、上流の依存関係を確認します。必要な執筆には scientific-writing を使い、文章、姿勢、文の専門ツールは確認された問題にのみ使います
専門家向けに書かれているが、幅広い読者にも伝わる必要がある場合：「幅広い同分野の読者向け」「専門外の読者向け」「専門的すぎる」	audience	references/section-contracts.md の「読者」セクションを読みます。幅広い読者向けの位置付けでは、manuscript-optimizer を使って構成を整えます（2 文目までに読者の問題を示す、何を基準に成功を測るかを明らかにする、読者の言葉で知見を示す）。次に write-scientific-manuscript で用語と文章の論理を整え、その後 scientific-prose-style を使います。技術的な位置付けでは精度を保ちます
AI が生成したように読める場合：「AI 臭を消す」「AI 臭が強い」「AI が書いたよう」「AI が生成したように聞こえる」	ai-tone	対象テキストに対して scientific-prose-style の scripts/ai_tells.py を実行し、その references/ai-tells.md を読みます。次に write-scientific-manuscript で造語や主語の弱さを整え、anti-defensive-writing で要約、先行きへの言及、修辞疑問を見直し、scientific-prose-style で語句、構成、タイポグラフィを整えます。情報テストを適用します。何も伝えないものは削除し、同義語への置き換えはせず、数字は削除しません
科学的な結論は確定しているが、図ごとの説明のように読める Results セクション	results-flow	results-section-revision、anti-defensive-writing、続いて scientific-prose-style
草稿全体、または対象単位が指定されていない場合	manuscript	セクションごとの基準として references/section-contracts.md を参照しながら manuscript-optimizer を使います。必要な執筆には scientific-writing を使い、文章、姿勢、文の専門ツールは確認された問題にのみ使います
監査報告書、反論書、自己批評のように読める場合、ヘッジ表現や過剰な但し書き、謝罪がある場合、段落が制約から始まる場合、SI やデータに関する記述で見つからなかったことを告白している場合、フォルダー、ファイル、ビルド手順に言及している場合、または将来のリリースを約束している場合	posture	anti-defensive-writing、続いて scientific-prose-style。主張の階層がまだ定まっていない場合は、まず manuscript-optimizer を実行します。不要な免責事項と実際の適用範囲の条件は、主張がまだ変動している間は同じように見えるためです
Review、サーベイ、または Perspective	review-article	まず review-article-architecture を使い、その後、以下の Review の経路に進みます
複数のセッションにわたって引き継がれる草稿	long-draft	マーカーや状態が関係する場合は、draft-marker-discipline で現在のソースと決定事項を整合させます。研究論文では manuscript-optimizer、Review、サーベイ、Perspective では review-article-architecture を使います。長さだけを理由に Review の経路を選ぶことはありません
投稿または再投稿の直前	preflight	submission-audit、citation-verifier、claim-source-verification、stats-reporting-audit、data-availability
査読者のコメントがある場合	response	paper-reviewer で要求事項をすべて洗い出し、rebuttal-response で回答を作成して調整し、その後、再び paper-reviewer で草稿を評価します。paper-reviewer と rebuttal-response はどちらも推奨セットに含まれています
査読する原稿がある場合、または査読者が何を問題視するか予測する依頼	referee	paper-reviewer（推奨セット）
図がボトルネックの場合	figure	figure-planner、次に nature-figure でレンダリングし、その後 figure-style で確認します。最後の 2 つは --figure でインストールする図のスタックです
数式番号、フロートの配置、SI 表のページ割り、その他の LaTeX 組版	layout	references/latex-layout.md を参照しながら scientific-writing を使います。段落の区切りも意味的に修正する必要がある場合にのみ write-scientific-manuscript を使います。配置だけを理由に図の作成チェーンを選ぶことはありません
草稿がまだなく、プロジェクトが新規または整理されていない場合	bootstrap	paper-bootstrap、次に nature-portfolio-playbook
明示的な複合依頼では、複数のクラスから関連する手順を組み合わせて実行できます。解釈の違いによって許可される作業が変わる場合に限り、質問は1つだけしてください。番号付け、段落、図版にそれぞれ異なる専門知識が必要だからという理由だけで質問してはいけません。

Step 2: 作業範囲を伝え、必要な手順を実行する

選択した作業範囲と順序を、短い1行で伝えてください。たとえば、次のようにします。

主張と根拠の構成を確認し、影響を受ける結果の段落を修正して、図版と元の数値に照らして変更点を確認します。

各層を順番に確認しますが、確認することと書き換えることは区別してください。問題のない層はそのまま維持します。文単位の編集で、決着済みの構成を再検討してはいけません。関連する主張が安定してから、文体の編集を行ってください。依頼された包括的な事前確認で特定のカテゴリーを確認できない場合は、そのカテゴリーを未確認として報告し、どの入力が不足しているかを説明してください。

編集するたびに、変更したテキストと、それに依存する図版参照、比較、用語、引用を重点的に確認してください。安定した文章を、作業手順に合わせるために何度も書き直してはいけません。

出力の取り決め

• 改訂：まず改訂済みのテキストまたはファイルを提示し、その後に重要な変更点を最大3～5件、未解決の著者判断があれば提示します。短い文章なら、通常は差し替え文と簡潔な理由だけで十分です。
• 診断：優先度順に、該当箇所、理由、具体的な対処法を示します。編集には進みません。
• 事前確認：対応が必要な問題、有用な改善点、未確認のカテゴリーを区別します。ツールがない、または未読の情報源がある状態で、問題がないと結論づけてはいけません。
• 査読への回答：査読者の要望と元の番号をすべて維持し、回答を実際の原稿の変更と完了済みの根拠に結び付けます。実験の提案は、完了した実験ではありません。
• エクスポート、レンダリング、引用の照合、実験、ファイルの変更を実際に行っていないのに、実行したと主張してはいけません。詳細な作業メモは原稿の外に置いてください。

Step 3: 停止ルール

次の場合は作業を停止するか、対象範囲を絞り、その理由を説明してください。

• 上流の層で、根拠が主張を裏付けていないなど、下流の作業を無効にする問題が見つかった場合。文章を磨く前に、その問題を修正するか、明示してください。
• 依頼された範囲の作業が完了した場合。帮我把这句话改短 なら、その文章の編集と局所的な確認を終えた時点で終了します。
• 後続の層の作業が、著者が明示的に承認した判断を覆してしまう場合。

草稿が安定したら、包括的な preflight を一度実行してください。著者がそれより前の実行を依頼した場合は、不安定な状態であることを明示し、評価可能なカテゴリーだけを確認してください。不安定なテキストを監査すると、次の改訂で消えてしまう指摘が生じます。

ドリフト監査を行う前に、ドリフトした Review に scientific-prose-style を実行してはいけません。ドリフトした草稿を磨くと、ドリフトが見えにくくなるだけです。

主張の階層が安定する前に、anti-defensive-writing を実行してはいけません。主張が確定するまでは、不要な免責表現と実際の適用範囲の条件は同じように見えるため、この処理では誤ったほうが削除されます。

各レイヤー

これらのレイヤーを使って問題を診断し、依存関係の順序を保ちます。

1. 構成：想定読者に合わせて、妥当な主張の階層と根拠の連鎖が組み立てられていますか？ 研究論文には manuscript-optimizer、Review には review-article-architecture を使います。
2. 文章：主張を支える完全な段落で各セクションが執筆されていますか？ scientific-writing を使い、仕上げ段階の Results の構成には results-section-revision を使います。
3. 段落の論理：この段落は読み進められますか？主題文が埋もれていないか、つなぎが欠けていないか、指示対象が曖昧でないか、名詞が連鎖していないか、比較が不完全でないか、用語が独自に作られていないかを確認します。 write-scientific-manuscript を使います。
4. 修辞的な姿勢：文章は主張を前に進めていますか。それとも、想定上の批判者と交渉していますか？ 監査の声（論文内のプロジェクトのプロセス）、防御的な声（想定上の査読者との議論）、自己批判的な声（論文が自らを評価すること）、開発者の声（論文内のリポジトリ）、コミットメントの声（今後のリリースの約束）、影響の大きい位置に置かれた留保、制約から始まる段落、反射的な X ではなく Y を確認します。SI、図表の凡例、データステートメントも対象とする anti-defensive-writing を使います。主張の階層が固まってから実行してください。それ以前は、不要な免責事項と実質的な適用範囲の条件を区別できません。条件が限定する主張そのものが、まだ変化しているためです。
5. 文：エムダッシュとセミコロンの使用量、ヘッジ表現、文のリズム、段落の書き出しを確認します。 最後に scientific-prose-style を使います。

整合性チェックは順番に行うのではなく、これらと並行して実施します：citation-verifier、claim-source-verification、stats-reporting-audit、draft-marker-discipline。

レイヤー 4 には、他のレイヤーにはない境界があります。**重要な記述は残します。**重要かどうかは、どのスキルが追加したかではなく、文が何を述べているかによって決まります。たとえば、反復単位と n、P 値なし、盲検化と除外、アクセス方法、報告上の判断の根拠となる件数、推定量の前提、帰無結果、再現性を保つために Methods に必要な適用範囲の条件、そして投稿先のジャーナルの査読者が確認する記述が該当します。anti-defensive-writing は、そのような記述を影響の大きい位置から移動したり、言及のたびに繰り返すのではなく一度だけ記したり、肯定的な適用範囲の記述に書き換えたりできますが、削除してはなりません。これを黙って削除する編集は、文体の改善ではなく報告上の不備です。整合性チェックによって追加された監査の声の表現（「確認したところ」「特定できなかった」など）は保護対象ではありません。

位置

レイヤーは、何を最初に修正するかを決めます。位置は、修正後のセクションが果たすべき役割を決めます。Abstract、Introduction、Methodsにはそれぞれ異なる基準が適用され、一部のレイヤーはセクションによって振る舞いも異なります。Methodsはほぼ全体が論旨を支える要素であり、Abstractには効果量を残しますが、検定統計量は残しません。section-contracts.mdでは、各位置の役割、依存関係、受け入れ基準、担当する専門家を一度だけ規定します。専門家はそれを適用し、再度説明することはありません。位置によって文体も異なります。前付けと各セクションの冒頭および締めくくりは幅広い分野の同僚（大同行）向けに書き、ResultsとMethodsの本文は専門家向けに書きます。契約の「読者」セクションでは、両者とその確認方法を定義しています。問題を診断する前に、対象範囲に含まれるすべての位置について該当項目を読み、編集後にも同じ項目に照らして確認してください。

各位置は互いに依存しています。

図表とエビデンス → Results → Discussion → Introduction → Abstract → Title

Methodsには実際に行ったことを記録し、手順に変更があった場合にのみ更新します。これに基づき、次の3つのルールが適用されます。

• 後続の位置への依頼は、対象を限定したままにします。現在の上流テキストに照らして編集し、結果が確定していない主張は含めないか、保留中であることを明記し、返信で依存関係を示してください。
• 上流の主張が変わったら、それを言い換えている位置を再確認します。Discussionの冒頭、Introductionの最終段落、Abstract、Title、および影響を受ける凡例が対象です。これは重点的な確認であり、書き直しではありません。
• どの位置も、上流の内容が裏付ける範囲を超えて主張してはなりません。

形式は契約の対象ではありません。Abstractの長さや構成、Abstract内の引用、Titleの長さ、Methodsの配置は、投稿先ジャーナルの最新ガイドに従います。Nature Portfolioのジャーナルについては、nature-portfolio-playbookを通じて確認します。構造化された臨床Abstractなどの汎用テンプレートを、標準として使うことはありません。

ジャーナル向けの標準的な手順

論文の進行に沿った網羅性確認用の一覧として使用し、現在の依頼に該当する手順のみ実行します。

1. paper-bootstrap
2. 掲載先への適合性や論文種別が不明な場合は、nature-portfolio-playbook
3. 実験、統計、または図表に更新があったら、notes/project_truth.md、notes/result_summary.md、notes/paper_handoff.mdを更新
4. クラス表に従ってmanuscript-optimizerまたはscientific-writingを実行し、その後、文章単位の明瞭さを確認するためにwrite-scientific-manuscriptを実行
5. figure-plannerを実行し、続いてnature-figureで作成、figure-styleで確認（figure stack、--figure）
6. Resultsが確定しているものの、展開がぎこちない場合はresults-section-revision
7. stats-reporting-audit
8. citation-verifier、続いてclaim-source-verification
9. data-availability
10. 上記の完全性チェックによって必要な記述が追加された後に、anti-defensive-writing
11. scientific-prose-style
12. submission-audit。このツールが追加した内容には、anti-defensive-writingのルール0を適用し、変更された箇所について同スキルの検出パスを再実行
13. 外部査読の後は、paper-reviewerで査読報告を一覧化し、rebuttal-responseで回答を起草・調整した後、再度paper-reviewerで草稿を評価

レビュー、サーベイ、Perspective の進め方

レビュー論文は短い研究論文ではありません。失敗の形は、データを超えて過剰に主張することではなく、別のレビュー論文になってしまうことです。

1. まず統括計画書を作成するために review-article-architecture
2. 掲載先と論文種別の適合性を確認するために nature-portfolio-playbook
3. 執筆開始前にマーカーシステムを設定するために draft-marker-discipline
4. 本文と並行して出典を確認しながら scientific-writing
5. citation-verifier、続いて claim-source-verification
6. figure-planner、続いて nature-figure と figure-style（図表スタック、--figure）
7. 圧縮作業に入る前に review-article-architecture で逸脱を監査
8. 分量を測定し、未解決事項を振り分けるために draft-marker-discipline
9. anti-defensive-writing
10. 最後に scientific-prose-style
11. submission-audit

手順 7 は手順 10 より前に実行し、決して後に回さないでください。

隣接するスキルの選び方

• セクションの大部分で文章の下書きや書き直しが必要な場合、または引用スタイルや報告ガイドラインが指定されている場合は、scientific-writing を使います。ストーリー、エビデンスのつながり、図の論理、用語が不安定な可能性がある場合は、manuscript-optimizer を使います。科学的な内容は確定しているものの、文章の理解が難しい場合は、write-scientific-manuscript を使います。
• 残る問題が主張の選択ではなく、局所的な Results の構成である場合は、results-section-revision を使います。
• 文章が正確でも、監査報告書、反論文、自己批評のように読める場合は、anti-defensive-writing を使います。たとえば、結果ではなくプロジェクトの進行過程を報告する、主張していないことを繰り返し述べる、段落の冒頭に但し書きを置く、見つけられなかったことを告白する、その場にいない批評家に向けて自己弁護する、リポジトリを記録する、まだ存在しないものを約束するといった文章が該当します。本文だけでなく、SI、図表説明、データに関する記述も対象です。残る問題が一文の中の句読点、リズム、em-dash の使用量、ヘッジの調整である場合は、scientific-prose-style を使います。防御的な文章の枠組みを取り除くと、段落の書き出しと文の境界が書き換わり、その後に句読点の見直しで調整されるため、この順番で組み合わせます。どちらのスキルもインテグリティ監査を覆すことはできません。上記のレイヤー 4 の境界を参照してください。Methods セクションは再現性を支える詳細が中心です。通常、否定形を肯定的な適用範囲の記述に改め、言及のたびに繰り返すのではなく、一度だけ述べるよう編集します。
• 文献目録そのものに問題がある場合（キーの重複、フィールドの欠落、DOI の構文、引用されているのに定義されていない文献など）は、citation-verifier を使います。引用元が、その文献を引用している文を裏付けているかどうかを確認する場合は、claim-source-verification を使います。この順番で組み合わせます。文献目録の監査に問題がなくても、主張の裏付けがあるとは限りません。ある測定実行では、提案された 139 件の情報源のうち 55 件が却下されましたが、捏造されたものはありませんでした。
• ローカルで確認するのではなく、公開中の学術 API と照合して参考文献を確認する必要がある場合は、reference-audit-guide を使います。オプションのセットで、--set all でインストールします。実行可能な検証スクリプトが含まれており、正しい形式の DOI を伴う捏造引用を検出できる唯一の段階です。
• Review、サーベイ、Perspective の場合、または複数のセッションにわたって書かれた原稿が、当初の趣旨と合わなくなっている可能性がある場合は、review-article-architecture を使います。研究論文の場合は、manuscript-optimizer を使います。
• 未解決マーカーをまとめて処理する前、原稿の文字数を引用する前、置き換えられた内容を削除する前、同じ編集を多数のファイルに適用するスクリプトを作成する前に、draft-marker-discipline を使います。
• 各図が何を論じるのかを決めるには figure-planner を使い、次に nature-figure で描画し、最後に figure-style でエクスポート前の正確さと読みやすさを確認します。後者の 2 つが図のスタックです。これらがインストールされていない場合も、figure-planner でパネルの計画を作成でき、描画は著者自身が行います。
• 会議の投稿先が明示されている場合に限り、conference-paper-writing を使います。オプションのセットで、--set all でインストールします。
• 問題が査読者の指摘内容、または査読者が回答を受け入れるかどうかである場合は、paper-reviewer を使います。著者が何を主張できるか、また回答書、原稿、Supplementary Information の整合性をどう保つかが問題である場合は、rebuttal-response を使います。この順番で組み合わせ、最後に paper-reviewer をもう一度実行して草稿を評価します。rebuttal-response は推奨セットに含まれており、paper-reviewer も推奨セットに含まれています。査読者への返答として行う原稿の変更は、anti-defensive-writing のルール 0 に従います。新たに但し書きを加えるのではなく、結果、正確な定義、または範囲を狭めた主張にします。

作業原則

古い記憶をもとに書かれたセクションを推敲してはいけません。実験、統計、または図を更新した後は、本格的な改訂に取りかかる前に、notes/project_truth.md、notes/result_summary.md、notes/paper_handoff.md を更新してください。

よくある間違い

• 実際に問題があるレイヤーを特定せずに、一般的な原稿の依頼を編集する
• カバレッジマップを、依頼のたびにすべてのセクションを書き直す要件として扱う
• 主張の階層が固まる前に、文章を磨き上げる
• まだ変わる可能性のある結果の主張を基にアブストラクトやタイトルを書いたり、主張が変わった後に再確認しなかったりする
• 投稿先ジャーナルが求めていない形式（構造化された臨床アブストラクトなど）を持ち込む
• 各セクション固有の要件を無視し、すべてのセクションに汎用的な基準を適用する
• 主張の階層が固まる前に防御的な表現を見直し、免責事項とともに実際に必要な適用範囲の条件まで削除する
• 姿勢を整えるための編集によって、科学的に必要な限界、数値結果、再現性に関する事実まで削除してしまう
• まだ構成を変更中の草稿に投稿前監査を実施する
• ドリフト監査を行う前にレビューを磨き上げる
• ジャーナル原稿にも、会議向けのライティングスキルをデフォルトで適用する
• 投稿先の査読者が何を確認するかを考えずに、何を残すかを決める（たとえば、ML論文のリークがないことを示す記述を防御的な表現として削る）
• 評価設計の問題に対し、「事前規定済み」といったラベルで答え、査読者が尋ねるであろう結果を報告しない
• AIらしい語調を単語リストの問題として扱い、情報を持たない箇所を削る代わりに、同義語を置き換えたり、「ロバスト」のような一般的な単語を削ったりする
• 最新の result_summary.md ではなく、実験の記憶を基に原稿を書き直す
• 図の凡例を終盤に編集しながら、結果の本文を再確認しない
• リポジトリの選択、アクセッションID、ソースデータの網羅範囲を、投稿ポータルを開くまで後回しにする
• 引用の書式設定と引用の検証を同じものとして扱う
• 参考文献一覧が整っていることを、出典が主張を裏付けている証拠として扱う
• 原稿に加える修正を決める前に回答書を書く
• 査読者自身の言葉で、依頼とその下位の依頼をすべて列挙せずに査読報告に回答する
• 査読コメントに番号を振り直したり、順序を入れ替えたり、テーマ別にまとめたりして、一目で網羅性を確認できなくする
• 著者が2文を指摘しているのに、段落全体を書き直す