parabricks

Parabricks

目的

このスキルを使用すると、適切な NVIDIA Parabricks の pbrun コマンドを見つけ、実行環境の準備状況を評価し、個々のツール向けにバージョンを考慮したコマンド案内を生成できます。

ワークフロー全体の調査、アクセラレーション計画、任意の GPU 分岐の接続には、このスキルを使用しないでください。パイプラインレベルの作業には、genomics-workflow-acceleration を使用してください。

このスキルを使用する場面

• ユーザーのデータと目的に適した pbrun ツールを選ぶ場合
• GPU、ドライバー、Docker、コンテナー、ストレージ、インストールの準備状況を確認する場合
• 特定の Parabricks ツールのコマンド形式、フラグ、検証方法を確認する場合
• リファレンス／インデックスの互換性や、CPU 向けオプションを Parabricks 向けに変換する場合
• 個別の Parabricks コマンドまたはツールファミリーのトラブルシューティングを行う場合
• 名前が指定された pbrun ツールについて、計画のみ、または「実行しない」前提で質問する場合（たとえば、リファレンス／インデックスの互換性、出力名、フラグの有効性）。回答にはこのスキルのリファレンスを使用してください。何も実行しないという理由で、このスキルを使わないことのないようにしてください。

前提条件

• コマンド案内： リファレンスの参照やコマンドの生成に、Parabricks／NGC の認証情報やローカルの GPU／コンテナー実行環境は必要ありません。
• 準備状況確認ヘルパー： 調査対象のホストに Bash と GNU coreutils の timeout（または gtimeout）が必要です。実行環境のコンポーネントが不足している場合は準備状況の不足として報告されます。timeout ユーティリティがない場合、プローブを実行する前に終了します。
• STAR 変換ヘルパー： Python 3.7 以降が必要です。標準ライブラリのみを使用します。GPU や Parabricks のインストールは必要ありません。
• 実行： ドキュメントに記載された Docker コマンドを実行するには、サポート対象の Linux ホスト、十分なメモリを備えた NVIDIA GPU、互換性のある NVIDIA ドライバー、Docker、NVIDIA Container Toolkit、および選択した Parabricks イメージへのアクセスが必要です。イメージのプルには、nvcr.io の認証用に NGC API キーが必要になる場合があります。バージョン固有の要件と確認方法については、runtime-environment.md を参照してください。

ツールの対象範囲：このスキルのリファレンスとユーザーが提供したマニフェストを読み取り、要求されたコマンドの成果物のみを書き込みます。変換や許可されたホストの調査には、同梱のヘルパーを使用してください。ドキュメントの参照には docs.nvidia.com を使用し、イメージへのアクセスには許可されたコンテナー実行時に限り、選択したレジストリを使用します。この指示によってツールの使用許可が与えられるわけではありません。シェル、ファイル、ネットワーク、および任意のドキュメント MCP アクセスには、ホストの権限ポリシーが引き続き適用されます。

入力

ユーザーが明示した引数と提供したマニフェストを正とし、矛盾しない範囲でのみ以前のコンテキストを使用してください。マニフェストを変換する前に、指定されたマニフェストを読み取ってください。コマンド案内では、アッセイ、入力パス、リファレンス／インデックスの由来、出力、および対象リリースを特定してください。回答を左右する不足情報のみ確認し、未解決のテンプレート値にはプレースホルダーであることを明記してください。必須入力は、選択したツールのリード／リファレンス引数と出力引数です。任意の入力には、そのツールが対応している場合に限り、インターバル、リソースバンドル、ログ、チューニングパラメーターが含まれます。テンプレートを埋めるために、これらを作り出さないでください。実行環境のみについての質問に、サンプルのメタデータは必要ありません。提供されたデプロイメントパスは、ローカルデータやハードウェアを調査する許可を意味しません。

ユーザーが適切なツールを判断できない場合は、以下のツールリファレンスインデックスを確認してから、一致する references/pbrun-<tool>.md ファイルを読み込んでください。

制限事項

このスキルは、Parabricks コマンドの振り分けと案内を行います。Parabricks のインストール、欠落しているサンプルメタデータの推定、出力の同等性の保証、臨床的な解釈、またはベンチマークデータなしでの正確な実行時間の保証は行いません。

Instructions

1. 特定のリリースを確認します。オプションの参照先では v4.7.1 を扱っています。他のリリースの例にはその旨が明記されています。ソフトウェアのバージョンとイメージタグは異なる場合があります。NVIDIA の 4.7.1 イメージのタグは 4.7.1-1 です。ユーザーが確認済みのイメージ選択はそのまま使用し、共通の起動および検証に関する契約には command-conventions.md を使用します。
2. リクエストを分類します。
   • ランタイム → runtime-environment.md
   • ツールの検索 → ツールリファレンスインデックス（以下）
   • 特定のコマンド → 該当する references/pbrun-<tool>.md。Web 検索または MCP への問い合わせを行う前に読みます。それらを利用するのは、リファレンスで確定できないバージョン依存の詳細を検証する場合に限ります。
3. ツール固有のマッピングと、選択したコマンドの名前が Tools 列に記載された shared-options.md の行を組み合わせます。STAR の引数配列または複数レーンのバッチには、ローカルの変換ヘルパーを使用します。ワークロードを実行せずにトークンを保持し、マッピングされていないセマンティクスを報告します。
4. コマンドを生成する前に、不足している生物学的情報とファイルシステムの情報を確認します。
5. 未解決の前提条件を添えて、要求されたコマンドまたは成果物を返します。計画のみの作業では、コマンドの内容をリファレンスおよび提供された事実と照合します。ファイルシステム、コンテナ、出力の確認は、許可された実行の場合にのみ行います。コマンドの準備を、実行準備状況の検査にすり替えないでください。

利用可能なスクリプト

このファイルがあるスキルディレクトリから実行します。パスはそのディレクトリを基準とした相対パスです。前述のヘルパーの前提条件を参照してください。

スクリプト	目的	引数
scripts/check_parabricks_runtime.sh	実行ホストを調査し、何もインストールせずに不足項目を報告する	--path DIR（繰り返し指定可能）、--format text|json、--timeout SECONDS。コンテナの調査には、--run-container-check または --run-parabricks-check とともに --parabricks-version TAG / --parabricks-image IMAGE を指定する必要があります
scripts/translate_star_to_parabricks.py	明示的な STAR 引数配列を、レビュー済みのコマンド案に変換する	--input FILE または --input -。リクエストと出力スキーマ

出力形式

説明を求められた場合は、判断、完全なコマンド、残っている確認事項を示します。 ファイルを求められた場合は、指定されたパスとスキーマに従って書き込み、その後読み戻して、入力マニフェストと照合し成果物を検証します。すべてのジョブ ID、省略したオプション、未解決の出力契約を報告します。指定された値を例示用の値に置き換えないでください。ランタイムヘルパーの JSON には schema_version、checks、準備状況の結果が含まれます。変換ツールは各リクエストについて status、draft_argv、command、notes、issues、untranslated を出力します。

ツールリファレンス索引

コマンド名が指定されている場合は、references/pbrun-<command>.md を直接開いてください。 ツールの選択と公式マニュアルへのリンクについては、tool-index.md を使用してください。 よくある経路：

リクエスト	リファレンス
DNA FASTQ アライメント／RNA STAR 翻訳	fq2bam / rna_fq2bam
既存 BAM の生殖細胞系列コール／腫瘍・正常コール	haplotypecaller / mutectcaller
Giraffe グラフアライメント	giraffe
STAR-Fusion の移行	starfusion
再較正／再較正レポートの適用	bqsr / applybqsr
BAM メトリクス／複数のメトリクスファミリー	bammetrics / collectmultiplemetrics
GVCF インデックス作成／ジョイントジェノタイピング	indexgvcf / genotypegvcf
パネル・オブ・ノーマルの準備／アノテーション	prepon / postpon
BWA のパフォーマンスオプション	performance

例

実行環境の準備状況

GPU、ドライバー、Docker、コンテナー、ストレージ、またはインストールに関する質問には、 runtime-environment.md を読み、次を優先してください。

bash scripts/check_parabricks_runtime.sh --format json

既知の入力／出力／一時ファイルのパスには --path <dir> を追加してください。コンテナープローブは、ユーザーの同意がある場合にのみ実行してください。

STAR 翻訳

python3 scripts/translate_star_to_parabricks.py --input requests.json

翻訳スキーマを使用してリクエストを準備してください。 ドラフトを使用する前に、issues と untranslated を確認してください。ツールリファレンスには pbrun の部分が示されています。共通のコンテナーエンベロープについては、command-conventions.md にまとめて記載されています。

トラブルシューティング

エラー	原因	解決策
該当するツールが複数ある	データ型または目的が不明確	アッセイ、入力、コーラーの希望、必要な出力を確認し、ツールリファレンス索引を使用する
正確なフラグの指定を求められた	オプションはバージョンによって異なる	選択したツールのリファレンス、NVIDIA のドキュメント、または pbrun <tool> --help を確認する
実行環境に関する質問	GPU、Docker、ドライバー、またはストレージ	実行環境リファレンスと診断スクリプトを使用する
ツールファミリーが間違っている	アッセイまたは入力型が不明確	振り分ける前に DNA／RNA／メチル化／ロングリード／パンゲノムを確認する
CUDA またはメモリのエラー	実行環境の準備ができていない、または GPU メモリが不足している	コマンドフラグを調整する前に実行環境を評価する
ドキュメント MCP が利用できない	接続、タイムアウト、またはサーバーエラー	まず同梱のリリースリファレンスを使用する。未解決の事実については公式のバージョン別マニュアルを参照し、残る不確実性を明記する

ガードレール

• コマンドの利用可否とオプションは、バージョンによって異なるものとして扱ってください。
• コマンド名だけから正確なフラグを推測しないでください。
• トレードオフを説明する際、単独のツールと完全なパイプラインを混同しないでください。
• DNA 用の fq2bam を RNA に、生殖細胞系列コーラーを体細胞コーラーに置き換えないでください。
• サンプル名、リードグループ、参照ゲノムビルド、既知サイトファイル、 モデルファイル、グラフリソース、コンテナータグ、または出力パスを創作しないでください。
• パッケージをインストール、アップグレード、または変更しないでください。セットアップコマンドはユーザーが実行するものとして明記してください。
• Parabricks ツールが CPU で実行されると主張しないでください。
• 比較実行なしに、生物学的な同等性や VCF の同等性を主張しないでください。
• オプションのドキュメント MCP サーバーは、同梱のリファレンスでは解決できない詳細を確認する場合にのみ使用してください。接続に失敗した場合は、検出や検索を繰り返さず、公式マニュアルを使用してください。検索に失敗したことを根拠に、オプションを確認済みだと主張しないでください。ドキュメントへのアクセスにゲノムデータや認証情報は必要ありません。

主要な参考資料

• Parabricks のドキュメント MCP サーバー： https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/_mcp/server
• Parabricks のツール一覧： https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/tool-reference
• 出力精度と互換性のある CPU ソフトウェアのバージョン： https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/about-parabricks/software-overview/output-accuracy-and-compatible-cpu-software-versions
• はじめに： https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/get-started
• 概要： https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/about-parabricks