pubchem-database

PubChem データベース

前提条件

1. uv：uv スキルを読み、セットアップ手順に従って、uv がインストールされ、PATH に設定されていることを確認してください。
2. ユーザーへの通知：.licenses/pubchem_database_LICENSE.txt がワークスペースのルートディレクトリにまだ存在しない場合は、（1）ユーザーに https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/citation-guidelines および https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/pug-rest の利用条件を確認するよう明確に通知し、（2）通知文とタイムスタンプを記録したファイルを作成してください。

クイックスタート

PubChem へのクエリは、利用規約を遵守し、複雑な JSON の解析に対応するため、堅牢な Python ラッパースクリプトを介して実行します。このスクリプトにより、複数エージェントで安全に API を利用できます。

例：化学物質名から化合物 ID（CID）を解決する

uv run scripts/pubchem_api.py resolve --name "aspirin" --output result.json

基本ルール

• ラッパーを使用する：データベースに直接アクセスするのではなく、必ず付属のヘルパースクリプトを実行してデータベースにクエリしてください。スクリプトは必要なレート制限を自動的に適用します。
• 生成された JSON 出力ファイルを読み込み、jq またはコードで処理してください。
• 情報を検証する：PubChem で確認可能な特定の事実についてユーザーから質問された場合は、記憶から取得した情報を必ずデータベースへのクエリで検証してください。内部知識だけに頼らないでください。
• 通知：このスキルを使用した場合は、その旨を出力に記載してください。

基本機能

1. 化合物の解決（名称または InChI から識別子を取得） 化学物質名や商品名、InChI 文字列を PubChem CID、SMILES、InChIKey に変換します。

uv run scripts/pubchem_api.py resolve --name "ibuprofen" --output result.json
# OR
uv run scripts/pubchem_api.py resolve --inchi "InChI=1S/C3/c1-3-2/i1+1" --output result.json

2. 物理的・化学的特性の取得 計算済みの特性（例：MolecularWeight、XLogP、TPSA）を取得します。

uv run scripts/pubchem_api.py properties --cid 2244 --output result.json

3. 同義語と商品名 別名やブランド名を検索します。

uv run scripts/pubchem_api.py synonyms --cid 2244 --output result.json

高度な情報

4. 安全性と危険有害性情報（GHS） 世界調和システムの危険有害性に関する注意書きと取り扱い上の注意事項を取得します（PUG-View を使用）。

uv run scripts/pubchem_api.py safety --cid 2244 --output result.json

5. 医薬品・薬剤情報 FDA の薬理学データ、作用機序、治療用途を取得します（PUG-View を使用）。

uv run scripts/pubchem_api.py pharmacology --cid 2244 --output result.json

6. カスタム見出し（PUG-View） PUG-View システムから特定の見出し（例：「Geometry」、「Crystal Structures」）を取得します。

uv run scripts/pubchem_api.py view --cid 3939 --heading "Crystal Structures" --output result.json

7. 画像の生成 2D 化学構造画像を取得します。スクリプトは Markdown 形式の画像リンクを返します。

uv run scripts/pubchem_api.py image --cid 2244 --output result.json

複雑な検索と生物学

8. 構造ベースの検索（類似性と部分構造） SMILES 文字列に類似した分子や、特定の部分構造を含む分子を検索します。

uv run scripts/pubchem_api.py similarity --smiles "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O" --output result.json

および

uv run scripts/pubchem_api.py substructure --smiles "C1=CC=CC=C1" --output result.json

9. BioAssay と標的の相互作用 化学物質が相互作用する遺伝子やタンパク質を特定します。

uv run scripts/pubchem_api.py assays --cid 2244 --output result.json

高度な使い方とワークフロー

10. 相互参照（Xrefs） CID と相互参照されている識別子（例：PatentID、PubMedID）を取得します。

uv run scripts/pubchem_api.py xrefs --cid 2244 --type "PatentID" --output result.json

11. 特性範囲検索 指定した特性範囲内にある CID を検索します。対応する機能：molecular_weight、heavy_atom_count、xlogp、tpsa、h_bond_donor_count、h_bond_acceptor_count、rotatable_bond_count、exact_mass、monoisotopic_mass、complexity。

uv run scripts/pubchem_api.py range --feature molecular_weight --min 400.0 --max 400.05 --output result.json

12. カスタム PUG-REST クエリ PUG-REST API に対して生のパスを実行します。

uv run scripts/pubchem_api.py query --path "compound/cid/2244/xrefs/PatentID/JSON" --output result.json

フォールバック検索戦略

名前または化学式による直接の解決に失敗した場合（例：複雑な化合物や特定のイオン）：

• 親化合物／中性分子を検索する：イオンや塩を検索している場合は、中性の親化合物を検索してみてください。
• 複雑な化学式を分解する：複雑な化学式で結果が見つからない場合は、主要成分や配位子を検索してみてください。
• 部分構造検索または類似性検索を使用する：SMILES 文字列がある場合、または成分の SMILES 文字列を生成できる場合は、それを使って関連化合物を検索してください。

複雑なクエリと複数ステップのタスク

• カスタム／複雑なクエリ: 詳細については、 references/endpoints.mdを読んで、生のPUG-REST URLを組み立ててください。
• 複数ステップのタスク: 創薬パイプラインのような複雑なタスクでは、 references/workflows.mdのチェックリストに従ってください。