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pubmed-trends

pubmed-trends

github.com/bmilesデータ・データベース045 回インストール15 週間前に更新
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pubmed-trends について

PubMedとOpenAlexの論文動向を分析する研究インテリジェンスAPIです。研究者やエージェントが、x402経由のUSDCマイクロペイメントでトレンド比較、主要論文の検索、新興分野の探索を行えます。

主な機能

  1. 01論文数と時系列トレンドの取得
  2. 02研究テーマと成長率の比較
  3. 03スコア付き主要論文とダイジェストの取得
  4. 04週間急増テーマと新興分野の追跡
  5. 05サブトピックと著者指標の探索

活用シーン

  1. 01検索テーマの論文数の確認
  2. 02研究分野間の成長率の比較
  3. 03期間を指定した重要論文の検索
  4. 04カテゴリを走査して上昇中のテーマを発見

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/bmiles/pubmed-trends-skill --skill pubmed-trends

インストール後、Claude Code で/pubmed-trendsを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイル.claude/skills/pubmed-trends

詳細

PubMed Trends API

PubMed の 3,700 万件以上の記事から、クエリごとに課金される研究インテリジェンスを提供します。API キーもサブスクリプションも不要です。Base 上で x402 を介した USDC のマイクロペイメントのみで利用できます。

ベース URL: https://pubmed.sekgen.xyz

関連スキル: 決済コマンドには、coinbase/agentic-wallet-skills から x402 をインストールしてください。

エンドポイント

GET /api/v1/snapshot — $0.01

単一年の出版件数です。手早く検索する場合に最も安価な選択肢です。

パラメーター必須デフォルト説明
queryはい—PubMed 検索クエリ
yearいいえ現在の年検索する年
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/snapshot?query=CRISPR&year=2025'

count、total_pubmed、proportion(PubMed の全記事に占める割合)を返します。

GET /api/v1/trends — $0.01

指定した期間の年ごとの出版件数と、増加分析を返します。

パラメーター必須デフォルト説明
queryはい—PubMed 検索クエリ
start_yearいいえ現在の年 - 10開始年
end_yearいいえ現在の年終了年
sourceいいえpubmedpubmed または openalex
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/trends?query=GLP-1+agonist&start_year=2015'

年ごとの count、yoy_growth に加え、分析結果として cagr、trend_direction(成長中/減少中/安定/新興)、peak_year、acceleration を返します。

GET /api/v1/compare — $0.02

2〜5 個の検索語句の出版動向を比較します。最も急速に成長している分野を特定し、クロスオーバー時点を検出します。

パラメーター必須デフォルト説明
termsはい—カンマ区切りの検索語句(2〜5 個)
start_yearいいえ現在の年 - 10開始年
end_yearいいえ現在の年終了年
sourceいいえpubmedpubmed または openalex
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/compare?terms=CAR-T,bispecific+antibodies,antibody+drug+conjugate'

各検索語句の系列と cagr、trend_direction に加え、ranking_by_growth と crossover_years(ある検索語句が別の検索語句を上回った時点)を返します。

GET /api/v1/pulse — $0.02

7 日/30 日/90 日の期間と前年比の変化を含む、リアルタイムの出版動向を返します。

パラメーター必須デフォルト説明
queryはい—PubMed 検索クエリ
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/pulse?query=prime+editing'

7 日/30 日/90 日の期間について、current と year_ago の件数に加え、change(小数で表した変化。例:0.35 は前年比 35% 増)を返します。

GET /api/v1/keypapers — $0.03

指定した期間内のクエリに関連する、スコア付きの主要論文を返します。論文は、ジャーナルの評価、出版物の種類、MeSH との関連性、引用インパクト(OpenAlex 経由)に基づく複合スコアで順位付けされます。

パラメーター必須デフォルト説明
queryはい—PubMed 検索クエリ
start_yearいいえ現在の年 - 5開始年
end_yearいいえ現在の年終了年
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/keypapers?query=base+editing&start_year=2023&end_year=2025'

スコア付き論文と、pmid、title、journal、pub_year、pub_type、score、score_breakdown(top_journal、review_or_trial、mesh_major_topic、multi_strategy_hit、relevance_rank、citation_impact)、cited_by_count、fwci(分野別加重引用インパクト)、open_access の状態、authors_enriched(名前、所属機関、国)を返します。

GET /api/v1/digest — $0.08

スコア付きの主要論文、MeSH 用語の分布、頻出著者をまとめた、包括的な研究ダイジェストです。単一の呼び出しで利用できる、最も包括的なエンドポイントです。

パラメーター必須デフォルト説明
queryはい—PubMed 検索クエリ
start_yearいいえ現在の年 - 5開始年
end_yearいいえ現在の年終了年
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/digest?query=NF2+schwannomatosis+treatment&start_year=2022&end_year=2025'

/keypapers のすべての情報に加え、mesh_terms(検索結果全体に含まれる MeSH ディスクリプターの配列)と authors(登場回数を含む、繰り返し登場する著者)を返します。

GET /api/v1/hottest-weekly — $0.05

週次スパイク比(直近7日間と30日間の平均の比較)で順位付けした、カテゴリー内の最も注目されているトピックです。PubMed のキュレーション済み用語には category(デフォルト)を、フリーテキスト検索には topic と source=openalex を使用します。

パラメーター必須デフォルト説明
categoryはい*—以下のカテゴリーを参照
topicはい*—フリーテキストのトピック(source=openalex の場合)
sourceいいえpubmedpubmed または openalex

*ソースに応じて、category または topic のいずれかが必須です。

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/hottest-weekly?category=oncology'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/hottest-weekly?topic=microbiome&source=openalex'

spike_ratio の降順でトピックを返します。値が1.0を超える場合、今週は通常より活動が活発であることを示します。

GET /api/v1/emerging — $0.05

カテゴリーをスキャンし、論文の発表率が加速しているトピックを見つけます。PubMed のキュレーション済み用語には category(デフォルト)を、フリーテキスト検索には topic と source=openalex を使用します。

パラメーター必須デフォルト説明
categoryはい*—以下のカテゴリーを参照
topicはい*—フリーテキストのトピック(source=openalex の場合)
sourceいいえpubmedpubmed または openalex
window_yearsいいえ3成長を評価する年数
min_growth_rateいいえ0.3CAGR の最小しきい値(0.3 = 30%)
limitいいえ10最大結果数

*ソースに応じて、category または topic のいずれかが必須です。

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/emerging?category=gene+therapy&min_growth_rate=0.5'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/emerging?topic=CRISPR&source=openalex'

成長しきい値を満たすトピックを、recent_cagr の降順で返します。

GET /api/v1/trending-subtopics — $0.05

研究分野内で最も速く成長しているサブトピックを見つけます。複数年の期間にわたる OpenAlex のトピック内訳を使用します。

パラメーター必須デフォルト説明
queryはい—分析対象の研究分野
windowいいえ3期間の長さ(年、2~5)
limitいいえ10最大結果数(1~25)
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/trending-subtopics?query=ulcerative+colitis&window=3'

topic_id、topic_name、年ごとのcounts、cagr、trend_direction、latest_year_count、growth_scoreを含むサブトピックを返します。

GET /api/v1/explore — $0.10

興味深い研究シグナルを見つけます。モードは2種類あります。

  1. topics パラメーターを指定した場合 — OpenAlex による複数分野のスキャン:トピックを検索し、spike_ratio x CAGR を計算して、explore_score で順位付けします。
  2. topics を指定しない場合 — D1 による MeSH 異常検知:保存済みのベースラインから z スコアの異常値を検出します。
パラメーター必須デフォルト説明
topicsいいえ—スキャンする研究トピック(カンマ区切り、最大4件)
limitいいえ5最大結果数(1~20)
min_z_scoreいいえ2.0異常検知モード(topics なし)の z スコア最小値
daysいいえ7異常検知モード(topics なし)の遡及日数(1~30)
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/explore?topics=neurodegeneration,epigenetics&limit=5'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/explore'

explore_score、spike_ratio、cagr_3y、trend_direction、latest_year_countを含む、順位付けされた結果を返します。

GET /api/v1/author — $0.02

OpenAlex を利用した著者分析プロフィールです。引用指標、所属機関、論文発表の推移を返します。

パラメーター必須デフォルト説明
nameはい*—検索する著者名
orcidはい*—ORCID 識別子(著者名の代替)

*name または orcid のいずれかが必須です。

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/author?name=David+Liu'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/author?orcid=0000-0001-8277-943X'

name、orcid、works_count、cited_by_count、h_index、i10_index、current_institution(名前、国)、top_topics、counts_by_year(年ごとの works、cited_by)を返します。

POST /api/v1/feature-request — $0.01

機能リクエストまたはデータソースの提案をメンテナーに送信します。唯一の POST エンドポイントです。JSON ボディを送信してください。x402 決済によって送信者が特定されます。検証済みの支払者ウォレットが送信者の識別情報として記録されるため、別途アカウントや認証は不要です。

FieldRequiredDefaultDescription
titleはい—短い概要(1~120 文字)
descriptionはい—リクエストの詳細(1~2000 文字)
categoryいいえ—endpoint、data、pricing、bug、other のいずれか
contactいいえ—返信を希望する場合の連絡先(任意、200 文字以下)
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/feature-request' --method POST --data '{"title":"Add clinical-trial phase breakdown","description":"Return publication counts split by clinical trial phase (I-IV) for a query.","category":"data"}'

ok、id、message を返します。検証エラーは決済確定前に 400 を返すため、却下された送信に料金が請求されることはありません。

カテゴリー

/hottest-weekly と /emerging(PubMed モード)で使用されます。

  • oncology — CAR-T、二重特異性抗体、ADC、免疫チェックポイント阻害剤、リキッドバイオプシー、KRAS 阻害剤、PARP 阻害剤、放射性医薬品、がんワクチン、空間トランスクリプトミクス
  • neuroscience — 抗アミロイド抗体、ブレイン・コンピューター・インターフェース、サイケデリック療法、GLP-1 による神経変性へのアプローチ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、脳深部刺激療法
  • immunology — mRNA ワクチン、自己免疫疾患向け CAR-T、JAK 阻害剤、制御性 T 細胞、マイクロバイオーム免疫療法、補体阻害剤
  • gene therapy — CRISPR、塩基編集、プライム編集、AAV 遺伝子治療、脂質ナノ粒子 mRNA、エピゲノム編集、RNA 干渉
  • cardiology — PCSK9 阻害剤、SGLT2 阻害剤、心臓遺伝子治療、リポタンパク質(a)阻害剤、AI 心臓画像診断、ウェアラブル ECG

無料エンドポイント

これらのエンドポイントは決済不要です。

  • GET / — サービス情報と料金
  • GET /health — ヘルスチェック
  • GET /docs — インタラクティブなドキュメント(HTML、または Accept: text/markdown を指定すると Markdown)
  • GET /llms.txt — 機械可読なドキュメント

使用例

簡単な事実確認($0.01):

「2025 年には CRISPR に関する研究がどれくらい発表されましたか?」

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/snapshot?query=CRISPR&year=2025'

技術競争($0.02):

「塩基編集は従来の CRISPR を追い越しつつありますか?」

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/compare?terms=CRISPR+gene+editing,base+editing,prime+editing&start_year=2018'

週間研究ブリーフィング($0.10):

「現在、腫瘍学と神経科学では何が急増していますか?」

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/hottest-weekly?category=oncology'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/hottest-weekly?category=neuroscience'

創薬標的の検証($0.03):

「神経変性疾患に対する GLP-1 は、実際に注目を集めていますか?」

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/trends?query=GLP-1+agonist+neurodegeneration&start_year=2018'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/pulse?query=GLP-1+agonist+neurodegeneration'

疾患領域の詳細な調査($0.13):

「NF2 神経鞘腫の治療に関する重要な論文とサブトピックは何ですか?」

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/keypapers?query=NF2+schwannoma+treatment&start_year=2022&end_year=2025'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/trending-subtopics?query=neurofibromatosis+type+2&window=3'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/pulse?query=NF2+schwannoma+treatment'

包括的な研究ダイジェスト($0.08):

「NF2 神経鞘腫症の治療研究を包括的に概説してください」

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/digest?query=NF2+schwannomatosis+treatment&start_year=2022&end_year=2025'

著者のプロファイリング($0.02):

「Scott Plotkin とは誰ですか?また、どのような論文を発表していますか?」

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/author?name=Scott+Plotkin'

探索モード($0.10):

「神経変性とエピジェネティクスの分野で、興味深い動きはありますか?」

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/explore?topics=neurodegeneration,epigenetics&limit=5'

エラー処理

  • 402 — 決済が必要です。USDC 残高を確認し、認証済み(awal auth login)であることを確認してください。
  • 400 — パラメーターが無効です。必須フィールドと制約(最大 50 年の範囲、比較では 2~5 個の用語)を確認してください。
  • 502 — 上流の NCBI エラーです。少し待ってから再試行してください。
  • 503 — サービスが一時的に利用できません。少し待ってから再試行してください。

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