pymol

PyMOL：claudemol による分子の可視化

概要

このスキルを使うと、Claude Code から claudemol のソケットインターフェースを介して、分子可視化ソフトウェア PyMOL を操作できます。以下をサポートします。

• セットアップ：claudemol と PyMOL のクロスプラットフォームインストール
• 可視化：タンパク質、小分子、複合体のレンダリング
• 論文掲載用の図：レイトレーシングによる高解像度画像
• インタラクティブな操作：PyMOL コマンドをプログラムから送信

適用シナリオ

タスクカテゴリ	例
セットアップ	PyMOL のインストール、claudemol の設定、接続の確認
構造の読み込み	PDB ファイルの読み込み、RCSB からの取得、ローカル構造のオープン
表現形式	カートゥーン、サーフェス、スティック、球体、リボン、ライン
色付け	チェーン、スペクトラム、B 因子、カスタムカラーによる色付け
選択	残基、チェーン、リガンド、結合部位の選択
カメラ	表示方向の調整、ズーム、回転、視点の保存
レイトレーシング	高品質なレンダリング、論文掲載用の図
エクスポート	画像（PNG）、セッション（PSE）、ムービーの保存

セットアップ手順

クイックセットアップ（すべてのプラットフォーム）

自動セットアップスクリプトを実行します。

python /path/to/skills/pymol/scripts/setup_pymol.py

手動セットアップ

1. claudemol をインストールする

pip install claudemol

2. PyMOL をインストールする

macOS（推奨）：

brew install pymol

Windows/Linux（ヘッドレス）：

pip install pymol-open-source

Windows（ライセンス版 PyMOL）： 既存の PyMOL インストールに接続します。references/troubleshooting.md を参照してください。

3. PyMOL を設定する

claudemol setup

これにより、PyMOL の起動時にソケットプラグインが追加されます。

4. 起動して確認する

1. PyMOL を通常どおり起動します
2. ポート 9880 がリッスンしていることを確認します。

   lsof -i :9880  # macOS/Linux
   netstat -an | findstr 9880  # Windows
   

ソケット通信

claudemol は、ポート 9880 の TCP ソケットを介して PyMOL と通信します。

基本パターン

import socket
import json

def send_pymol_command(code: str, host: str = 'localhost', port: int = 9880) -> dict:
    """Send a command to PyMOL via claudemol socket."""
    sock = socket.socket(socket.AF_INET, socket.SOCK_STREAM)
    sock.settimeout(30)
    try:
        sock.connect((host, port))
        message = json.dumps({"code": code})
        sock.sendall(message.encode('utf-8'))
        response = sock.recv(65536)
        return json.loads(response.decode('utf-8'))
    finally:
        sock.close()

複数コマンドの例

commands = """
cmd.load('1ubq.pdb')
cmd.show('cartoon')
cmd.color('cyan', 'all')
cmd.orient()
"""
result = send_pymol_command(commands)

クイックリファレンス

構造の読み込み

# From local file
cmd.load('/path/to/structure.pdb')
cmd.load('/path/to/structure.cif')

# From RCSB PDB
cmd.fetch('1ubq')
cmd.fetch('6lu7', type='cif')

表現形式

# Show representations
cmd.show('cartoon', 'all')
cmd.show('surface', 'chain A')
cmd.show('sticks', 'resn LIG')
cmd.show('spheres', 'name CA')

# Hide representations
cmd.hide('lines', 'all')
cmd.hide('everything', 'solvent')

色付け

# Color by chain (automatic colors)
cmd.util.cbc()

# Spectrum coloring (rainbow N to C)
cmd.spectrum('count', 'rainbow', 'all')

# Specific colors
cmd.color('red', 'chain A')
cmd.color('blue', 'resn LIG')
cmd.color('green', 'resi 50-100')

# B-factor coloring
cmd.spectrum('b', 'blue_white_red', 'all')

選択

# Create named selections
cmd.select('binding_site', 'byres resn LIG around 5')
cmd.select('active_site', 'resi 145+41+166 and chain A')
cmd.select('interface', 'chain A within 4 of chain B')

# Selection algebra
cmd.select('no_water', 'all and not solvent')

表示とカメラ

# Orient and zoom
cmd.orient()
cmd.zoom('all')
cmd.zoom('chain A', buffer=5)
cmd.center('resn LIG')

# Set specific view
cmd.set_view([...])  # 18-element matrix

# Store and recall views
cmd.view('view1', 'store')
cmd.view('view1', 'recall')

レイトレーシングとエクスポート

# Basic ray trace
cmd.ray(1920, 1080)
cmd.png('/path/to/output.png')

# Publication quality
cmd.set('ray_trace_mode', 1)
cmd.set('ray_shadows', 'on')
cmd.set('antialias', 2)
cmd.ray(2400, 2400)
cmd.png('/path/to/figure.png', dpi=300)

可視化ワークフロー

ワークフローの詳細については、references/visualization.md を参照してください。

• 基本的なタンパク質の可視化
• チェーンごとの色分けによるカートゥーン表示
• 透明度を設定したサーフェス表示
• リガンド結合部位
• ドメインの強調表示
• 論文掲載品質の図

コマンドリファレンス

コマンドの詳細については、references/commands.md を参照してください。

• すべての cmd.* 関数
• 選択構文
• パラメーターの設定
• カラーパレット

トラブルシューティング

プラットフォーム固有の問題については、references/troubleshooting.md を参照してください。

• macOS の GLUT エラー
• Windows のヘッドレスモード
• 接続拒否エラー
• ディスプレイの問題

よくある問題

問題	解決方法
接続が拒否される	PyMOL が起動しており、claudemol プラグインが読み込まれていることを確認します
ポート 9880 が使用中	他のプロセスを終了するか、ポートを変更します
GUI がない（Windows pip）	ヘッドレスモードまたはライセンス版 PyMOL を使用します
GLUT が見つからない（macOS）	pip ではなく Homebrew でインストールします
レイトレーシングが遅い	解像度を下げるか、シーンをシンプルにします

外部リソース

• PyMOL ドキュメント：https://pymol.org/dokuwiki/
• PyMOL Wiki：https://pymolwiki.org/
• claudemol GitHub：https://github.com/colorifix/claudemol
• オープンソース版 PyMOL：https://github.com/schrodinger/pymol-open-source