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reference-manager-interop

reference-manager-interop

github.com/kalarislabsドキュメント7355 回インストール3 日前に更新
リポジトリ

reference-manager-interop について

reference-manager-interopは、文献管理ツールと執筆ツール間で文献情報を受け渡す研究スキルです。BibTeX/BibLaTeX、RIS、CSL-JSONの変換に加え、移行と引用描画の手順を案内します。

主な機能

  1. 01BibTeX・RIS・CSL-JSONファイルの変換
  2. 02文献管理ツールのインポート・エクスポート案内
  3. 03移行後の件数と引用項目の確認
  4. 04PandocまたはQuartoによるCSL引用描画

活用シーン

  1. 01MendeleyやEndNoteから別のツールへの文献移行
  2. 02PandocやQuarto向けのBibTeXライブラリ変換
  3. 03形式変換後の文献ライブラリの確認
  4. 04指定したCSLスタイルでの引用描画

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/kalarislabs/research-agent-skills --skill reference-manager-interop

インストール後、Claude Code で/reference-manager-interopを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイルscripts/convert_refs.py

詳細

文献管理ツールの相互運用性

すべての文献管理ツールは、次の3つの交換形式のうち少なくとも1つに対応しています。

形式最適な用途備考
BibTeX / BibLaTeX (.bib)LaTeX、Overleaf、JabRefBibLaTeX は @online、@dataset、@software を追加し、biber による UTF-8 に対応します
RIS (.ris)EndNote、Mendeley、Scopus/WoS/PubMed のエクスポート1行ごとにタグがあり、一部の構造（例：団体著者）が失われます
CSL-JSON (.json)Pandoc、Quarto、Zotero、citeproc-js、Word/Docs プラグイン最も充実した交換形式で、引用スタイルにネイティブ対応しています

形式間の変換

python scripts/convert_refs.py library.ris references.bib        # EndNote/Mendeley -> LaTeX
python scripts/convert_refs.py references.bib references.json    # LaTeX -> Pandoc/Quarto
python scripts/convert_refs.py export.json out.ris --from csljson --to ris

特殊なフィールドを変換すると情報が失われます。件数を必ず比較し（grep -c "^@" refs.bib、 grep -c "^TY -" lib.ris）、姓に接頭辞（van、de、von）が付く著者や団体著者を抜き取り確認してください。その後、生成した .bib に対して bibtex-hygiene リンターを実行してください。

ツール別の手順

Zotero（推奨ハブ）

  • Better BibTeX プラグインをインストールし、コレクションを右クリック → エクスポート → 更新を保持 を選択すると、安定した引用キーを使って、原稿の隣に自動更新される .bib ファイルが書き出されます。
  • プログラムからのアクセス：pyzotero スキル（Zotero Web API。ユーザー API キーが必要です）。
  • Word/Google Docs：Zotero コネクタープラグインを使うと、引用と参考文献一覧を挿入できます。

Mendeley Reference Manager

  • エクスポート：文献を選択 → エクスポート → BibTeX (.bib)、RIS、または EndNote XML を選択します。
  • Zotero に移行するには、.ris/.bib のエクスポートをインポートするか、Zotero に組み込まれている Mendeley インポーターを使います。
  • Mendeley の Web API を使った新しい自動化は構築しないでください。代わりにエクスポートしたファイルを使ってください。

EndNote

  • エクスポート：File → Export で、出力スタイルに「RefMan (RIS) Export」(.ris) または XML を指定します。
  • 「Reference Manager (RIS)」フィルターを使って .ris をインポートします。エンコーディングが UTF-8 であることを確認してください。

JabRef：BibTeX/BibLaTeX にネイティブ対応しています。投稿前に Quality → Cleanup entries と Check integrity を実行してください。

Overleaf：Zotero/Mendeley アカウントをリンクするか、.bib をアップロードします。自動エクスポートされた Better BibTeX ファイルを使う場合は、再アップロードするか、Git で同期してください。

CSL スタイルで引用を表示する（Pandoc / Quarto）

pandoc paper.md --citeproc --bibliography references.json --csl nature.csl -o paper.docx

Quarto のフロントマター：

bibliography: references.json
csl: apa.csl          # fetch from https://github.com/citation-style-language/styles

CSL リポジトリ（10,000 以上のスタイル）から、対象ジャーナルの正確なスタイルファイルを選んでください。該当するものがない場合を除き、似たスタイルを編集してジャーナルのスタイルを近似しないでください。

移行チェックリスト

  1. 移行元ツールから、最も充実した形式（CSL-JSON またはネイティブ XML > RIS > BibTeX）でエクスポートします。
  2. 移行前後の文献数を記録します。
  3. 移行先が移行元の形式をインポートできない場合は、scripts/convert_refs.py で変換します。
  4. インポート後、無作為に選んだ10件について、著者、タイトルの大文字・小文字、収録先、年、DOI を確認します。
  5. PDF は別途、再添付してください。添付ファイルは RIS/BibTeX/CSL-JSON には含まれません。
  6. 原稿ですでに古いキーを引用している場合を除き、引用キーは再構築しないでください。

関連スキル

bibtex-hygiene、citation-verification、citation-management、pyzotero。

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