scientific-figure-pro

科学論文用図表 Pro

figures4papers プロジェクトの図表と統一感のある見た目で、論文掲載用の図表を作成または修正する際にこのスキルを使用します。

ワークフロー

1. 図表の種類（棒グラフ、傾向グラフ、ヒートマップ、散布図、複数パネル、概念図）を特定します。
2. scripts/scientific_figure_pro.py からヘルパー API を読み込みます。
3. apply_publication_style(...) でスタイルを最初に適用します。
4. make_* ヘルパーを使って図表を作成します。
5. finalize_figure(...) でエクスポートし、レイアウトと出力のデフォルト設定を統一します。

ヘルパーモジュールの使用

パッケージのインポートが難しい場合は、ファイルパスを指定して読み込みます。

import importlib.util
from pathlib import Path
import matplotlib.pyplot as plt

module_path = Path("skills/scientific-figure-pro/scripts/scientific_figure_pro.py")
spec = importlib.util.spec_from_file_location("scientific_figure_pro", module_path)
mod = importlib.util.module_from_spec(spec)
spec.loader.exec_module(mod)

コア API

• FigureStyle(...)：タイポグラフィと軸の線幅を設定します。
• apply_publication_style(style=None)：グローバルな rcParams を適用します。
• create_subplots(nrows, ncols, figsize, **kwargs)：軸を平坦化して作成します。
• make_grouped_bar(...)：論文掲載向けのデフォルト設定でグループ化棒グラフを作成します。
• make_trend(...)：信頼区間の影を任意で付けた傾向線を作成します。
• make_heatmap(...)：ラベルと注釈を任意で付けたヒートマップを作成します。
• make_scatter(...)：見やすい散布図を作成します。
• make_sphere_illustration(...)：概念を表す陰影付き球体パネルを作成します。
• finalize_figure(fig, out_path, formats=None, dpi=300, pad=0.05)：一貫した設定で出力を保存します。

スタイルポリシー

• Helvetica／Arial 系のサンセリフフォントを使用します。
• 上と右のスパインを削除します。
• 凡例の枠線をなくします。
• 意味に基づいてパレットを割り当てます。
  • 対象／提案手法には青を使用します。
  • 改善には緑を使用します。
  • 対比対象／ベースラインには赤を使用します。
  • 補助カテゴリにはニュートラルカラーを使用します。
• デフォルトで dpi=300 を使用し、密度の高い棒グラフのパネルでは dpi=600 を使用します。

実用的なデフォルト設定

• 密度の高いベンチマーク棒グラフ：FigureStyle(font_size=24, axes_linewidth=3) と幅広のキャンバスを使用します。
• コンパクトな分析グラフ：FigureStyle(font_size=15 or 16, axes_linewidth=2) を使用します。
• plt.savefig(...) を直接使う代わりに、すべての図表を finalize_figure(...) で仕上げます。

依存関係

• Python 3.8 以降
• matplotlib
• numpy

参考資料

• スタイルの根拠と再現ルールが必要な場合は、references/design_theory.md を読みます。