scientific-writing

Scientific Writing（オーケストレーター）

概要

コードと結果を含むリポジトリから、論文原稿のドラフトを作成する3段階のパイプラインです。各段階は専用のスキルを持ち、利用先リポジトリの docs/writing/<story-slug>/ に永続的な成果物を保存します。このスキルは適切な段階へ振り分け、既存の成果物があれば、そこから再開します。

方法の基盤 — 15のステップ

このパイプラインは、Drake & Han の 「How to write a scientific paper in fifteen steps」（PLOS Comput Biol、2025年）を実践に移します。中核となる原則は、表現を整える前に考えを仕上げ、研究が完了してから書くことです。 各ステージで参照するキャプション、CARS、コネクターテストの詳細を含む全ステップの説明は、scientific-writing/fifteen-steps.md にあります。各ステージは連続するステップを担当します。

ステップ	ステージ	成果物
1–2	ストーリー	主張の要点＋二部構成の物語の流れ
3–12	アウトライン	方法／結果／知見のリスト → CARS に基づく序論、知見と問題／対応を示す考察、締めくくりの主張、段落ごとの目的文、図
13–15	ドラフト	トピック文／補足文／結論文

このエージェントにも当てはまる横断的な原則は、生成AIはステップ13～15（表現）のためのツールであり、ステップ1～12（思考）のためのツールではないことです。 各ステージの成果物を形づくる知的作業を行ってから文章を整えてください。裏付けのない主張を、流暢な文章でごまかしてはいけません。

ステージ

ステージ	スキル	読み込み対象	書き込み対象
1. ストーリー	scientific-writing-story	リポジトリ	story.md
2. アウトライン	scientific-writing-outline	story.md	outline.md、references.md
3. ドラフト	scientific-writing-draft	outline.md、references.md、story.md、スタイルガイド	draft.md

振り分け

1. docs/writing/*/ に既存の成果物があるか確認します。
2. 最初に未完了のステージから再開します。
   • story.md がない → scientific-writing-story を呼び出します。
   • story.md はあるが outline.md がない → scientific-writing-outline を呼び出します。
   • outline.md はあるが draft.md がない → scientific-writing-draft を呼び出します。
   • draft.md がすでにある → すべてのステージが完了しています。draft.md を改訂する（scientific-writing-draft を再実行する）か、終了するかをユーザーに尋ねます。
3. ユーザーがステージを明示した場合は、その指定に従います。
4. 対象となるストーリーディレクトリが複数ある場合は、ユーザーに確認します。

承認とは、ディスク上のマーカーではなく、会話中のユーザーによる口頭での確認です。どのステージから再開するかは成果物の存在によって決まり、次のステージへ進むには承認が必要です（各ステージのスキルは「ユーザーが承認したら、次のステージを呼び出す」で終了します）。

ステージを呼び出す前に、どのステージに進むのか、またその理由を必ず伝えます。