scientific-writing-outline

科学論文の執筆 — ステージ 2：アウトライン

概要

story.md を箇条書きのアウトラインに変換します。各主張は、具体的なリポジトリアーティファクト（結果の箇条書き）またはウェブで検証済みの引用文献（背景の箇条書き）によって裏付けられている必要があります。superpowers:executing-plans をモデルにした複数パスの作業です。ストーリーディレクトリに outline.md と references.md を出力します。

基本ルール：裏付けのない箇条書きを作ってはいけません。箇条書きを埋めるために引用文献や数値を捏造することは、このステージにおける最大の過ちです。

ステップ 0 — 投稿先を確認する

対象となるジャーナルや形式（例：Nature／Science／Cell の生物学論文、CS の学会論文、BMC 形式のソフトウェア論文）をユーザーに尋ねます。これによりセクションの構成が決まります。選択した形式とその理由を outline.md のヘッダーに記録します。一般的な構成は次のとおりです。

• Nature／Cell の生物学論文：Abstract、Intro、Results、Discussion、Methods。
• BMC のソフトウェア論文：Background、Implementation、Results、Conclusions。
• CS の学会論文：Abstract、Intro、Related Work、Method、Experiments、Conclusion。

セクション構成 — ステップ 3～12

このステージは全 15 ステップのうち、ステップ 3～12 に当たります（詳細：scientific-writing/fifteen-steps.md）。各セクションはまずリストで作成し、文章は決して先に書かず、それぞれに求められる形にします。

• Methods（ステップ 3～5）。 コードに対応する番号付きの手法リストを、1 行に 1 項目ずつ作成します。それぞれに目的を示す「〜するために」という節を付けます（「豊富度を推定するために、希薄化を実施した」）。すべての手法は結果につながり、すべての結果は手法にたどれる必要があります。
• Results（ステップ 5）。 箇条書き 1 項目につき、観察、測定値、または統計値を 1 つ記載します。明確かつ飾り気のない表現にし、リポジトリアーティファクトと図のパネルの両方で裏付けます（このループですでに徹底されています）。
• Introduction（ステップ 6 — CARS）。 最初の 3 段落は、次の 3 つの展開を順に示します。領域（Territory）（一般的な背景、重要性、先行研究）→ ニッチ（Niche）（既存の知見に不足している点）→ 占有（Occupy）（手法と結果につながる、目的または仮説の明確な記述）。
• Discussion（ステップ 7～9）。 2 つの半分に分けます。前半は知見です。結果を解釈上の文脈に位置付け、それぞれを Introduction で提起した問題に結び付けます（知見 ≠ 結果）。後半は問題→対応のペアです。注意点、限界、異論を列挙し（ステップ 8）、それぞれに1 つずつ対応する回答を組み合わせます（ステップ 9、1 対 1）。注意点を単なる「limitations」のリストとして並べてはいけません。
• 結びの段落（ステップ 10）。 メインの主張とつながる独自の主張を持たせます。肯定的な内容で締めくくり、注意点や「今後の研究の必要性」で終えてはいけません。 主な知見の宣言、新たな問い、または具体的な応用で締めくくります。

目的文（ステップ 11）。 予定しているすべての段落に、その段落が主張の展開において担う役割を示す 1 行の目的文を付けます（例：「この段落では、標識再捕獲モデルよりも Cormack–Jolly–Seber モデルが適切である理由を示す」）。これらは草稿のトピックセンテンスの種として引き継がれます。予定している段落ごとに 1 つずつ、outline.md に記録します。

図（ステップ 12）。 論旨の流れに沿って図を並べ、主張を明確にしない図は削除します。各キャプションのトピックセンテンスは、図のタイトルとして読める完全な文にします（ラベルではありません）。また、キャプションのトピックセンテンスを順に読むと、論文全体の論旨を要約したものになるようにします。

複数パスのループ（ブロックごとに約3～8個の箇条書き）

1. 実装 — 現在のセクションブロックの箇条書きを作成します。
2. ストーリーのレビュー — story.md の主張や展開と一貫していますか？結果以外（背景／動機）の箇条書きは、文献によって裏付けられていますか？
3. 技術的なレビュー — 結果に関する各箇条書きは、名前が明記されたリポジトリアーティファクト（スクリプト／結果 CSV／プロット／ノートブック）によって裏付けられていますか？RNA-seq のカウントしきい値や x 倍比など、すべての「マジックナンバー」は、原則に基づく出典（リポジトリ内の実証結果または引用文献）によって裏付けられていますか？出典への参照を箇条書き内に追加してください。また、各結果の箇条書きが対応する図のパネル（例：Fig. 2C）も明記してください。これにより、ステージ 3 で根拠なくコールアウトを追加せずに済みます。
4. 引用文献のウェブ検証 — 新たに引用する文献ごとに、サブエージェントを割り当て（superpowers:dispatching-parallel-agents で並列化）、ウェブで次の点を検証します。（a）論文は実在しますか（著者、掲載誌、年）？（b）その内容は、該当する主張を裏付けていますか？検証結果をすべて references.md に記録してください。

最終レビュー（アウトライン全体）

• セクションと箇条書きの一貫性を確認し、すべてが主張と story.md に結び付いていることを確認します。
• すべての箇条書きに、裏付けとなる参照先（リポジトリアーティファクト）または検証済みと記された references.md の項目があることを確認します。
• つながりの確認（ステップ 7）： 結果の一覧を知見の一覧の横に並べ、各結果から、それが裏付ける知見へ線を引きます。どの結果も知見に結び付かず、またどの知見も結果による裏付けなしに残ってはなりません。つながっていない項目があれば、不足している対応項目を追加する、関連付ける、または削除して修正します。
• 計画中の各段落に目的文があることを確認します（ステップ 11）。Introduction の最初の 3 段落が CARS の 3 つの動きに対応していること、Discussion が知見、続いて問題→対応の組み合わせで構成されていることを確認します。
• その後、ユーザーに引き継ぎ、レビュー中に見つかった曖昧な点や懸念事項（例：裏付けを確認できなかった数値、主張を部分的にしか裏付けない引用文献）を明示的に列挙します。

outline.md のヘッダーテンプレート

# Outline — <title>
Venue: <journal/format>   |   Chosen because: <rationale>   |   Scaffold: <sections>
Backing legend: [repo: <path>] | [cite: <key> ✓verified]

## <Section>
**Purpose (¶1): <one-line Step-11 purpose statement>**
- <bullet>  [repo: <path> → Fig. 2C] | [cite: <key> ✓verified]
**Purpose (¶2): <…>**
- <bullet> …

references.md のテンプレート

| key | citation | exists? | supports claim? | claim it backs | source URL |
|-----|----------|---------|-----------------|----------------|------------|

危険信号 — 作業を止めて修正すること

• アーティファクトまたは検証済みの引用文献を示せない箇条書き → UNBACKED と記し、ユーザーに知らせます。根拠があるように装ってはいけません。
• 「引用文献は後で検証する」→ 今すぐ検証します。このステージの作業です。
• ウェブ検証なしに、記憶を頼りに論文を引用すること → 禁止です。
• 掲載先を確認する前にセクション構成を選ぶこと → まず確認してください。

言い訳	実情
「スケジュールが遅れているので、ウェブ検証を省略しよう」	未検証の引用は、撤回リスクの最大要因です。検証こそが作業です。
「この数値が正しいのは明らかだ」	結果には必ずリポジトリアーティファクトがあります。それを示すか、問題として報告してください。
「査読者が誤った引用に気付くだろう」	誤った引用を公開しないことが、あなたの役目です。

次のステージ

ユーザーが outline.md を承認したら、scientific-writing-draft を呼び出します。