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setup-medsci

setup-medsci

github.com/aperivue開発353104 回インストール1 日前に更新
リポジトリ

setup-medsci について

setup-medsci は、MedSci Skills 環境がツールとバージョンの要件を満たすか確認する診断スキルです。ソフトウェアのインストールや設定変更は行わず、結果とドキュメントへのリンクを提示します。

主な機能

  1. 01OS の検出
  2. 02必須・任意ツールの確認
  3. 03バージョンとコマンド失敗の報告
  4. 04セットアップ文書へのリンク
  5. 05Markdown 診断テーブルの出力

活用シーン

  1. 01MedSci Skills 環境の確認
  2. 02GitHub 用診断レポートの準備
  3. 03不足ツールのセットアップ手順の確認

MCP 対応

`claude mcp list` を使って MCP サーバーの接続状態を確認し、MCP 設定は変更しません。

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/aperivue/medsci-skills --skill setup-medsci

インストール後、Claude Code で/setup-medsciを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイルreferences/setup-checklist.mdskill.yml

詳細

Setup-MedSci スキル

診断のみを行います。インストール、アップグレード、設定は一切行わないでください。brew install、 winget install、pip install、Rscript -e 'install.packages(...)' は実行せず、~/.claude.json や MCP 設定も編集しないでください（claude mcp list の読み取りのみ可）。システムの Python や R を自動インストールするツールは、開発者ではないユーザーにとってサポート上の大きな問題になるためです。ツールが見つからない場合は、ユーザー自身がセットアップドキュメントに従います。スキルのバージョンと内容は対象外です（validate_skills.sh、/manage-project status）。

診断テーブルは、GitHub の Issue に貼り付けられるよう英語で記載します。修正方法のリンク先は medsci-skills リポジトリの docs/setup/ ガイドです。存在するのは次の 5 つのみです。 docs/setup/README.md、docs/setup/mac.md、docs/setup/windows.md、docs/setup/mcp-setup.md、 docs/setup/common-issues.md。

ワークフロー

フェーズ 1：OS の検出
uname -s
  • Darwin → macOS → docs/setup/mac.md
  • Linux → Linux（Mac と同様のツールを使用）→ docs/setup/mac.md
  • MINGW*、MSYS*、CYGWIN*、または Windows での検出失敗 → docs/setup/windows.md
フェーズ 2：診断コマンドの実行

references/setup-checklist.md を読み、記載されているすべてのチェックを実行します。R1-R5 は必須、O1-O5 は任意です。検出コマンド、バージョンコマンド、最小バージョン、ステータス判定ルールに従ってください。初期化に時間がかかる処理の起動を避けるため、まず command -v <tool> を使って存在を確認します。バージョンの出力と終了コードを記録し、表示されたとおりに正確にバージョンを報告します。コマンドが失敗した場合は、「おそらく」インストール済みのバージョンを報告せず、失敗内容をそのまま報告してください。command -v でツールが見つかっても、バージョンコマンドまたはその解析が失敗した場合は、その行を ❌ とし、失敗したコマンドを報告します。インストールが壊れているのであり、単に古いわけではありません。MCP サーバーは、claude mcp list で接続済みと表示される場合にのみ ✅ です。設定済みでも未接続の場合は ⚠️ です。

フェーズ 3：チェックリストテーブルの出力

検出した OS に対応するリファレンスのドキュメントリンクを付け、チェックごとに 1 行の Markdown テーブルを、以下の正確な形式で標準出力に表示します。

## MedSci Skills Setup Diagnostic

OS detected: <macOS | Linux | Windows>
Date: <YYYY-MM-DD>

| Component | Status | Detected | Required | Action |
|---|:---:|---|---|---|
| Python 3.11+ | ✅ / ❌ | 3.11.9 | 3.11+ | OK / See docs/setup/mac.md Step 2 |
| MCP: zotero | ✅ / ❌ / ⚠️ | Connected | optional | OK / See docs/setup/mcp-setup.md |

Summary: <X required components passed, Y missing>
Next step: <one-sentence action>

ステータスの凡例：

  • ✅ 存在し、最小バージョンを満たしています
  • ❌ 見つからない、または最小バージョン未満です
  • ⚠️ 存在しますが任意であり、接続されていません
フェーズ 4：修正方法の案内

締めくくりの文には、リファレンスの Summary Rules を使用します。

  • 必須項目がすべて ✅ → Demo 1 を案内します： cd ~/medsci-skills/demo/01_wisconsin_bc && claude '/orchestrate --e2e'。
  • 必須項目に ❌ がある → 該当するドキュメントリンクを表示し、その手順に従うよう伝えます。インストールは提案しないでください。ドキュメントにコピー＆ペーストする内容が正確に記載されています。
  • ❌ が付いているのが 任意の MCP 項目のみ → MedSci Skills は MCP サーバーなしでも動作しますが、Zotero MCP を使うと lit-sync、verify-refs、write-paper がよりスムーズになることを説明し、docs/setup/mcp-setup.md にリンクします。

出力

診断レポートは標準出力に出力します。コピー可能なレポート（例：GitHub Issue 用）を求められた場合は、~/.medsci-skills/diagnostic-YYYY-MM-DD.md にも書き込み、保存場所を伝えてください。

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