stats-reporting-audit

Nature 統計報告スキル

このスキルを使うと、原稿の統計を透明性が高く、再現可能で、適切な範囲に限定して報告できます。これは報告とレビューのためのスキルであり、ユーザーがデータを提供し、計算を明示的に依頼しない限り、統計家が生データを再解析することの代わりにはなりません。

基本方針

• 装飾的な統計用語より、研究デザインの透明性を優先します。
• 次の3つの問いを切り分けます：何を測定したか、どの単位を解析したか、どのような推論を主張したか。
• 独立した実験単位を、デフォルトの n として扱います。細胞、視野、反復測定値、スペクトル、モデルの実行、技術的反復を、独立した生物学的サンプルまたは実験サンプルとして暗黙のうちに扱わないでください。
• 有意性だけを述べる表現よりも、効果量、不確実性区間、サンプルサイズ、正確な検定の定義を優先します。
• 不明な情報は、サンプルサイズ、検定、ソフトウェア、補正、除外基準、ランダム化、盲検化を捏造せず、AUTHOR_INPUT_NEEDED として示します。
• ジャーナル固有の指示、研究タイプ別のガイドライン、または分野の標準がこのスキルと矛盾する場合は、より具体的な情報源に従い、使用した情報源を明記します。

受け付ける入力

このスキルでは、以下を受け付けます。

• 統計解析／方法のサブセクション
• 検定統計量や p 値を含む結果の段落
• 図のパネル、凡例、キャプション、またはソースデータに関する注記
• 統計に関する査読者のコメント
• 中国語または英語で書かれた著者のメモ
• 報告された比較の表
• ユーザーが具体的な再解析または図の統計チェックを希望する場合に限り、生データまたは要約データ

入力が一部のみの場合は、範囲を限定して監査を行い、評価できない箇所を明記します。

ワークフロー

1. タスクを分類します。 ユーザーが監査、書き直し、草稿作成、査読者への回答支援、図の統計との整合、またはデータに基づく再解析のいずれを求めているかを判断します。
2. 研究デザインを抽出します。 群、処置、時点、評価項目、ブロック因子、反復測定、ランダム化、盲検化、除外、および欠測データの扱いを特定します。
3. n と反復の定義を明確にします。 独立した実験単位、生物学的反復、技術的反復、反復測定、細胞／視野／サブサンプル、シミュレーション、およびプールされた観測値を区別します。
4. 主張と解析を双方向に対応づけます。 各結果の主張について、比較／モデル、検定群、仮定、多重性補正の方法、効果推定値、不確実性、および正確な p 値の報告方針を記録します。次に逆方向にも対応づけます。つまり、「統計解析」で明記したすべての検定、統計量、または区間が、論文で報告する結果に対応していることを確認します。明記されていても使われていない統計量（たとえば、本文では平均差とシード間の符号の一貫性のみを報告しているのに、すべての比較に対応のある t 検定を明記している場合）は、結果に追加するのではなく、方法から削除します。
5. よくある失敗パターンを確認します。 入れ子構造のデータ、多数の比較、細胞レベルの測定、交互作用の主張、相関、回帰、外れ値、小標本、または有意性のみを根拠とする考察が含まれる場合は、references/common-failure-modes.md を使用します。
6. 報告の完全性を確認します。 references/statistical-reporting.md を使用し、読者や査読者が解析を理解するために十分な情報が方法と結果に記載されているかを確認します。
7. 図の統計と整合させます。 図の凡例、パネルラベル、アスタリスク、エラーバー、箱ひげ図、バイオリンプロット、ソースデータ、または補足図の注記が関係する場合は、references/figure-statistics.md を使用します。
8. 草稿を作成するか、改訂します。 提供されたデザインとエビデンスの範囲内に主張を収めた、そのまま貼り付けて使える文章を作成します。統計的な関連を、機序や因果関係へと強めてはなりません。精度は但し書きの文章ではなく、数値（区間、n）で報告します。報告事項（単位と n、P 値の方針、多重性、盲検化、除外）は、「統計解析」に一度だけ記載します。推測統計を用いない記述的研究デザインでは、references/statistical-reporting.md の記述統計向けの形式を使用します。
9. 最終 QA を実施します。 最終回答の前に references/reviewer-checklist.md を使用し、重要度ラベル、未解決の著者への質問、査読者の視点からのリスクを確認します。

出力形式

ユーザーが別の形式を求めない限り、以下を返します。

Statistics review scope
- Input reviewed:
- Boundary / missing materials:
- Study design readout:
- Independent unit and replication readout:

Major statistical issues
- [P0/P1/P2] Issue:
  Evidence from supplied text:
  Why it matters:
  Fix:

Ready-to-paste revision
[Rewritten Statistical analysis / Results / figure legend text]

AUTHOR_INPUT_NEEDED
- [short factual questions only]

Reviewer-risk note
- What a statistical reviewer may still challenge:

問題点の一覧と査読リスクの注記は著者向けです。どちらも原稿には含めません。原稿には、監査や弁明のような文体を避けた、そのまま貼り付けて使える改訂文のみを含めます（anti-defensive-writing を参照）。

情報が十分に揃っている、問題のない草稿作成依頼では、長い問題点の一覧を省略して、以下を返します。

Draft Statistical analysis
[ready-to-paste text]

Reporting notes
- n definition:
- tests/models:
- multiple comparisons:
- software/version:
- unresolved fields:

絶対に守ること

• p 値、サンプルサイズ、自由度、信頼区間、ソフトウェアのバージョン、補正方法、事前登録、除外基準、または検出力計算を捏造してはなりません。
• 解析単位や研究デザインが不明確な場合、統計検定を最終案として推奨してはなりません。
• 実験階層を確認せずに、n = 細胞数／画像数／測定数 を独立した反復として認めてはなりません。
• 「有意」を、重要、大きい、因果的、または生物学的に意味があることの同義語として使用してはなりません。
• 有意でない結果や弱い結果を、より強い主張に書き換えて隠してはなりません。
• 関連するプロトコルがユーザーから提供され、範囲を限定した原稿表現を求められた場合を除き、報告内容の確認を超える医療、規制、または臨床試験の統計的助言を行ってはなりません。

関連ファイル

ファイル	開くタイミング
references/source-basis.md	情報源の優先順位を確認したい場合、またはこのスキルが透明性、再現性、研究デザインの報告を重視する理由を説明したい場合
references/statistical-reporting.md	統計解析、方法、結果、補足的な方法の文章を作成または監査している場合
references/common-failure-modes.md	ネストされた測定、多数の比較、交互作用に関する主張、相関／回帰、外れ値、少数サンプル、または p 値に関する過度に強い表現が見られる場合
references/figure-statistics.md	図の凡例、パネルの統計、誤差範囲、アスタリスク、箱ひげ図／バイオリンプロット、ソースデータの注記、またはグラフィカルな報告を確認している場合
references/reviewer-checklist.md	監査を仕上げる場合、または査読者向けのリスク概要を作成する場合

情報源の優先順位

情報源は次の順に使用してください。

1. ユーザーから提供された論文原稿、データ、プロトコル、統計解析計画、査読者コメント、ジャーナルの指示。
2. Nature Portfolio の報告基準と報告サマリーの要件。
3. references/source-basis.md にまとめられた Nature Methods／Nature Portfolio の統計ガイダンス。
4. 関連する場合は、CONSORT、STROBE、PRISMA、ARRIVE、または分野固有のコミュニティ基準など、研究タイプ別の報告ガイドライン。
5. 保守的な統計報告の実践。

提供された資料だけでは妥当な統計的推奨を行えない場合は、不足している研究デザインの事実を尋ねるか、推測せずに範囲を限定した表現案を提示してください。

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出典：github.com/Yuan1z0825/nature-skills。元のスキル nature-statistics、ライセンス Apache-2.0。ローカルカタログに取り込み済み。本文は保持し、相互参照のみ調整しています。