string-database

STRING Database スキル

このスキルを使用すると、バンドルされた Python CLI ラッパーを使って、STRING データベースにプログラムからクエリを実行できます。

前提条件

1. uv：uv スキルを読み、セットアップ手順に従って、uv がインストールされ、PATH に含まれていることを確認してください。
2. ユーザーへの通知：.licenses/string_database_LICENSE.txt がワークスペースのルートディレクトリにまだ存在しない場合は、（1）https://string-db.org/cgi/access の利用規約を確認するよう、ユーザーに目立つ形で通知し、（2）通知文とタイムスタンプを記録したファイルを作成してください。

基本ルール

1. 必須：最初に種を確認する：STRING API では NCBI Taxon ID が必要です。種を推測したり、決めつけたりしてはいけません。 ユーザーが種または Taxon ID を明示していない場合は、必ず処理を中断して、次のように尋ねてください：「どの種に関心がありますか？処理を進めるには NCBI Taxon ID が必要です。」TP53、BRCA1、MDM2 など、人を対象とする研究でよく知られているタンパク質の場合でも、必ず確認してください。ヒトをデフォルトにしてはいけません。
2. 標準出力に出力しない：--output <file.tsv> の指定は必須です。大きな出力をコンテキストに読み込まないでください。代わりに jq、python、またはファイル操作（grep、head）を使って、大きな出力を処理してください。
3. まず識別子をマッピングする：一般的な遺伝子名（例：'TP53'）しかない場合は、まず STRING ID にマッピングしてください。これにより、サーバーからの応答が大幅に速くなります。これには map コマンドを使用してください。
4. 通知：このスキルを使用した場合は、その旨を出力に記載してください。

ツールの実行

CLI は scripts/string_cli.py にあり、uv run を使って実行してください：

uv run scripts/string_cli.py <command> [options] --output /tmp/out.tsv

機能分野（段階的な開示）

ユーザーのリクエストに基づいて、次のリファレンスファイルを読んでください：

• 識別子のマッピング - 一般的なタンパク質名を STRING ID にマッピングします。
• 相互作用とネットワーク - 相互作用するタンパク質、ネットワークトポロジー、メディエーター、相同性、ネットワークの画像を調べます。
• エンリッチメントと機能アノテーション - パスウェイのエンリッチメント（GO、KEGG、Pfam）や PPI の有意性を分析したり、特定の用語（例：メラノーマ）に関連するすべてのタンパク質を探したりします。
• 値／順位エンリッチメント - 非同期のバックグラウンド API を使った順位ベースのエンリッチメント分析のために、完全な実験データセット（例：logFC、p 値）を送信します。

まず、現在のタスクに最も適したリファレンスファイルを読み、正しい CLI コマンドを確認してください。