tooluniverse-chemical-sourcing

Name: tooluniverse-chemical-sourcing
Author: mims-harvard

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リポジトリ

tooluniverse-chemical-sourcing について

研究用化合物の調達を支援する ToolUniverse スキルです。化合物の同定から複数の販売元の検索、価格・在庫・純度の比較までを案内し、入手できない場合は購入可能な類似化合物も探します。

主な機能

01化合物の同定と構造確認
02複数の販売元カタログの検索
03価格・在庫・純度の比較
04購入可能な構造類似体の検索
05生物活性情報の補足

活用シーン

01化合物の購入可否の確認
02販売元ごとの価格と在庫の比較
03入手不能な化合物の類似体探し
04スクリーニング化合物の活性情報補足

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-chemical-sourcing

インストール後、Claude Code で/tooluniverse-chemical-sourcingを入力して読み込まれたか確認します。

詳細

化合物の調達・購入

市販ベンダーから化合物を特定、調達、購入するためのパイプラインです。PubChem／ChEMBL で化合物の同一性を確認し、複数のベンダーデータベース（ZINC、Enamine、eMolecules、Mcule）を検索して、価格と在庫状況を比較します。完全に一致する化合物を入手できない場合は、購入可能な類似化合物を特定します。

基本方針：

まず同一性を確認する -- ベンダーを検索する前に、化合物の構造（SMILES、InChI）を確認してください。名称は曖昧な場合があります
複数ベンダーを比較する -- 必ず複数の情報源を確認してください。価格や在庫状況は大きく異なる場合があります
類似化合物も探す -- 完全に一致する化合物が入手できない場合は、近い類似化合物を検索してください
純度と数量に注意する -- カタログに記載された純度グレードと最小注文数量を記録してください
名称より構造を優先する -- ベンダーをSMILES／InChIで検索する方が、名称で検索するよりも信頼性が高くなります
英語を優先して検索する -- ツール呼び出しでは英語の化合物名を使用してください

推測せず、調べる

科学的な事実に不確かな点がある場合は、記憶に頼って推論するのではなく、まずデータベースを検索してください。データベースで確認した回答は、常に推測より信頼性があります。

説明するのではなく、計算する

分析に計算（統計、データ処理、スコアリング、エンリッチメント）が必要な場合は、Bash経由でPythonコードを記述して実行してください。何をするかを説明するのではなく、実行して実際の結果を報告してください。ToolUniverseツールでデータを取得し、Python（pandas、scipy、statsmodels、matplotlib）で分析してください。

使用する場面

よくあるきっかけ：

「[compound]はどこで購入できますか？」
「[SMILES]の商業的な供給元を探してください」
「複数のベンダーで[compound]の価格を比較してください」
「[compound]は市販されていますか？」
「[compound]の購入可能な類似化合物を探してください」
「[quantity]の[compound]が必要です。どこで販売していますか？」
「[compound]をZINC／Enamineで検索してください」

このスキルの対象外：ADMET／毒性評価にはtooluniverse-admet-predictionを使用してください。薬物と標的の相互作用分析にはtooluniverse-drug-target-validationを使用してください。

主要データベース

データベース	対象範囲	最適な用途
ZINC	購入可能な化合物が2億3,000万件以上。ベンダーを集約	最も幅広い網羅性、部分構造／類似性検索、無料
Enamine	在庫品が約400万件、REAL（受注合成）が300億件以上	大規模な在庫ライブラリ、迅速な納品、ビルディングブロック
eMolecules	複数ベンダーのアグリゲーター。化合物が800万件以上	ベンダー横断の比較、価格の透明性
Mcule	化合物が4,000万件以上。ワンストップ購入	注文の一元化、見積もりの作成
PubChem	化合物が1億1,000万件以上。同一性の解決	信頼性の高い化合物の特定、CID検索
ChEMBL	生物活性分子が240万件以上	調達対象化合物の生物活性に関する情報

ワークフローの概要

Phase 0: Compound Identity Resolution
  Name/SMILES/CAS -> PubChem CID -> canonical SMILES
    |
Phase 1: Vendor Search
  Query ZINC, Enamine, eMolecules, Mcule
    |
Phase 2: Price & Availability Comparison
  Catalog numbers, pricing, stock status, purity
    |
Phase 3: Analog Search (if needed)
  Similarity search for purchasable alternatives
    |
Phase 4: Bioactivity Context (optional)
  ChEMBL activity data for sourced compounds
    |
Phase 5: Order Summary
  Consolidated vendor comparison table

フェーズの詳細

フェーズ0：化合物の同一性の確認

目的：ベンダーを検索する前に、化合物の同一性を明確に確認します。

ツール：

PubChem_get_CID_by_compound_name -- 名称からCIDを特定
- 入力：name（化合物名）
- 出力：{IdentifierList: {CID: [...]}}
PubChem_get_compound_properties_by_CID -- SMILES、分子量、分子式を取得
- 入力：cid（PubChem CID）、properties（カンマ区切りのリスト）
- 出力：{CID, MolecularWeight, ConnectivitySMILES, IUPACName}
ChEMBL_get_molecule -- ChEMBLの化合物詳細を取得
- 入力：molecule_chembl_id（ChEMBL ID）、または名称で検索
- 出力：SMILES、分子特性、同義語

ワークフロー：

ユーザーが名称を指定した場合：PubChem CIDに解決し、次にSMILESを取得します
ユーザーがSMILESを指定した場合：そのまま使用します（必要に応じてPubChemで確認します）
ユーザーがCAS番号を指定した場合：PubChemで名称を検索します（CAS番号も検索語として使用できます）
次の情報を記録します：カノニカルSMILES、分子量、分子式、IUPAC名

重要：PubChemではCanonicalSMILESではなくConnectivitySMILESが正しいプロパティ名です。先に進む前に、SMILESが意図した化合物と一致することを必ず確認してください。

フェーズ 1：ベンダー検索

目的：利用可能なすべてのベンダーデータベースを検索し、対象化合物を探します。

ツール：

ZINC_search_compounds -- 名前または SMILES で ZINC を検索します
- 入力：query（名前または SMILES）、任意の catalog、limit
- 出力：ZINC ID、ベンダー情報、購入可能状況
ZINC_get_compound -- ZINC から化合物の詳細情報を取得します
- 入力：zinc_id（ZINC 識別子）
- 出力：ベンダー、カタログ、価格、SMILES
Enamine_search_catalog -- Enamine のカタログを検索します
- 入力：query（名前または SMILES）、任意の catalog_type、limit
- 出力：カタログ番号、入手可能状況、価格
Enamine_get_compound -- Enamine の化合物の詳細を取得します
- 入力：compound_id（Enamine のカタログ番号）
- 出力：構造、価格、在庫状況、納期
eMolecules_search -- 複数のベンダーを横断して検索します
- 入力：query（名前または SMILES）、任意の limit
- 出力：ベンダー一覧、カタログ番号、価格
eMolecules_get_compound -- eMolecules の化合物の詳細を取得します
- 入力：compound_id（eMolecules ID）
- 出力：ベンダー、価格帯、純度
Mcule_get_compound -- Mcule データベースを検索します
- 入力：query（名前または SMILES）、任意の limit
- 出力：Mcule ID、入手可能状況、価格
Mcule_get_compound -- Mcule の化合物の詳細を取得します
- 入力：compound_id（Mcule ID）
- 出力：価格、納期、純度、カタログ番号

ワークフロー：

SMILES（推奨）または名前を使って、4 つすべてのベンダーデータベースを並行して検索します
各検索結果について、化合物の詳細情報（価格、在庫、純度）を取得します
ベンダー間で SMILES を照合し、結果の重複を除外します
構造の不一致（ベンダーの化合物が対象と異なる場合）にフラグを付けます

ヒント：SMILES による検索は、名前による検索よりも正確です。名前で検索して結果が多すぎる場合は、SMILES に切り替えてください。

フェーズ 2：価格と入手可能状況の比較

目的：ベンダー間の比較表を作成します。

フェーズ 1 の結果を基に、以下をまとめます。

項目	説明
ベンダー	会社名
カタログ番号	ベンダー固有の識別子
数量	入手可能なパッケージサイズ
価格	単位あたりまたは mg あたり
純度	表示されている純度グレード（>95%、>98% など）
在庫	在庫あり、または受注生産
納期	推定納期

ベンダーは、（1）在庫の有無、（2）mg あたりの価格、（3）純度グレード、（4）納期の順に評価します。

フェーズ 3：類縁体の検索

目的：対象化合物が入手できない場合に、購入可能な構造類縁体を探します。

次の場合に開始します。

対象化合物を取り扱うベンダーがない
化合物の価格が非常に高い
ユーザーが類縁体を明示的に求めている

方法：

ZINC または Enamine の類似性検索を使用します（ツールの検索モードが対応している場合）
化合物のコア骨格の SMILES を使って部分構造検索を行います
類縁体を次の条件で絞り込みます：タンジェント類似度 >= 0.7、商業的に入手可能、妥当な価格
構造上の相違点を明示して類縁体を提示します

フェーズ 4：生物活性の背景情報（任意）

目的：研究用化合物の調達にあたり、参考となる生物活性データを提示します。

ツール：

ChEMBL_get_molecule -- 生物活性の概要を取得します
- 入力：化合物識別子
- 出力：既知の標的、活性値、アッセイデータ

次の場合に役立ちます。

ユーザーが特定の生物学的アッセイ用に化合物を調達している
活性プロファイルが異なる可能性のある類縁体を比較する
化合物について公表済みの生物活性データがあるか確認する

フェーズ 5：判断と注文内容のまとめ

ベンダー選定の判断マトリックス — ベンダーを列挙するだけでなく、1社を推奨してください。

シナリオ	最適なベンダー戦略	理由
今週中に必要	在庫があり、最も配送が速いベンダー	受注合成では最低でも2～4週間かかります
予算に制約がある	1 mg あたりの価格が最も安いものを選び、純度は低め（>95%）でも許容する	学術研究の予算には限りがあります。スクリーニングなら>95%で問題ありません
ハイスループットスクリーニング	大規模ライブラリにはZINC／Enamineを利用し、mg単位で購入する	純度よりも化合物あたりの価格が重要です
アッセイのバリデーション	信頼できるベンダーから最高純度（>98%）のものを購入する	不純物による偽陽性は、数か月の作業を無駄にするおそれがあります
合成用ビルディングブロック	Enamine（ビルディングブロックのカタログが最大）	メディシナルケミストリー向けに特化しています
目的の化合物が入手できない	類似体を検索 → 生物活性を確認（ChEMBL） → 最適な類似体を調達	Tanimoto係数が> 0.85なら活性が維持される可能性が高く、0.7～0.85ではSARが異なる場合があります

調達時の注意点：

ベンダーが純度データを公開していない → 注文前にCoAを請求してください
価格が他のベンダーより10倍安い → 別の塩形態であるか、不純物を含む可能性があります
「在庫あり」と表示されているのに配送予定が4週間以上先 → 実際には在庫がない可能性があります
ベンダーのカタログに記載されたSMILESが目的のSMILESと異なる → 別の化合物です

最終的な調達レポートを作成してください。

化合物の同定情報 -- 名前、SMILES、MW、CAS（判明している場合）、PubChem CID
ベンダー比較表 -- 価格、在庫状況、純度、納期を記載した全ベンダーの一覧
推奨調達先 -- 理由を添えた具体的なベンダー（単に最安値という理由ではなく）
類似体（検索した場合） -- 類似度スコアと生物活性の比較を含む代替化合物
注意事項 -- 特別な取り扱い、保管条件、塩形態、立体化学に関する考慮事項

一般的な分析パターン

パターン	説明	主なフェーズ
迅速な入手可能性の確認	この化合物は購入できますか？	0, 1
ベンダーの総合比較	価格を含めてすべての調達先を比較する	0, 1, 2, 5
類似体の探索	化合物が入手できない場合に代替品を探す	0, 1, 3, 5
ビルディングブロックの調達	合成用試薬を探す	0, 1, 2
ヒット化合物からリード化合物への調達	生物活性の情報を踏まえてスクリーニングで得られたヒット化合物を調達する	0, 1, 2, 4, 5

例外ケースと代替策

名称の曖昧さ：複数の化合物が同じ名前を持つ場合があります（例：「aspirin」と「acetylsalicylic acid」）。まず必ずSMILESで同定してください
立体化学：ベンダーによっては、特定のエナンチオマーではなくラセミ混合物を販売している場合があります。SMILESの立体化学を注意深く確認してください
塩形態：同じ薬剤でも、異なる塩（HCl、マレイン酸塩など）として販売されることがあります。具体的な形態を記録してください
ベンダーが見つからない場合：化合物は受託合成で入手できる可能性があります。その旨をレポートに記載してください
受注合成：Enamine REALの化合物は合成が必要です（2～4週間）。在庫品と区別してください

解釈フレームワーク

エビデンスのグレード	基準	対応
A -- 高い確度	2社以上のベンダーで在庫あり、純度 >=98%、CoAを入手可能	そのまま注文
B -- 中程度の確度	ベンダーが1社のみ、または受注合成、純度 >=95%	CoAを請求し、構造を確認
C -- 低い確度	在庫なし、純度の記載なし、または価格が中央値の5倍超	カスタム合成または類縁体を検索

ベンダーの結果の解釈：

同一化合物のベンダー間で価格に10倍の差がある場合、通常は実際のコスト差ではなく、塩形、純度グレード、または包装サイズの違いを示しています。必ず同じ純度を基準に、mgあたりの価格を比較してください。
一次スクリーニングには純度 >=95%で十分です。用量反応試験やSAR研究には >=98%を推奨し、標準物質や薬物動態研究には >=99%が必要です。
アグリゲーターデータベースの「在庫あり」ステータスは、数週間古い場合があります。納期を確定する前に、ベンダーにリアルタイムの在庫状況を確認してください。

最終レポートで取り上げる合成に関する質問：

すべてのベンダーのSMILESは、立体化学と塩形を含め、同じ標準構造に変換されますか？
mgあたりの価格は化合物の合成の複雑さに見合っていますか。それとも、外れ値はカタログの誤りを示唆していますか？
類縁体の場合、構造変化はファーマコフォアの範囲外にあり、期待される活性を維持していますか？

制限事項

価格の正確性：データベースの価格は古くなっている場合があります。ベンダーからの実際の見積もりが優先されます
地域別の入手可能性：特定の地域にのみ発送するベンダーもあります。配送ポリシーを確認してください
数量制限：学術機関向けと商用向けで価格が異なる場合があります。機関アカウントを必要とするベンダーもあります
規制物質：規制上の制限がある化合物もあります。このスキルでは法的なステータスを確認しません
直接注文には非対応：このスキルは入手先を探しますが、注文は行いません。ユーザーはベンダーアカウントが必要です

Markdown 対応

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基本情報

作者: mims-harvard
リポジトリ: mims-harvard/tooluniverse
カテゴリ: その他
インストール数: 238
GitHub スター: 1,763

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