tooluniverse-clinical-trial-matching

プレシジョン・メディシンのための臨床試験マッチング

患者の分子プロファイルと臨床的特徴を、優先順位付けされた臨床試験の推奨情報に変換します。ClinicalTrials.govを検索し、分子データベース（CIViC、OpenTargets、ChEMBL、FDA）と照合して、エビデンス評価とスコアが付与された試験マッチング結果を提示します。

重要な原則：

1. レポートを最初に作成 - まずレポートファイルを作成し、その後、段階的に内容を記入します
2. 患者中心 - すべての推奨で、個々の患者のプロファイルを考慮します
3. 分子プロファイルを優先したマッチング - 患者固有のバイオマーカーを標的とする試験を優先します

分子マッチングの優先順位

まず分子プロファイル（特定の変異）、次に疾患の病期、最後に過去の治療歴に基づいて、患者と試験をマッチングします。EGFR L858Rの患者は、ほかの要因にかかわらず、EGFR標的試験とマッチングされる必要があります。 4. エビデンス評価 - すべての推奨にエビデンスレベル（T1～T4）を付与します 5. 定量的なスコアリング - すべての試験にTrial Match Score（0～100）を付与します 6. 適格性を考慮 - 選択基準と除外基準を解析して評価します 7. 実行可能な出力 - 明確な次のステップ、連絡先情報、登録状況を提示します 8. 出典を明記 - すべての記述に、ツールまたはデータベースの出典を引用します 9. 網羅性チェックリスト - 解析範囲を示す必須セクションを設けます 10. 英語を優先した検索クエリ - ツールの呼び出しでは、必ず英語の用語を使用します。回答はユーザーの言語で行います

推測せず、調べる

科学的事実に不確かな点がある場合は、記憶に頼って推論するのではなく、まずデータベースを検索してください。データベースで確認した回答は、推測よりも常に信頼できます。

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説明ではなく、計算する

解析に計算（統計、データ処理、スコアリング、エンリッチメント）が必要な場合は、Bash経由でPythonコードを作成して実行してください。実施方法を説明するだけではなく、実際に実行して結果を報告してください。ToolUniverseツールでデータを取得してから、Python（pandas、scipy、statsmodels、matplotlib）で解析してください。

使用する場面

ユーザーが次のように依頼した場合に適用します：

• 「EGFR L858R変異のあるNSCLCに利用できる臨床試験はありますか？」
• 「患者はBRAF V600E変異のメラノーマで、イピリムマブが奏効しませんでした。どのような試験がありますか？」
• 「NTRK融合遺伝子を対象とするバスケット試験を探してください」
• 「HER2増幅のある乳がんで、CDK4/6阻害薬投与後を対象とする試験」
• 「KRAS G12C変異の大腸がんを対象とする臨床試験」
• 「TMB高値の固形腫瘍を対象とする免疫療法試験」
• 「ボストン近郊で肺がんを対象とする臨床試験」
• 「EGFR陽性NSCLCに対するオシメルチニブが奏効しなかった後の選択肢は何ですか？」

対象外（代わりに以下のスキルを使用してください）：

• 試験を主眼としない単一変異の解釈 → tooluniverse-cancer-variant-interpretationを使用
• 薬剤の安全性プロファイリング → tooluniverse-adverse-event-detectionを使用
• 標的の検証 → tooluniverse-drug-target-validationを使用
• 疾患全般の調査 → tooluniverse-disease-researchを使用

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入力の解析

必須入力

• 疾患／がん種：自由記述の疾患名（例：「非小細胞肺がん」、「メラノーマ」）

強く推奨する入力

• 分子異常：1つ以上のバイオマーカー（例：「EGFR L858R」、「KRAS G12C」、「PD-L1 50%」、「TMB高値」）
• 病期／グレード：疾患の病期（例：「IV期」、「転移性」、「局所進行性」）
• 過去の治療歴：過去の治療とその結果（例：「プラチナ製剤を含む化学療法が奏効しなかった」、「オシメルチニブ投与中に病勢が進行した」）

任意入力

• パフォーマンスステータス：ECOGまたはKarnofskyスコア
• 地理的な場所：距離で絞り込むための市／州
• 試験相の希望：I、II、III、IV、または「指定なし」
• 介入の種類：薬剤、生物学的製剤、医療機器など
• 募集状況の希望：募集中、募集開始前、実施中

バイオマーカーの解析ルールと遺伝子シンボルの正規化については、MATCHING_ALGORITHMS.mdを参照してください。

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ワークフローの概要

Input: Patient profile (disease + biomarkers + stage + prior treatments)

Phase 1: Patient Profile Standardization
  - Resolve disease to EFO/ontology IDs (OpenTargets, OLS)
  - Parse molecular alterations to gene + variant
  - Resolve gene symbols to Ensembl/Entrez IDs (MyGene)
  - Classify biomarker actionability (FDA-approved vs investigational)

Phase 2: Broad Trial Discovery
  - Disease-based trial search (ClinicalTrials.gov)
  - Biomarker-specific trial search
  - Intervention-based search (for known drugs targeting patient's biomarkers)
  - Deduplicate and collect NCT IDs

Phase 3: Trial Characterization (batch, groups of 10)
  - Eligibility criteria, conditions/interventions, locations, status, descriptions

Phase 4: Molecular Eligibility Matching
  - Parse eligibility text for biomarker requirements
  - Match patient's molecular profile to trial requirements
  - Score molecular eligibility (0-40 points)

Phase 5: Drug-Biomarker Alignment
  - Identify trial intervention drugs and mechanisms (OpenTargets, ChEMBL)
  - FDA approval status for biomarker-drug combinations
  - Classify drugs (targeted therapy, immunotherapy, chemotherapy)

Phase 6: Evidence Assessment
  - FDA-approved biomarker-drug combinations
  - Clinical trial results (PubMed), CIViC evidence, PharmGKB
  - Evidence tier classification (T1-T4)

Phase 7: Geographic & Feasibility Analysis
  - Trial site locations, enrollment status, proximity scoring

Phase 8: Alternative Options
  - Basket trials, expanded access, related studies

Phase 9: Scoring & Ranking (0-100 composite score)
  - Tier classification: Optimal (80-100) / Good (60-79) / Possible (40-59) / Exploratory (0-39)

Phase 10: Report Synthesis
  - Executive summary, ranked trial list, evidence grading, completeness checklist

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重要なツールパラメーター

臨床試験検索ツール

ツール	主なパラメーター	備考
search_clinical_trials	query_term（REQ）、condition、intervention、pageSize	主な検索（ClinicalTrials.gov、米国／グローバル）
search_clinical_trials	action="search_studies"（REQ）、condition、intervention、limit	代替検索
get_clinical_trial_descriptions	action="get_study_details"（REQ）、nct_id（REQ）	試験の詳細情報
CTIS_search_trials	query（REQ）、limit、page	EU／EEA の試験（EU CTIS 登録簿、2022 年以降）—ClinicalTrials.gov を補完します
CTIS_get_trial	ct_number（REQ、例：2022-503001-38-01）	EU 試験の詳細情報（Part I/II、加盟国、結果）
ISRCTN_search_trials	query（REQ）、limit	ISRCTN 登録簿（英国を拠点とし、WHO の主要登録簿、国際対応）—3 つ目の情報源です
ISRCTN_get_trial	isrctn_id（REQ、例：ISRCTN12336055）	ISRCTN 試験の詳細情報と相互参照 ID（DOI／EudraCT／NCT）

地域の網羅範囲：ClinicalTrials.gov は米国中心ですが、グローバルに対応しています。EU／EEA のみを対象とする試験の多くは EU CTIS 登録簿にのみ掲載され、英国／国際試験は ISRCTN に登録されています。包括的に検索する場合、または米国外で登録できる可能性のある患者を対象とする場合は、search_clinical_trials、CTIS_search_trials、および ISRCTN_search_trials を照会してから結果を統合してください（3 つの登録簿には互いに重複しない試験が多く掲載されています。ISRCTN のレコードには DOI／EudraCT／NCT の相互参照が含まれており、他の登録簿との重複排除に利用できます）。各登録簿には独自の ID 名前空間と詳細取得ツールがあります：NCT→get_clinical_trial_*、CT 番号→CTIS_get_trial、ISRCTN ID→ISRCTN_get_trial。

試験詳細の一括取得ツール（すべて nct_ids 配列を受け取ります）

ツール	2 つ目の必須パラメーター	返される内容
get_clinical_trial_eligibility_criteria	eligibility_criteria="all"	適格性に関するテキスト
get_clinical_trial_locations	location="all"	実施施設の所在地
get_clinical_trial_conditions_and_interventions	condition_and_intervention="all"	試験群／介入
get_clinical_trial_status_and_dates	status_and_date="all"	状態／日付
get_clinical_trial_descriptions	description_type="brief" または "full"	タイトル／要約
get_clinical_trial_outcome_measures	outcome_measures="all"	評価項目

遺伝子／疾患の特定

ツール	主なパラメーター
MyGene_query_genes	query、species
OpenTargets_get_disease_id_description_by_name	diseaseName
OpenTargets_get_target_id_description_by_name	targetName
ols_search_efo_terms	query、limit

医薬品情報

ツール	主なパラメーター	備考
OpenTargets_get_drug_id_description_by_name	drugName	医薬品を ChEMBL ID に対応付けます
OpenTargets_get_drug_mechanisms_of_action_by_chemblId	chemblId	医薬品の MoA と標的
OpenTargets_get_associated_drugs_by_target_ensemblID	ensemblId、size	標的に対応する医薬品
drugbank_get_targets_by_drug_name_or_drugbank_id	query、case_sensitive、exact_match、limit（すべて必須）	医薬品の標的
fda_pharmacogenomic_biomarkers	（なし）	FDA のバイオマーカー・医薬品リスト
FDA_get_indications_by_drug_name	drug_name、limit	FDA の適応症

エビデンスツール

ツール	主なパラメーター
PubMed_search_articles	query、max_results
civic_get_variants_by_gene	gene_id（CIViC の整数 ID）、limit
PharmGKB_search_genes	query

既知の CIViC 遺伝子 ID

EGFR=19, BRAF=5, ALK=1, ABL1=4, KRAS=30, TP53=45, ERBB2=20, NTRK1=197, NTRK2=560, NTRK3=561, PIK3CA=37, MET=52, ROS1=118, RET=122, BRCA1=2370, BRCA2=2371

重要なパラメーターに関する注意事項

1. DrugBank ツール：4 つのパラメーター（query、case_sensitive、exact_match、limit）はすべて必須です
2. search_clinical_trials：疾患のみで検索する場合でも、query_term は必須です
3. search_clinical_trials：action は正確に "search_studies" である必要があります
4. CIViC civic_search_variants：クエリによる絞り込みは行わず、アルファベット順に返します
5. CIViC civic_get_variants_by_gene：遺伝子シンボルではなく、CIViC の遺伝子 ID（整数）を受け取ります
6. 臨床試験のバッチツール：NCT ID の配列を受け取り、10 件ずつ処理します

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スコアリングの概要

試験マッチスコア（0～100）：

• 分子マッチ：0～40 点（バリアント完全一致＝40、遺伝子レベル＝30、経路＝20、なし＝10、除外＝0）
• 臨床的適格性：0～25 点（すべて該当＝25、大半が該当＝18、一部が該当＝10、適格性なし＝0）
• エビデンスの強さ：0～20 点（FDA 承認＝20、Phase III＝15、Phase II＝10、Phase I＝5）
• 試験フェーズ：0～10 点（III＝10、II＝8、I/II＝6、I＝4）
• 地理的条件：0～5 点（地域内＝5、同じ国＝3、国際＝1）

推奨ランク：最適（80～100）、良好（60～79）、可能性あり（40～59）、探索的（0～39）

エビデンスランク：T1（FDA／ガイドライン）、T2（Phase III）、T3（Phase I/II）、T4（計算によるもの）

詳しいスコアリングロジックについては、SCORING_CRITERIA.md を参照してください。

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並列化戦略

グループ 1（フェーズ 1 - 同時実行）：

• 遺伝子ごとの MyGene_query_genes、OpenTargets の疾患検索、ols_search_efo_terms、fda_pharmacogenomic_biomarkers

グループ 2（フェーズ 2 - 同時実行）：

• 疾患、バイオマーカー、介入による search_clinical_trials、代替の search_clinical_trials

グループ 3（フェーズ 3 - 同時実行）：

• すべてのバッチ詳細ツール（適格性、介入、場所、ステータス、説明）

グループ 4（フェーズ 5～6 - 薬剤ごと）：

• 薬剤の解決、MoA、FDA 適応症、PubMed エビデンス

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エラー処理

1. すべてのツール呼び出しを try/except で囲みます
2. 結果が空でないか、文字列形式のエラーレスポンスがないか確認します
3. 主要なツールが失敗した場合は、代替ツールを使用します（例：OpenTargets が失敗した場合は OLS）
4. 完全性チェックリストに失敗を記録します
5. 1 つの失敗によって分析全体を中断させないでください

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参考ファイル

ファイル	内容
TOOLS_REFERENCE.md	パラメーターとレスポンス構造を含むツールの全一覧
MATCHING_ALGORITHMS.md	患者プロファイルの標準化、バイオマーカーの解析、分子適格性のマッチング、薬剤とバイオマーカーの整合コード
SCORING_CRITERIA.md	詳細なスコアリング表、分子マッチロジック、薬剤とバイオマーカーの整合スコアリング
REPORT_TEMPLATE.md	すべてのセクションを含む完全な Markdown レポートテンプレート
TRIAL_SEARCH_PATTERNS.md	検索関数、バッチ取得、並列化、一般的な使用パターン、エッジケース
EXAMPLES.md	さまざまなマッチングシナリオの具体例
QUICK_START.md	一般的なワークフローのクイックスタートガイド