Unofficial Open Targets MCP Server 🧬

非官方 Open Targets MCP 服务 🧬

用于访问 Open Targets 平台数据，开展基因-药物-疾病关联研究的非官方模型上下文协议服务。

由 Augmented Nature 开发

✅ 已验证功能

全部 6 个工具均可使用实时 Open Targets API 数据：

• 🎯 靶点搜索 - 基因符号、名称、描述（BRCA1、TP53 等）
• 🦠 疾病搜索 - 名称、同义词、描述（癌症、糖尿病等）
• 🔗 靶点-疾病关联 - 来自 20 多个数据库的证据评分
• 📊 疾病靶点摘要 - 优先排序的治疗靶点
• 🧬 靶点详情 - 全面的基因/蛋白质信息
• 🎭 疾病详情 - 包含本体信息的完整疾病档案

🚀 快速开始

# Install and build
npm install
npm run build

# Run the server
node build/index.js

📋 MCP 客户端配置

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "opentargets-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他 MCP 客户端

node /path/to/opentargets-server/build/index.js

🛠️ 可用工具

🎯 search_targets

按基因符号、名称或描述搜索治疗靶点

{
  "name": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "BRCA1", // Gene symbol, name, or description
    "size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
  }
}

示例结果：

• BRCA1 (ENSG00000012048) - BRCA1 DNA 修复相关基因
• BRCA2 (ENSG00000139618) - BRCA2 DNA 修复相关基因
• BRIP1 (ENSG00000136492) - BRCA1 相互作用 DNA 解旋酶 1

🦠 search_diseases

按名称、同义词或描述搜索疾病

{
  "name": "search_diseases",
  "arguments": {
    "query": "breast cancer", // Disease name, synonym, or description
    "size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
  }
}

🔗 get_target_disease_associations

获取靶点-疾病关联及其证据评分

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "targetId": "ENSG00000012048", // Target Ensembl ID
    "size": 10 // Optional: 1-500 results
  }
}

或

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID
    "size": 10 // Optional: 1-500 results
  }
}

📊 get_disease_targets_summary

获取与疾病相关的优先排序靶点

{
  "name": "get_disease_targets_summary",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID (required)
    "size": 20 // Optional: 1-500 targets (default: 50)
  }
}

🧬 get_target_details

获取全面的靶点信息

{
  "name": "get_target_details",
  "arguments": {
    "id": "ENSG00000012048" // Target Ensembl gene ID
  }
}

🎭 get_disease_details

获取全面的疾病信息

{
  "name": "get_disease_details",
  "arguments": {
    "id": "EFO_0000305" // Disease EFO ID
  }
}

📚 资源模板

通过标准化 URI 访问 Open Targets 数据：

• opentargets://target/{ensemblId} - 完整的靶点信息
• opentargets://disease/{efoId} - 完整的疾病信息
• opentargets://drug/{chemblId} - 药物信息
• opentargets://association/{targetId}/{diseaseId} - 关联证据
• opentargets://search/{query} - 搜索结果

🧪 真实案例

癌症研究工作流

# 1. Search for cancer-related targets
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "oncogene", "size": 10}}

# 2. Get detailed info for specific target
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}

# 3. Find all diseases associated with BRCA1
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}

# 4. Get top targets for breast cancer
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}

药物发现流程

# 1. Search for Alzheimer's disease
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "Alzheimer", "size": 5}}

# 2. Get disease details
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}

# 3. Find prioritized therapeutic targets
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}

🔬 数据来源与标准

Open Targets 集成了 20 多个数据库：

• ChEMBL - 药物与化合物数据
• Ensembl - 基因与蛋白质注释
• EFO - 实验因子本体
• ClinVar - 临床变异数据
• GWAS Catalog - 全基因组关联研究
• UniProt - 蛋白质序列与功能
• Reactome - 生物通路
• 以及更多……

标准化标识符：

• 靶点：Ensembl 基因 ID（例如 ENSG00000012048）
• 疾病：EFO ID（例如 EFO_0000305）
• 药物：ChEMBL ID（例如 CHEMBL1234）

🏗️ 架构

• 使用 TypeScript 实现，并提供可靠的类型安全保障
• 使用 GraphQL 查询，高效获取数据
• 符合 MCP 协议，通过 JSON-RPC 通信
• 错误处理完善，并进行全面验证
• 可用于生产环境，具有 30s 超时设置和完善的日志记录

📊 API 信息

• 基础 URL：https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
• 版本：Open Targets v25.0.1
• 速率限制：适用于研究用途，限制宽松
• 身份验证：无需身份验证
• 格式：GraphQL 查询，JSON 响应

🤝 参与贡献

此服务由 Augmented Nature 开发并维护。如需改进：

1. Fork 此仓库
2. 进行更改
3. 提交 pull request

支持

遇到以下问题时：

• MCP 服务：检查服务日志和错误输出
• Open Targets API：访问 platform.opentargets.org
• GraphQL 查询：使用 Open Targets GraphQL 浏览器

引用

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按以下格式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}