BioOntology MCP Server

非官方 BioOntology MCP 服务

一款可用于生产环境的模型上下文协议（MCP）服务，可全面访问 BioOntology API，用于搜索、注释和探索 1,200 多种生物学本体。

功能

搜索与发现

• search_terms - 搜索本体术语，并使用高级筛选选项
• search_properties - 按标签和 ID 搜索本体属性
• search_ontologies - 按名称、描述或领域查找本体
• get_ontology_info - 获取特定本体的详细信息

文本分析

• annotate_text - 分析文本并识别相关本体术语
• recommend_ontologies - 根据文本或关键词获取本体推荐
• batch_annotate - 高效处理多段文本并进行注释

本体导航

• get_class_info - 获取本体类的详细信息

分析与元数据

• get_ontology_metrics - 获取使用统计和质量指标
• get_analytics_data - 获取访问者统计和热门趋势

安装

1. 克隆或下载此服务
2. 安装依赖项：

   npm install
   

3. 构建服务：

   npm run build
   

配置

使用此服务需要 BioOntology API 密钥。请从 BioPortal 获取：

1. 在 https://bioportal.bioontology.org/ 创建账户
2. 在账户设置中生成 API 密钥
3. 设置环境变量：

   export BIOONTOLOGY_API_KEY=your_api_key_here
   

使用方法

运行服务

node build/index.js

此服务通过标准输入/输出运行，并实现 MCP 协议，以便与兼容 MCP 的客户端通信。

资源模板

此服务提供多个资源模板，可直接访问数据：

• bioontology://ontology/{acronym} - 完整的本体信息
• bioontology://class/{ontology}/{class_id} - 本体类详情
• bioontology://search/{query} - 术语搜索结果
• bioontology://annotations/{text} - 文本注释结果
• bioontology://recommendations/{input} - 本体推荐
• bioontology://analytics/{ontology} - 分析数据

工具调用示例

搜索术语：

{
  "tool": "search_terms",
  "arguments": {
    "query": "diabetes",
    "ontologies": "NCIT,DOID",
    "require_definitions": true,
    "pagesize": 10
  }
}

注释文本：

{
  "tool": "annotate_text",
  "arguments": {
    "text": "The patient has diabetes mellitus and hypertension",
    "ontologies": "NCIT,DOID,HP",
    "longest_only": true
  }
}

获取本体推荐：

{
  "tool": "recommend_ontologies",
  "arguments": {
    "input": "cancer treatment protocols",
    "input_type": 1,
    "output_type": 1
  }
}

批量注释多段文本：

{
  "tool": "batch_annotate",
  "arguments": {
    "texts": ["diabetes mellitus", "cardiac arrest", "lung cancer"],
    "ontologies": "NCIT",
    "longest_only": true
  }
}

支持的本体

此服务适用于 BioPortal 提供的所有本体（1,200 多种），包括：

医学/临床：

• NCIT - NCI Thesaurus（癌症术语）
• DOID - 疾病本体
• HP - 人类表型本体
• MESH - 医学主题词表

生物学/化学：

• GO - 基因本体
• UBERON - 解剖学本体
• CHEBI - 生物学相关化学实体

以及其他 1,190 多种专业本体

与 MCP 客户端集成

此服务兼容任何启用了 MCP 的客户端。常见选项包括：

• Claude Desktop - 添加到 MCP 配置中
• VSCode 扩展 - 配合兼容 MCP 的扩展使用
• 自定义应用程序 - 通过 MCP 协议集成

MCP 配置示例

添加到 MCP 客户端配置中：

{
  "servers": {
    "bioontology": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/bioontology-server/build/index.js"],
      "env": {
        "BIOONTOLOGY_API_KEY": "your_api_key_here"
      }
    }
  }
}

高级功能

输入验证

• 全面的参数验证，并提供恰当的错误消息
• 对所有输入进行类型检查
• 对数值参数进行范围验证
• 对受限值进行枚举验证

错误处理

• 妥善处理 API 错误
• 结构化错误响应
• 网络超时管理
• 身份验证错误报告

性能

• 高效处理 API 请求
• 妥善管理超时
• 优化内存使用
• 支持并发请求

API 文档

有关 BioOntology API 的详细文档，请参阅：https://data.bioontology.org/documentation

生产环境使用

此服务已通过全面测试，可用于生产环境。它提供：

• 可靠的 API 集成，并具备完善的错误处理
• 全面的输入验证，适用于所有工具
• 完整遵循 MCP 协议，可无缝集成
• 支持 1,200 多个本体，涵盖所有生物学领域
• 高性能，响应时间经过优化

许可证

MIT License - 详情请参阅 LICENSE 文件。

引用

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按以下格式引用：

@misc{yourproject2025,
  author       = {Moudather Chelbi},
  title        = {Augmented Nature BioOntology MCP Server},
  year         = {2025},
  howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/BioOntology-MCP-Server},
}