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ChEMBL-MCP-Server

ChEMBL-MCP-Server

本地服务
github.com/JackKuo666科研与教育282 周前更新
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关于 ChEMBL-MCP-Server

ChEMBL-MCP-Server 将 ChEMBL Web Resource Client 封装为 MCP 接口，提供 ChEMBL 数据和化学功能访问，面向 AI 助手及科研用户，可查询分子、测定、靶标、活性和药物信息。

主要功能

  1. 01访问 ChEMBL 数据库 API
  2. 02活性、测定、靶标、分子和药物数据
  3. 03SMILES 规范化与转换
  4. 04化学结构警示
  5. 05支持 HTTP 和 stdio 传输
  6. 06异步调用及错误处理和超时机制

适用场景

  1. 01查询 ChEMBL 分子和药物记录
  2. 02检索测定、靶标和活性数据
  3. 03将 SMILES 字符串转换为 InChI
  4. 04获取化学结构警示

MCP 相关

通过服务器工具向 MCP 客户端提供 ChEMBL 数据和化学功能，支持 HTTP 和 stdio 传输。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

暂未收录安装方式

我们还没有获取到这个服务的安装包或远程地址，请按项目 README 中的说明安装。

代码仓库

工具

还没有获取到工具列表

本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。

详细介绍

ChEMBL-MCP-Server

smithery badge

基于 chembl_webresource_client 包构建的 FastMCP 封装服务，可提供对 ChEMBL 数据库的 API 访问。

功能

  • 完整访问 ChEMBL 数据库的 API
  • 使用 FastMCP 框架实现异步 API 调用
  • 内置错误处理和超时机制
  • 支持 HTTP 和 stdio 两种传输方式
  • 完整的类型注解和文档字符串

安装

# Clone repository
git clone https://github.com/yourusername/ChEMBL-MCP-Server.git
cd ChEMBL-MCP-Server

# Install dependencies
pip install -r requirements.txt

用法

启动服务
# Start HTTP server with default configuration
python chembl_searver.py

# Specify host and port
python chembl_searver.py --host 0.0.0.0 --port 8080

# Use stdio transport
python chembl_searver.py --transport stdio

# Set log level
python chembl_searver.py --log-level DEBUG
可用参数
  • --host：服务主机地址，默认为 127.0.0.1
  • --port：服务端口，默认为 8000
  • --transport：传输方式，可选 http 或 stdio，默认为 http
  • --log-level：日志级别，可选 DEBUG、INFO、WARNING、ERROR、CRITICAL，默认为 INFO

API 函数

服务提供以下 API 函数：

数据实体 API
  • example_activity：获取活性数据
  • example_assay：获取测定数据
  • example_target：获取靶点数据
  • example_molecule：获取分子数据
  • example_drug：获取药物数据
  • 更多数据实体 API……
化学工具 API
  • example_canonicalizeSmiles：规范化 SMILES 字符串
  • example_smiles2inchi：将 SMILES 转换为 InChI
  • example_smiles2svg：将 SMILES 转换为 SVG 图像
  • example_structuralAlerts：获取结构警示
  • 更多化学工具 API……

示例

请查看 chembl_search.py 文件，了解各种 API 的用法示例。

依赖项

  • chembl_webresource_client：ChEMBL Web 服务客户端
  • mcp：MCP 框架
  • fastapi：FastAPI 框架
  • uvicorn：ASGI 服务
  • asyncio：异步 I/O 库

许可证

MIT

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第一次接触 MCP？

从协议是什么，到在客户端里装上第一个服务，这几条回答覆盖了大多数入门问题。

一个开放协议，规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话，MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板，两者通过标准消息通信，同一个服务可以被不同客户端复用。