MedixHub Model Context Protocol (MCP) Server

MedixHub 模型上下文协议（MCP）服务

一个通过 MedixHub 集成医疗和健康 API 访问能力的模型上下文协议（MCP）服务。

功能特性

• 纯 JavaScript 实现
• 使用标准化的 MCP 元数据公开函数
• 通过参数验证执行函数
• 与 Ollama 等大模型无缝集成
• 提供带身份验证的安全 API 端点
• 支持流式响应

已实现的函数

该服务包含以下函数的 JavaScript 实现：

1. executeOpenTargetQuery - 对 OpenTarget API 执行 GraphQL 查询
2. FDADrugLabelSearch - 从 FDA 数据库获取药物信息
3. get_drug_generic_name - 在通用药名和品牌药名之间进行映射
4. MonarchSearch - 在 Monarch 数据库中搜索基因、疾病或表型
5. MonarchDiseasesForMultiplePhenotypes - 查找与多个表型匹配的疾病

OpenTarget 函数

• 疾病信息查询
• 药物详情及关联信息
• 靶点（基因/蛋白质）信息
• 疾病与靶点的关联
• 药物与疾病之间的关系

FDA 药品标签函数

• 药物信息搜索
• 通用药名与品牌药名映射
• 不良反应查询
• 药物相互作用搜索

Monarch 数据库函数

• 生物医学实体搜索
• 疾病与表型的关联
• 基因与表型之间的关系
• 多表型疾病查找器

快速开始

前提条件

• Node.js 14 或更高版本
• npm 或 yarn

安装

1. 克隆代码仓库

git clone https://github.com/yourusername/medixhub-mcp-server.git
cd medixhub-mcp-server

2. 安装依赖项

npm install

3. 配置环境变量

cp .env.example .env
# Edit .env with your settings

4. 启动服务

npm start

开发时启用自动重载：

npm run dev

使用方法

执行 API

使用 /execute 端点运行任何已注册的 MedixHub 函数：

POST /execute
Content-Type: application/json

{
  "name": "queryFDADrugLabel",
  "parameters": {
    "searchFields": {
      "drug_name": ["openfda.brand_name", "openfda.generic_name"]
    },
    "returnFields": ["openfda.generic_name", "warnings"],
    "arguments": {
      "drug_name": "ibuprofen",
      "limit": 1
    }
  }
}

直接调用 MedixHub API

使用 /medixhub 端点直接访问 API：

• /medixhub/opentargets
• /medixhub/opentargets-genetics
• /medixhub/drug-by-name
• /medixhub/fda-drug-label
• /medixhub/drug-generic-name
• /medixhub/monarch
• /medixhub/diseases-for-phenotypes

函数元数据

获取可用函数的信息：

• /functions - 所有可用函数
• /functions/medixhub - MedixHub 专属函数
• /functions/category/:category - 按类别列出函数

API 文档

完整的 API 文档位于 /functions/medixhub

开发

项目结构

medixhub-mcp-server/
├── server.js                   # Main server file
├── src/
│   ├── medixhub/               # MedixHub integration
│   ├── middleware/             # Middleware
│   ├── routes/                 # Route handlers
│   └── services/               # Services
├── examples/                   # Usage examples
└── tests/                      # Test suite

添加新函数

向注册表中添加新函数：

const { registerFunction } = require('./src/services/functionRegistry');

registerFunction('myNewFunction', {
  name: 'myNewFunction',
  description: 'Description of what this function does',
  parameters: {
    // Parameter schema
  },
  function: async (params) => {
    // Implementation
    return result;
  }
});

运行测试

npm test

身份验证

该服务支持两种身份验证方式：

1. API 密钥：基于密钥的简单身份验证
2. JWT 令牌：更精细的访问控制

在生产模式下，除函数发现端点外，所有端点都需要身份验证。

环境变量

通过以下环境变量配置服务：

• PORT：服务端口（默认值：3000）
• NODE_ENV：环境（development 或 production）
• OLLAMA_API_URL：Ollama API 的 URL
• API_KEYS：以逗号分隔的有效 API 密钥列表
• FDA_API_KEY：FDA 药物数据库的 API 密钥

所有可用选项请参阅 .env.example。

性能注意事项

• 服务对所有 API 调用进行异步处理
• 启用速率限制以防止滥用
• 超时处理可防止请求挂起
• 通过高效处理流来优化内存使用

许可证

本项目采用 MIT License 许可，详情请参阅 LICENSE 文件。