String Db Mcp Server

非官方 STRING MCP 服务

一个功能全面的模型上下文协议（MCP）服务，用于访问 STRING 蛋白质相互作用数据库。该服务通过 STRING API 提供强大的蛋白质网络分析、功能富集分析和比较基因组学工具。

功能

工具（6 个功能全面的工具）

• get_protein_interactions：获取特定蛋白质的直接相互作用伙伴，以及置信度评分和证据类型
• get_interaction_network：构建并分析多个蛋白质的相互作用网络
• get_functional_enrichment：使用 GO 术语、KEGG 通路和其他注释执行功能富集分析
• get_protein_annotations：获取详细的蛋白质注释和功能信息
• find_homologs：查找不同物种中的同源蛋白质，以进行比较分析
• search_proteins：按名称或标识符搜索多个物种中的蛋白质

资源（6 个资源模板）

• string://network/{protein_ids}：指定蛋白质的蛋白质相互作用网络数据
• string://enrichment/{protein_ids}：蛋白质集合的功能富集分析结果
• string://interactions/{protein_id}：特定蛋白质的直接相互作用伙伴
• string://homologs/{protein_id}：不同物种中的同源蛋白质
• string://annotations/{protein_id}：详细的蛋白质注释和功能信息
• string://species/{taxon_id}：物种特定数据和蛋白质数量

安装

npm install
npm run build

使用方法

与 Claude Desktop 搭配使用

添加到你的 claude_desktop_config.json：

{
  "mcpServers": {
    "string-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
    }
  }
}

示例查询

1. 查找蛋白质相互作用：

   Get interaction partners for insulin (INS) using get_protein_interactions
   

2. 构建蛋白质网络：

   Build an interaction network for insulin signaling proteins: INS, INSR, IRS1, AKT1 using get_interaction_network
   

3. 功能富集分析：

   Perform functional enrichment analysis on these diabetes-related proteins: INS, INSR, IRS1, GLUT4, AKT1
   

4. 查找蛋白质同源物：

   Find homologs of human insulin (INS) in mouse and rat using find_homologs
   

5. 搜索蛋白质：

   Search for insulin-related proteins using search_proteins with query "insulin"
   

6. 获取蛋白质注释：

   Get detailed annotations for insulin receptor pathway proteins using get_protein_annotations
   

7. 直接访问资源：

   Show me the resource string://network/INS,INSR,IRS1
   

API 集成

该服务集成了 STRING Database API（https://string-db.org/）：

• STRING REST API：用于获取蛋白质相互作用数据、注释和同源信息
• 多物种支持：支持 5000 多种生物
• 证据类型：邻近、融合、共现、共表达、实验、数据库、文本挖掘
• 置信度评分：相互作用置信度评分范围为 0–1000

主要功能

蛋白质相互作用分析

• 直接相互作用：查找直接相互作用伙伴
• 网络构建：构建全面的相互作用网络
• 证据分类：7 种相互作用证据类型
• 置信度评分：量化相互作用置信度

功能分析

• GO 富集分析：基因本体术语富集
• KEGG 通路：代谢和信号通路分析
• 自定义背景：使用自定义蛋白质集合做为背景
• 统计显著性：P 值和 FDR 校正

比较基因组学

• 跨物种分析：查找不同生物中的同源物
• 进化关系：分析蛋白质进化
• 物种筛选：聚焦特定分类群
• 直系同源物识别：区分直系同源物和旁系同源物

网络属性

• 拓扑分析：网络密度、聚类和连通性
• 枢纽识别：查找连接度高的蛋白质
• 模块检测：识别蛋白质复合物和模块
• 路径分析：查找蛋白质之间的最短路径

配套服务

此 STRING 服务与以下服务搭配使用效果出色：

• UniProt MCP 服务：用于获取蛋白质序列和详细的功能注释
• PDB MCP 服务：用于获取蛋白质结构并进行结构分析
• AlphaFold MCP 服务：用于获取预测的蛋白质结构

这些服务结合后，可提供全面的蛋白质分析：序列 → 结构 → 相互作用 → 功能

数据质量与验证

• 精选数据：STRING 将精选数据库与计算预测相结合
• 证据整合：使用概率框架整合多种类型的证据
• 定期更新：数据库会定期纳入新的实验数据并更新
• 质量评分：每项互作都有相应的置信度评分

错误处理

该服务包含完善的错误处理机制，可应对以下情况：

• 无效的蛋白质标识符
• 网络连接问题
• API 速率限制
• 物种验证
• 参数验证
• 格式错误的请求

开发

# Install dependencies
npm install

# Build the server
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

署名

本项目由 Augmented Nature 开发 🌐 网站：augmentednature.ai

关于 STRING 数据库：STRING 是一个已知和预测蛋白质间互作数据库。互作包括直接（物理）和间接（功能性）关联；这些关联来自计算预测、物种间的知识迁移，以及从其他（主要）数据库汇总的互作。

引用

如果您在研究或发表的作品中使用本项目，请按以下格式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}