Surechembl Mcp Server

非官方 SureChEMBL MCP 服务

用于访问 SureChEMBL 化学专利数据库的综合性模型上下文协议（MCP）服务。该服务提供专利搜索、化学发现、结构分析和专利情报研究工具。

由 Augmented Nature 开发

概述

SureChEMBL 是一个大型化学专利数据库，可访问化学结构及其相关专利文档。此 MCP 服务可与 SureChEMBL 的 API 无缝集成，并提供强大的工具，用于：

• 专利情报：搜索和分析化学专利
• 化学发现：查找化合物及其专利覆盖情况
• 现有技术研究：识别已有的化学披露
• 竞争分析：跟踪各公司的化学研发进展
• 结构-活性分析：关联化学结构与专利权利要求

功能

🔍 文档与专利搜索（4 个工具）

• search_patents - 按文本、关键词或标识符搜索专利
• get_document_content - 获取包含化学标注的完整专利文档内容
• get_patent_family - 获取专利族成员及其关系
• search_by_patent_number - 按特定专利号搜索

🧪 化学物质搜索与检索（4 个工具）

• search_chemicals_by_name - 按名称或同义词搜索化学物质
• get_chemical_by_id - 根据 SureChEMBL ID 获取详细的化学物质信息
• search_by_smiles - 按 SMILES 结构表示法搜索化学物质
• search_by_inchi - 按 InChI/InChI key 搜索化学物质

🖼️ 结构与可视化（2 个工具）

• get_chemical_image - 生成化学结构图像
• get_chemical_properties - 获取分子属性和描述符

📊 数据导出与分析（2 个工具）

• export_chemicals - 批量导出化学数据（CSV/XML）
• analyze_patent_chemistry - 分析专利中的化学内容

🔬 高级分析工具（3 个工具）

• get_chemical_frequency - 获取化学物质在专利数据库中的频次统计
• search_similar_structures - 使用相似度搜索查找结构相似的化学物质
• get_patent_statistics - 获取专利中化学内容的统计概览

📚 资源模板

• surechembl://document/{doc_id} - 专利文档内容
• surechembl://chemical/{chem_id} - 化合物数据
• surechembl://family/{patent_id} - 专利族信息
• surechembl://search/{query} - 搜索结果

安装

前置条件

• Node.js 18+
• npm 或 yarn

安装依赖项

npm install

构建服务

npm run build

开发模式

npm run watch

使用方法

运行服务

npm start

与 Claude Desktop 配合使用

将以下内容添加到 Claude Desktop 配置文件中：

macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json Windows：%APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "surechembl-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/surechembl-server/build/index.js"]
    }
  }
}

与 MCP Inspector 配合使用

npm run inspector

API 示例

按名称搜索化学物质

// Search for aspirin-related compounds
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "search_chemicals_by_name",
  arguments: {
    name: "aspirin",
    limit: 10,
  },
});

获取专利文档内容

// Get full patent document with chemical annotations
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_document_content",
  arguments: {
    document_id: "WO-2020096695-A1",
  },
});

生成化学结构图像

// Generate structure image from SMILES
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_chemical_image",
  arguments: {
    structure: "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
    width: 300,
    height: 200,
  },
});

分析专利化学内容

// Analyze chemical annotations in a patent
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "analyze_patent_chemistry",
  arguments: {
    document_id: "US-2021123456-A1",
  },
});

工具参考

文档与专利搜索

search_patents

按文本、关键词或标识符搜索专利。

参数：

• query（字符串，必填）：搜索查询
• limit（数字，可选）：结果数量上限（1-1000，默认值：25）
• offset（数字，可选）：结果偏移量（默认值：0）

get_document_content

获取包含化学标注的完整专利文档内容。

参数：

• document_id（字符串，必填）：专利文档 ID（例如：WO-2020096695-A1）

get_patent_family

获取专利族成员及其关系。

参数：

• patent_id（字符串，必填）：要查找其专利族成员的专利 ID

search_by_patent_number

按特定专利号搜索专利。

参数：

• patent_number（字符串，必填）：专利号或公开号

化学品搜索与检索

search_chemicals_by_name

按名称、同义词或常用名搜索化学品。

参数：

• name（字符串，必填）：化学品名称或同义词
• limit（数字，可选）：结果数量上限（1-1000，默认值：25）

get_chemical_by_id

通过 SureChEMBL 化学品 ID 获取详细的化学品信息。

参数：

• chemical_id（字符串，必填）：SureChEMBL 化学品 ID（数字）

search_by_smiles

通过 SMILES 结构表示法搜索化学品。

参数：

• smiles（字符串，必填）：SMILES 字符串
• limit（数字，可选）：结果数量上限（1-1000，默认值：25）

search_by_inchi

通过 InChI 或 InChI 密钥搜索化学品。

参数：

• inchi（字符串，必填）：InChI 字符串或 InChI 密钥
• limit（数字，可选）：结果数量上限（1-1000，默认值：25）

结构与可视化

get_chemical_image

根据 SMILES 或其他结构表示法生成化学结构图像。

参数：

• structure（字符串，必填）：SMILES 字符串或结构表示法
• height（数字，可选）：图像高度，单位为像素（默认值：200）
• width（数字，可选）：图像宽度，单位为像素（默认值：200）

get_chemical_properties

获取化学品的分子属性和描述符。

参数：

• chemical_id（字符串，必填）：SureChEMBL 化学品 ID

数据导出与分析

export_chemicals

以 CSV 或 XML 格式批量导出化学品数据。

参数：

• chemical_ids（数组，必填）：SureChEMBL 化学品 ID 数组（1-100）
• output_type（字符串，可选）：导出格式——'csv' 或 'xml'（默认值：csv）
• kind（字符串，可选）：ID 类型——'cid' 或 'smiles'（默认值：cid）

analyze_patent_chemistry

分析专利文档中的化学品内容和注释。

参数：

• document_id（字符串，必填）：要分析的专利文档 ID

高级分析工具

get_chemical_frequency

获取化学品在专利数据库中的频率统计信息。

参数：

• chemical_id（字符串，必填）：SureChEMBL 化学品 ID

search_similar_structures

使用相似度搜索查找结构相似的化学品。

参数：

• reference_id（字符串，必填）：用于相似度搜索的参考化学品 ID
• threshold（数字，可选）：相似度阈值（0.0-1.0，默认值：0.7）
• limit（数字，可选）：返回结果数量（1-100，默认值：25）

get_patent_statistics

获取专利中化学品内容的统计概览。

参数：

• document_id（字符串，必填）：用于统计的专利文档 ID
• include_annotations（布尔值，可选）：是否包含详细的注释统计信息（默认值：true）

资源模板

文档资源

surechembl://document/{doc_id}

访问包含化学品注释的完整专利文档内容。

化学品资源

surechembl://chemical/{chem_id}

访问化合物信息和属性。

专利族资源

surechembl://family/{patent_id}

访问专利族成员及其关系。

搜索资源

surechembl://search/{query}

访问查询对应的化学品搜索结果。

错误处理

服务包含全面的错误处理机制，可处理以下情况：

• API 参数无效
• 网络超时和连接问题
• API 速率限制
• 化学结构格式错误
• 文档或化学品缺失

所有错误都会返回描述性消息和相应的错误代码。

速率限制

服务遵守 SureChEMBL 的 API 速率限制：

• 复杂请求的超时时间为 30 秒
• 合理控制请求间隔
• 对暂时性故障自动重试

开发

项目结构

surechembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # Main server implementation
├── build/                # Compiled JavaScript
├── package.json          # Dependencies and scripts
├── tsconfig.json         # TypeScript configuration
└── README.md            # This file

可用脚本

• npm run build - 将 TypeScript 编译为 JavaScript
• npm run watch - 开发监视模式
• npm run inspector - 运行 MCP inspector
• npm start - 启动服务
• npm run dev - 带监视功能的开发模式

参与贡献

1. Fork 此仓库
2. 创建功能分支
3. 进行更改
4. 如适用，添加测试
5. 提交拉取请求

许可证

MIT 许可证 - 详情请参阅 LICENSE 文件。

支持

如有问题或疑问：

• GitHub Issues：报告错误并提出功能请求
• 文档：SureChEMBL API 文档

相关项目

• ChEMBL MCP 服务 - ChEMBL 生物活性数据库
• PubChem MCP 服务 - PubChem 化学数据库
• UniProt MCP 服务 - UniProt 蛋白质数据库

引用

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按以下格式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {SureChEMBL MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/SureChEMBL-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
---

**SureChEMBL MCP Server** - Empowering chemical patent intelligence through the Model Context Protocol.