lineex-pubmed-mcp-smithery

PubMed 增强搜索 MCP 服务

一个模型内容协议服务，提供增强工具，用于搜索和检索 PubMed 数据库中的学术论文，并支持 MeSH 术语查询、出版物数量统计以及基于 PICO 的证据搜索等附加功能。

功能

• 根据关键词搜索 PubMed，并可选期刊筛选条件
• 支持按相关性或日期（最新或最早优先）对结果排序
• 获取与搜索词相关的 MeSH（医学主题词）术语
• 获取多个搜索词对应的出版物数量（便于比较流行程度）
• 检索论文详细信息，包括摘要、DOI、作者和关键词
• 执行结构化的 PICO 搜索，并支持同义词和组合查询

安装

先决条件

• Python 3.6+
• pip

安装

1. 克隆此仓库：

   git clone https://github.com/leescot/pubmed-mcp-smithery
   cd pubmed-mcp-smithery
   

2. 安装依赖项：

   pip install fastmcp requests
   

使用方法

在本地运行

启动服务：

python pubmed_enhanced_mcp_server.py

在开发模式下启用自动重新加载：

mcp dev pubmed_enhanced_mcp_server.py

添加到 Claude Desktop

编辑 Claude Desktop 配置文件（CLAUDE_DIRECTORY/claude_desktop_config.json），添加此服务：

"pubmed-enhanced": {
    "command": "python",
    "args": [
        "/path/pubmed-mcp-smithery/pubmed_enhanced_mcp_server.py"
    ]
}

MCP 函数

此服务提供以下主要函数：

1. search_pubmed - 搜索符合关键词的 PubMed 文章，并可选期刊筛选条件

   # Example
   results = await search_pubmed(
       keywords=["diabetes", "insulin resistance"],
       journal="Nature Medicine",
       num_results=5,
       sort_by="date_desc"
   )
   

2. get_mesh_terms - 查询与医学概念相关的 MeSH 术语

   # Example
   mesh_terms = await get_mesh_terms("diabetes")
   

3. get_pubmed_count - 获取多个搜索词对应的出版物数量

   # Example
   counts = await get_pubmed_count(["diabetes", "obesity", "hypertension"])
   

4. format_paper_details - 根据 PMID 获取特定论文的详细信息

   # Example
   paper_details = await format_paper_details(["12345678", "87654321"])
   

5. pico_search - 执行结构化的 PICO（人群、干预、对照、结局）搜索，并支持同义词

   # Example
   pico_results = await pico_search(
       p_terms=["diabetes", "type 2 diabetes", "T2DM"],
       i_terms=["metformin", "glucophage"],
       c_terms=["sulfonylurea", "glipizide"],
       o_terms=["HbA1c reduction", "glycemic control"]
   )
   

PICO 搜索功能

PICO 搜索工具可通过以下方式帮助研究人员开展循证文献搜索：

1. 为每个 PICO 要素指定多个同义词
2. 使用 OR 运算符组合每个要素内的术语
3. 在不同要素之间进行 AND 组合（P AND I、P AND I AND C 等）
4. 返回每种组合对应的搜索查询和出版物数量

这种方法有助于完善研究问题，并找出最相关的文献。

速率限制

此服务实现了自动重试机制，并采用退避延迟，以应对 NCBI E-utilities 服务可能实施的速率限制。

许可证

此项目采用 BSD 3-Clause License 授权，详情请参阅 LICENSE 文件。