AIND Metadata access MCP server

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AIND Metadata MCP Server

一个 MCP（Model Context Protocol）服务，通过一套全面的工具和资源提供对 AIND（Allen Institute for Neural Dynamics）元数据和数据资产的访问。

警告

此 MCP 服务已弃用。你仍可使用它访问 V1 元数据。
如需使用 V2 元数据，请参阅 aind-data-mcp。

功能

此 MCP 服务提供以下工具：

• 数据检索：使用筛选条件和投影查询 MongoDB 集合
• 聚合：执行复杂的 MongoDB 聚合管道
• 架构探索：访问详细的架构示例和文档
• NWB 文件访问：加载并浏览 NWB（Neurodata Without Borders）文件
• 数据摘要：生成由 AI 提供支持的数据资产摘要

安装

如果尚未安装 uv，请按照此文档进行安装。

使用 uv 安装 MCP 服务：

uv tool install aind-metadata-mcp

或使用 pip：

pip install aind-metadata-mcp

配置

用于 Cline（VSCode 扩展）

为确保 MCP 服务在你首选的客户端中运行，你需要在终端中下载 aind-metadata-mcp 包。如果空间不足，请先将 UV_CACHE_DIR 和 UV_TOOL_DIR 设置为容量充足的位置，再继续下一步。

1. 更简单的安装方式 在终端中运行 uv tool install aind-metadata-mcp，然后继续配置 MCP 客户端。

2. 如果上述步骤无效：

在 IDE 中使用 python 3.11 创建虚拟环境

# Instructions for Conda
conda create -n <my_env> python=3.11
conda activate <my_env>

# Instructions for virtual environment
py -3.11 -m venv .venv
# Windows startup
.venv\Scripts\Activate.ps1 
# Mac/ Linux startup
source .venv/bin/activate 

在 IDE 终端中运行以下命令。

pip install uv
uvx aind-metadata-mcp

如果一切顺利，并且你看到以下提示——Starting MCP server 'aind_data_access' with transport 'stdio'——就可以在所选客户端中完成设置了！

Cursor IDE

1. 安装 MCP 服务：

   uv tool install aind-metadata-mcp
   

2. 创建 MCP 配置文件：

   mkdir -p ~/.cursor
   

3. 创建 ~/.cursor/mcp.json，并写入以下内容：

   {
     "mcpServers": {
       "aind-data-access": {
         "command": "aind-metadata-mcp",
         "args": [],
         "env": {}
       }
     }
   }
   

4. 重要：如有需要，将 aind-metadata-mcp 替换为完整路径：

   which aind-metadata-mcp
   

   在 command 字段中使用完整路径（例如 /Users/username/.local/bin/aind-metadata-mcp）。

5. 完全退出并重新启动 Cursor（按 Cmd+Q，然后重新打开）

注意：Cursor 使用的 MCP 配置系统与 VSCode 不同。配置必须位于 ~/.cursor/mcp.json，而不是主 settings.json 文件中。

在 MCP 客户端中使用

在客户端中添加 MCP 服务的 JSON 配置文件应采用以下结构

{
    "mcpServers": {

    }
}

将以下几行插入 mcpServers 字典中

"aind_data_access": {
      "disabled": false,
      "timeout": 300,
      "type": "stdio",
      "command": "aind-metadata-mcp"
}

请注意，配置 JSON 文件后，需要几分钟时间，服务才会显示在客户端中。

Claude Desktop App

• 点击屏幕左上角的三条横线。
• File > Settings > Developer > Edit config

VSCode 中的 Cline

• 确保已在 VSCode 中安装 Cline
• 点击 Cline 窗口右上角的三个堆叠矩形
• Installed > Configure MCP Servers
• 关闭并重新打开 VSCode

VSCode 中的 Github Copilot

• 打开命令面板（ctr shift p）
• 搜索 MCP: Add server
• 选择 Manual Install / stdio
• 出现命令提示时，输入 uvx aind-data-access
• 为你的服务命名
• 关闭并重新打开 VSCode
• 在 Copilot 聊天中 -> 选择 Agent 模式 -> 点击三个叠放的矩形以配置工具
• 为了让 Agent 能够结合 AIND API 的上下文进行回复，你需要手动添加此仓库中（resources 下）的 .txt 文件

在 Code Ocean 中使用

• 找到以下 capsule，启动预装了 aind-metadata-mcp 的 Cline 和 Co-pilot。
• 如需更多支持，请参阅code ocean MCP server
• 选择固定版本 4.2 或 4.5