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molecular-mcp

molecular-mcp

本地服务
andylbrummer.github.io科研与教育226 周前更新
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关于 molecular-mcp

molecular-mcp 是用于经典分子动力学模拟的 MCP 服务，适合研究粒子系统及其热力学行为。它提供多种系综、相互作用势、分析和可视化工具，并支持可选 CUDA 加速。

主要功能

  1. 01创建粒子系统
  2. 02Lennard-Jones 与 Coulomb 势
  3. 03NVE、NVT 和 NPT 模拟
  4. 04径向分布与均方位移分析
  5. 05轨迹渲染与密度场可视化
  6. 06可选 CUDA 加速

适用场景

  1. 01模拟 Lennard-Jones 液体
  2. 02分析扩散与均方位移
  3. 03研究温度和压力控制
  4. 04识别相变并查看粒子轨迹

MCP 相关

作为 MCP 服务，向 MCP 客户端提供粒子系统设置、分子动力学模拟、轨迹获取、性质分析和可视化工具。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

mcp.json · 通用配置
{
  "mcpServers": {
    "andylbrummer-molecular": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "scicomp-molecular-mcp"
      ]
    }
  }
}
启动命令uvx scicomp-molecular-mcp

本地服务需要在你的电脑上安装运行环境（如 Node.js 18+）。各客户端的配置文件位置不同，请参考客户端文档。

安装包
pypiscicomp-molecular-mcp0.1.6

工具

还没有获取到工具列表

本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。

详细介绍

scicomp-molecular-mcp

mcp-name: io.github.andylbrummer/molecular-mcp

用于经典分子动力学模拟的 MCP 服务。

概览

此服务提供分子动力学模拟工具，支持多种系综和相互作用势：

  • 粒子系统 - 创建和管理相互作用粒子系统
  • 相互作用势 - Lennard-Jones 和 Coulomb 相互作用
  • 系综 - NVE（微正则）、NVT（正则）、NPT（等温等压）
  • 分析工具 - 径向分布函数、均方位移、相变
  • 可视化 - 轨迹渲染和密度场可视化
  • GPU 加速 - 可选的 CUDA 加速，适用于大型系统

安装与使用

# Run directly with uvx (no installation required)
uvx scicomp-molecular-mcp

# Or install with pip
pip install scicomp-molecular-mcp

# With GPU support
pip install scicomp-molecular-mcp[gpu]

# Run as command
scicomp-molecular-mcp

可用工具

系统设置
  • create_particles - 使用温度初始化粒子系统
  • add_potential - 添加 Lennard-Jones 或 Coulomb 相互作用
模拟
  • run_md - NVE 系综（能量、体积恒定）
  • run_nvt - NVT 系综（温度、体积恒定）
  • run_npt - NPT 系综（温度、压力恒定）
  • get_trajectory - 获取模拟轨迹数据
分析
  • compute_rdf - 径向分布函数分析
  • compute_msd - 均方位移
  • analyze_temperature - 热力学性质
  • detect_phase_transition - 识别相变
  • density_field - 计算密度场可视化
可视化
  • render_trajectory - 生成粒子轨迹动画

配置

使用环境变量启用 GPU 加速：

MCP_USE_GPU=1 scicomp-molecular-mcp

示例

🎬 可视化演示

精彩的动画演示：

使用 Claude 运行演示：

claude -p "Simulate two galaxies colliding" \
  --allowedTools "mcp__molecular-mcp__*"
📖 代码示例

EXAMPLES.md 中的实用教程：

  • 使用 Lennard-Jones 势进行简单液体模拟
  • 温度与压力控制
  • 扩散系数计算
  • 使用 Coulomb 相互作用的离子系统
📚 完整文档

请参阅 API 文档以查看完整参考。

Math-Physics-ML MCP 系统的一部分

这是科学计算综合系统的一部分。请参阅文档了解完整生态系统。

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第一次接触 MCP？

从协议是什么，到在客户端里装上第一个服务，这几条回答覆盖了大多数入门问题。

一个开放协议，规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话，MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板，两者通过标准消息通信，同一个服务可以被不同客户端复用。