genefoundry

genefoundry-router

一个精简的 FastMCP 3.x 聚合器，将 GeneFoundry 的 *-link MCP 服务群整合到单个 Streamable-HTTP 端点之后。主机只需添加一个服务 — genefoundry — 即可使用所有生物医学后端，并通过不会冲突的 <namespace>_<tool> 命名和基于搜索的发现来查找工具。

重要

仅供研究使用。不用于临床决策支持。请勿用于诊断、 治疗、分诊或患者管理。

原因

如果 MCP 主机直接挂载所有 21 个后端，就会面对数百个工具 — 数量之多，超出模型的推理能力，还必然会出现名称冲突。路由器将其整合到一个端点，并以搜索界面取代平铺的目录，让模型按意图查找合适的工具，而不是滚动浏览。

它是每个后端的客户端，也是主机的服务端：它为工具界面添加命名空间并进行调整，但绝不会改写后端数据。调用方的令牌绝不会转发到上游。

快速开始

服务群已托管，无需安装：

claude mcp add --transport http genefoundry https://genefoundry.org/mcp

健康检查：genefoundry.org/health。

如需针对在线服务群运行自己的实例（Python 3.14+、uv）：

uv sync --group dev
cp .env.example .env                    # set GF_*_URL backend URLs and GF_AUTH_MODE
uv run genefoundry-router run --host 127.0.0.1 --port 8000
curl -s localhost:8000/health | python -m json.tool

离线模拟服务群（make dev-fleet + make run-dev，或一次性运行 make test-e2e）会通过真实的 Streamable-HTTP，让真实路由器连接模拟后端运行 — 无需 Docker，也无需网络。

工具

路由器不会以平铺形式展示联邦目录。模型会看到三类内容：

工具	用途
search_tools	在整个联邦目录中按相关性搜索
call_tool	通过 <namespace>_<tool> 名称调用搜索结果
固定入口点	每个后端的入口工具，始终可见 — 在 servers.yaml 中按后端声明为 entrypoints:

search_tools(query="splicing prediction")   # → spliceai_predict_splicing (+ schema)
call_tool(name="spliceai_predict_splicing", arguments={...})

固定入口点可确保每个领域的标准工具都能确定性地访问，而非依赖相关性搜索的运气。参见发现机制 — 其中介绍了 MCP 客户端容易踩到的两个陷阱。

Federated backends

22 backends, 285 tools, each surfaced namespaced — e.g. gnomad_search_genes.

Namespace	Domain	Data source	Tools	Repo
pubtator	Literature & entity annotation	PubTator3	35	pubtator-link
gnomad	Variant / gene / population frequency	gnomAD	22	gnomad-link
orphanet	Rare disease ontology & associations	Orphadata	19	orphanet-link
clingen	Gene–disease curation	ClinGen	17	clingen-link
hpo	Phenotype ontology & associations	Human Phenotype Ontology	17	hpo-link
mavedb	Variant-effect assay scores	MaveDB	15	mavedb-link
uniprot	Protein function	UniProt	15	uniprot-link
clinpgx	Pharmacogenomics / gene-drug guidelines	ClinPGx	13	clinpgx-link
genereviews	Gene–disease literature	GeneReviews	13	genereviews-link
mgi	Mouse phenotype & models	MGI	13	mgi-link
mondo	Disease ontology / cross-references	Mondo	13	mondo-link
gencc	Gene–disease curation	GenCC	12	gencc-link
metadome	Protein tolerance landscapes	MetaDome	11	metadome-link
stringdb	Protein–protein interaction networks	STRING	10	stringdb-link
gtex	Tissue expression	GTEx Portal	9	gtex-link
hgnc	Gene nomenclature	HGNC	9	hgnc-link
panelapp	Diagnostic gene panels & curation	PanelApp	9	panelapp-link
autopvs1	Variant ACMG PVS1	AutoPVS1	7	autopvs1-link
spliceai	Splicing prediction	SpliceAI Lookup	7	spliceailookup-link
vep	Variant annotation / consequence	Ensembl VEP	7	vep-link
clinvar	Variant clinical significance	ClinVar	6	clinvar-link
litvar	Variant literature	LitVar2	6	litvar-link

数据与来源

路由器不提供自己的数据；每个后端都负责其数据源、许可证和引用指南，路由器会保留其免责声明。

路由器负责的是工具界面的完整性。后端在审核时可能提供一个干净的工具，之后却更改其定义——这就是 rug pull 的渠道。路由器会为每个规范化的工具定义生成指纹，并将在线运行的整个服务群与经过审核并打包的基线（genefoundry_router/data/fleet-baseline.json）进行差异比对；该检查会在启动时和按计划执行。参见部署 → 漂移检测。

文档

• 配置与身份验证 — 所有 GF_* 变量、OAuth/JWT 资源服务器模式以及启动保护措施。
• 部署 — 容器发布、摘要固定、回滚和漂移检测。
• 发现机制的工作方式 — 搜索界面、入口点固定，以及如何衡量可发现性。
• 设计规范 — 架构，以及采用这种设计的原因。
• 服务群标准 — 工具命名 · 响应封装 · MCP 行为 · 工具界面预算 · 工具架构文档 · 容器加固 · 版本管理 · README。

贡献

工程规范请参见 AGENTS.md。make ci-local 是完成标准：格式检查、lint、行数限制、README 标准检查、mypy 和测试。

许可证

MIT © Bernt Popp。每个联邦后端均遵循其上游数据源的许可证和引用条款；请参见该后端的代码仓库。