Bio-Agents MCP

Name: Bio-Agents MCP
Author: dogeplusplus

本地服务

github.com/dogeplusplus科研与教育1283 周前更新

代码仓库

关于 Bio-Agents MCP

Bio-Agents MCP 是一组用于自然语言查询生物数据的服务和客户端，包含 PDB、ChEMBL 服务及用于本地测试的 Ollama 客户端。

主要功能

01访问 PDB API
02访问 ChEMBL API
03网页界面和终端客户端
04独立运行或通过 Docker Compose 编排

适用场景

01查询蛋白质结构与注释
02探索化学数据库数据
03在本地测试生物数据查询

MCP 相关

其中的 PDB 和 ChEMBL 组件是 MCP 服务，向 MCP 客户端提供生物数据库 API。项目还包含一个用于调用可用工具的 LLM 客户端。

#biology #protein-data-bank #agents #chembl-web-client #ollama #model-context-protocol #mcp-server

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

mcp.json · 通用配置

{
  "mcpServers": {
    "bio-agents": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "build"
      ]
    }
  }
}

启动命令docker run -i --rm build

本地服务需要在你的电脑上安装运行环境（如 Node.js 18+）。各客户端的配置文件位置不同，请参考客户端文档。

安装包

ocibuildstdio

工具

还没有获取到工具列表

本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。

详细介绍

Bio-Agents MCP

用于通过自然语言与生物数据库交互的微服务和客户端集合。

组件

LLM Client：提供 Web UI 和终端模式的自然语言界面
PDB MCP Server：Protein Data Bank API 服务
ChEMBL MCP Server：化学数据库 API 服务

架构

┌─────────────┐     ┌──────────────┐
│   LLM UI    │     │  Ollama LLM  │
│  (Chainlit) │     │              │
└─────┬───────┘     └───────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴─────────────────────┴──────┐
│           LLM Client             │
└─────┬─────────────────────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴───────┐     ┌──────┴───────┐
│  PDB MCP    │     │  ChEMBL MCP  │
│   Server    │     │    Server    │
└─────────────┘     └──────────────┘

快速开始

配置环境：

cp .env.example .env

启动服务：

make build
make up

启动 Web 界面：

make run-chainlit

访问 http://localhost:8000，开始查询生物数据。

开发

使用 make help 查看可用命令
每项服务都有自己的 README，其中包含详细文档
配置文件位于 conf/ 目录中

描述

此项目包含多个模块，它们使用 FastMCP 框架与各种服务和 API 交互。每个模块都用于执行特定任务，可以独立运行，也可以通过 Docker Compose 一起运行。此项目主要关注生物 Agent，提供与 Protein Data Bank (PDB) 等生物数据源交互的工具和服务。

模块

LLM Client

llm-client 模块提供一个客户端，可与大模型 (LLM) 服务交互，以处理查询并使用可用工具。该模块基于 FastMCP 框架构建，支持使用 aiohttp 进行异步操作。

更多详情请参阅 LLM Client README。

Protein Data Bank

protein_data_bank_mcp 模块提供一个服务，可与 Protein Data Bank (PDB) API 交互，以获取结构组装描述、化学组分、drugbank 注释、分支实体、非聚合物实体、聚合物实体、uniprot 注释、结构、pubmed 注释、pdb 集群数据聚合、聚合组来源、pdb 集群数据聚合方法以及成对聚合物界面描述。该模块基于 FastMCP 框架构建，支持使用 aiohttp 进行异步操作。

更多详情请参阅 Protein Data Bank README。

Docker

每个模块都提供了 Dockerfile，用于构建 Docker 镜像。

构建 Docker 镜像：
```
docker build -t <module-name> .
```

运行 Docker 容器：

docker run --env-file .env <module-name>

Docker Compose

项目提供了 docker-compose.yml 文件，用于一起运行所有服务。

启动所有服务：
```
docker-compose up -d
```
停止所有服务：
```
docker-compose down
```

Makefile

项目提供了 Makefile，用于简化常见任务。

可用目标：
- setup-env：设置初始环境。
- build：构建所有 Docker 镜像。
- up：使用 docker-compose 启动所有服务。
- down：使用 docker-compose 停止所有服务。
- restart：使用 docker-compose 重启所有服务。