BioRxiv MCP Server

bioRxiv MCP 服务

🔍 让 AI 助手通过简单的 MCP 接口搜索和访问 bioRxiv 论文。

bioRxiv MCP 服务通过 Model Context Protocol (MCP) 在 AI 助手与 bioRxiv 的预印本仓库之间架起桥梁。它允许 AI 模型以编程方式搜索生物学预印本并访问其元数据。

🤝 贡献 • 📝 报告 Bug

✨ 核心功能

• 🔎 论文搜索：使用关键词或高级搜索查询 bioRxiv 论文 ✅
• 🚀 高效检索：快速访问论文元数据 ✅
• 📊 元数据访问：检索特定论文的详细元数据 ✅
• 📊 研究支持：促进生物科学研究与分析 ✅
• 📄 论文访问：下载并阅读论文内容 📝
• 📋 论文列表：查看所有已下载的论文 📝
• 🗃️ 本地存储：论文保存在本地以便更快访问 📝
• 📝 研究提示词：一组用于论文分析的专用提示词 📝

🚀 快速开始

前置要求

• Python 3.10+
• FastMCP 库

安装

1. 克隆仓库：

   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
   cd bioRxiv-MCP-Server
   

2. 安装所需的依赖项：

   pip install -r requirements.txt
   

通过 Smithery 安装

要通过 Smithery 自动为 Claude Desktop 安装 bioRxiv 服务：

claude

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

将以下内容粘贴到 Settings → Cursor Settings → MCP → Add new server：

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

与 Claude Desktop 配合使用

将此配置添加到你的 claude_desktop_config.json：

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

(Windows 版本)：

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

与 Cline 配合使用

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 使用

启动 MCP 服务：

python biorxiv_server.py

🛠 MCP 工具

bioRxiv MCP 服务提供以下工具：

1. search_biorxiv_key_words：使用关键词搜索 bioRxiv 上的文章。
2. search_biorxiv_advanced：使用多个参数对 bioRxiv 上的文章执行高级搜索。
3. get_biorxiv_metadata：使用 DOI 获取 bioRxiv 文章的元数据。

搜索论文

你可以让 AI 助手使用如下查询搜索论文：

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

获取论文详情

获得 DOI 后，你可以请求更多详情：

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 项目结构

• biorxiv_server.py：使用 FastMCP 的主 MCP 服务实现
• biorxiv_web_search.py：包含用于搜索 bioRxiv 的网页抓取逻辑

🔧 依赖项

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging

🤝 贡献

欢迎贡献！请随时提交 Pull Request。

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证。

⚠️ 免责声明

此工具仅供研究用途。请遵守 bioRxiv 的服务条款并负责任地使用此工具。