BioCatalystFeed

Name: BioCatalystFeed
Author: biocatalystfeed

本地服务

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关于 BioCatalystFeed

BioCatalystFeed 汇总生物技术临床试验、监管行动、资助、论文和申报文件的变化，供跟踪公司或药物的研究人员和团队使用。它整合多个公开来源，并提供命令行、MCP 服务、订阅源文件和 Apify 接入；数据可能不完整或延迟。

主要功能

01搜索试验并跟踪字段变化
02监测 FDA 和 EMA 行动
03查找 NIH 资助和研究论文
04跟踪 SEC 的 PDUFA 提及及 FDA 会议
05生成合并的公司资料
06导出 RSS 或 JSON Feed 摘要

适用场景

01监测生物技术公司的试验管线
02跟踪药物监管决定
03追踪资助和论文更新
04跨公开来源查看公司动态

MCP 相关

MCP 服务提供生物技术数据搜索、公司资料、快照和变化订阅源工具。托管的只读端点通过部分来源提供五种工具。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

mcp.json · 通用配置

{
  "mcpServers": {
    "biocatalystfeed-biocatalystfeed": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "biocatalystfeed"
      ],
      "env": {
        "BIOCATALYSTFEED_DB": "<BIOCATALYSTFEED_DB>"
      }
    }
  }
}

启动命令uvx biocatalystfeed

需要配置的环境变量

BIOCATALYSTFEED_DBPath to the SQLite snapshot DB (default ~/.trialwatch.db)

本地服务需要在你的电脑上安装运行环境（如 Node.js 18+）。各客户端的配置文件位置不同，请参考客户端文档。

安装包

pypibiocatalystfeed0.4.0stdio

工具

收录的工具列表 · 更新于今天

参数	类型	必填
rank	boolean	否
phases	any	否
exclude	any	否
sponsor	any	否
statuses	any	否
condition	any	否
max_records	integer	否
intervention	any	否
changed_since	any	否

详细介绍

BioCatalystFeed

网站：https://biocat.ai · 联系方式：[email protected]

面向生物技术领域的开源催化剂信息流：查看你关注的公司和药物在临床试验、FDA 和 EMA 行动、NIH 资助、论文／预印本及 SEC 文件方面有哪些变化。 可将其用作 CLI、供 AI Agent（Claude、Cursor，……）使用的 MCP 服务，或用作 Apify actor。

⚠️ 不构成投资、法律或医疗建议。 数据可能不完整、有延迟或不准确；PDUFA 日期是从 SEC 文件中提取的未经核实的候选日期。请务必查阅链接中的一手来源。

功能介绍

来源	命令	可获取内容
ClinicalTrials.gov API v2（NLM）	`bcf trials`	搜索、申办方管线、差异：新增试验、状态／阶段／入组人数／日期、主要终点、试验组、干预措施、研究地点数量及结果发布情况的变化；每项均标记为关键／显著／轻微
openFDA（Drugs@FDA、SPL 标签）	`bcf fda`	批准（含新分子实体 NME／BLA 标记）、申报、标签修订、差异
NIH RePORTER	`bcf grants`	按机构／PI（可识别中间名首字母）／关键词搜索资助；新增资助、金额变化
PubMed + Europe PMC + bioRxiv/medRxiv	`bcf papers`	论文和预印本，按 DOI／PMID 对不同来源的记录去重
SEC EDGAR	`bcf sec`	8-K 文件中的 PDUFA 日期提及（未经核实的候选日期，附文件链接）
欧洲药品管理局（EMA）	`bcf ema`	欧盟集中授权药品：CHMP 意见、EC 授权、拒绝、撤回、暂停；孤儿药／PRIME 标记；差异
Federal Register（FDA 通知）	`bcf adcom`	FDA 咨询委员会会议：从议程中提取委员会、会议日期、NDA／BLA 编号和申办方；延期／取消；差异
以上所有来源	`bcf profile`	合并的公司简介（按名称或股票代码）

所有工具均支持：使用 --exclude TERM … 排除无关信息，使用 --rank 按相关性排序，并在每次 watch 时生成 --rss / --json-feed 摘要文件（本地文件，可供托管或馈入任何阅读器；不会发送邮件）。

快速开始

python3 -m venv .venv && source .venv/bin/activate   # macOS/Homebrew Python blocks global pip installs (PEP 668)
pip install biocatalystfeed
# no venv needed:  uvx --from biocatalystfeed bcf --help    or    pipx install biocatalystfeed

bcf trials search --sponsor "Viking Therapeutics" --phase PHASE3
bcf papers search --drug resmetirom --since 2026-09-01 --exclude mice rat --rank
bcf grants search --pi "Ioannou, George N" --since 2024-01-01 --no-future
bcf sec pdufa MDGL --since 2023-01-01
bcf profile Lilly MDGL "Viking Therapeutics" --md profiles.md
bcf ema search --status Opinion --since 2026-09-01          # latest CHMP opinions (EU)
bcf adcom upcoming --area drugs biologics                   # scheduled FDA advisory committee meetings

# watches: first run = baseline, later runs report what changed (cron it daily)
bcf trials --db bcf.db watch --name obesity --condition obesity --phase PHASE3 --rss obesity.rss
bcf trials --db bcf.db changes --name obesity --min-severity critical   # terminations, endpoint rewrites
bcf papers --db bcf.db watch --name mdgl --affiliation "Madrigal Pharmaceuticals" --json-feed mdgl.feed.json

--db 等全局标志应放在工具名称之后、子命令之前：bcf trials --db bcf.db changes，而不是 bcf --db bcf.db trials changes 或 bcf trials changes --db bcf.db。 bcf trials changes 会为每项变化打印一行易读摘要；添加 --json 可让每行输出一个 JSON 对象。 PubMed 的 --since / --until 按输出中显示的出版日期筛选（Europe PMC 使用首次出版日期）。

旧命令（trialwatch、fdawatch、grantwatch、paperwatch、secwatch、trialwatch-mcp）仍然可用。

MCP 服务

{"mcpServers": {"biocatalystfeed": {"command": "uvx", "args": ["biocatalystfeed", "mcp"],
  "env": {"BIOCATALYSTFEED_DB": "/path/to/bcf.db"}}}}

（也可以将 command 指向已安装的 biocatalystfeed-mcp）。该项目已列入官方 MCP Registry，名称为 io.github.biocatalystfeed/biocatalystfeed。工具包括 search_trials、sponsor_pipeline、fda_approvals、company_profile、search_grants、 search_papers、sec_pdufa_mentions、ema_medicines、fda_adcom_meetings、snapshot_* / *_changes_since，以及 changes_feed（RSS / JSON Feed）。

配置

环境变量	用途
`BIOCATALYSTFEED_CONTACT`	填入 SEC User-Agent 的联系邮箱（遵守 SEC 公平访问政策）。默认使用项目联系邮箱（`[email protected]`）；大量使用 SEC 时，请设置为你自己的联系邮箱
`SEC_USER_AGENT`	完整的 SEC User-Agent 覆盖值
`NCBI_EMAIL`	可选的、发送给 NCBI E-utilities 的邮箱
`OPENFDA_API_KEY`	可选的 openFDA API 密钥（可在 open.fda.gov/apis/authentication 免费获取）；可提高每日／每分钟速率限制。不会记录
`NCBI_API_KEY`	可选的 NCBI E-utilities API 密钥（可从 NCBI 账户设置中免费获取）；可将 PubMed 限制从 3 提高到 10 次请求／秒。不会记录
`BIOCATALYSTFEED_DB`（或 `TRIALWATCH_DB`）	MCP 服务使用的 SQLite 数据库
`FDAWATCH_ALIASES`	用于扩展公司别名表的 JSON 文件

对比情况

关于 DataLookout 的信息来自 datalookout.com、其 /citeline-alternative 和 /clinical-trial-monitoring 页面（于 2026-10-21 PT 查看）。我们未测试过其产品。更完整且附有引用的对比见：docs/COMPARISON.md。

	BioCatalystFeed（开源）	DataLookout
价格	免费（Apache-2.0）；免费但有速率限制的托管 MCP 端点	免费套餐；Pro 每月 $49
数据源	ClinicalTrials.gov、openFDA、NIH RePORTER、PubMed、Europe PMC、bioRxiv/medRxiv、SEC EDGAR、EMA、Federal Register（FDA AdComs）	ClinicalTrials.gov
变更跟踪	对比你自己的运行结果（试验：状态、阶段、入组人数、日期、申办方、标题、终止原因、主要终点、组别、干预措施、研究地点数量、结果发布；严重程度分为 critical/notable/minor；另包括 FDA、EMA、AdCom、拨款、论文和 SEC 变更）	每日扫描；包含状态、入组人数、主要终点、干预措施、结果、研究地点数量、完成日期等 13 个字段；变更标记为 Stopped/Notable/Minor
交付方式	CLI、面向 AI Agent 的 MCP 服务（本地运行，或使用只读托管子集）、RSS/JSON Feed 文件、Apify actor	每日早间邮件摘要 + 仪表板收件箱
监控上限	自托管时无上限	免费：1 个申办方 + 1 个疾病监控列表 + 1 个已保存搜索；Pro：每类各 10 个
调度	由你运行（cron、Apify 调度）	托管，每日运行
设置	安装 Python	“2 分钟”（其说法）

如果你需要托管的、通过邮件发送且仅涵盖 ClinicalTrials.gov 的摘要，请选择 DataLookout。如果你希望按公司或股票代码监控多个数据源、使用 Agent/MCP 访问，或自行托管，请选择 BioCatalystFeed。

试验变更严重程度（v0.3.0）

每项试验变更都包含 severity，日期变更还包含 shift_days：

critical：状态变为 TERMINATED / SUSPENDED / WITHDRAWN，出现终止原因，或主要终点被改写。
notable：其他状态或阶段变更、新试验、主要申办方变更、结果发布、组别或干预措施变更、入组人数变更达到 20% 或以上，以及开始日期 / 主要完成日期 / 完成日期变动 30 天或以上。
minor：其他所有变更（日期或入组人数的小幅调整、研究地点数量变更、标题编辑）。

在 bcf trials watch / changes 中使用 --min-severity notable|critical 进行筛选，或在 MCP 工具 trial_changes_since 中使用 min_severity。旧版本创建的快照会在下一次运行时开始跟踪这些新字段，因此升级不会产生大量虚假变更。

搜索筛选条件（v0.2.1）

--exclude 接受单词或短语（以空格或逗号分隔）；匹配时按完整单词进行且不区分大小写，末尾的 * 表示前缀通配符（--exclude "murin*" rat）。
--rank 为标题匹配计 3 分，为其他字段匹配计 1 分（允许简单复数形式）；标题中出现完整多词短语加 1 分，所有查询词均匹配时加 2 分；同分时优先选择日期较新的结果。分数位于 relevance 中。

数据来源、限制与使用规范

内置限流遵循各数据源发布的政策（例如 NIH RePORTER 为 1 req/s，未使用密钥时 NCBI ≤3 req/s，声明 User-Agent 时 SEC ≤10 req/s，未使用密钥时 openFDA 每个 IP 每天 1,000 req）。对于论文和预印本，我们只存储元数据和链接，绝不存储摘要。变更检测仅涵盖你自己的运行结果；没有历史数据回填。PDUFA 日期通过正则表达式从 8-K 文本中提取，并非来自日历。数据由美国食品药品监督管理局提供（https://open.fda.gov）。来源：欧洲药品管理局（EMA），https://www.ema.europa.eu。完整归属信息见 NOTICE。设计说明和各数据源的使用条款见 docs/DEVELOPER-NOTES.md。

托管的 MCP 端点（免费）

Cloudflare Workers 上运行着一个免费的、只读的、速率受限的 MCP 端点（Streamable HTTP，无需账号）：

https://bcf-mcp.lively-recipe-5a12.workers.dev/mcp

{"mcpServers": {"biocatalystfeed-hosted": {"type": "http", "url": "https://bcf-mcp.lively-recipe-5a12.workers.dev/mcp"}}}

它通过 ClinicalTrials.gov、openFDA、PubMed 和 Federal Register 提供 5 个工具（search_trials、get_trial、fda_approvals、search_papers、fda_adcom_meetings）。限制：每个 IP 每分钟 30 次请求（超出后返回 HTTP 429）。监控、变更历史记录和其他数据源需要使用上方的本地安装方式。不会保留请求日志；详见 TERMS.md 和 PRIVACY.md。源码：worker/。

贡献 / 测试

git clone https://github.com/biocatalystfeed/biocatalystfeed && cd biocatalystfeed
python3 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -e '.[dev]'
pytest                      # offline tests; live-API tests are skipped by default
TRIALWATCH_LIVE=1 pytest    # also run tests that call the real public APIs (needs network; slower)

贡献与许可

请参阅 CONTRIBUTING.md、CODE_OF_CONDUCT.md 和 SECURITY.md（请私下报告漏洞）。本项目采用 Apache License 2.0 许可。BioCatalystFeed 独立运营，未获得 NLM、NIH、FDA、SEC、EMA、Office of the Federal Register、EMBL-EBI/Europe PMC 或 bioRxiv/medRxiv 的认可。