BioGRID MCP server

BioGRID MCP 服务

这是一个模型上下文协议（MCP）端点服务，可让任何大模型或自主 Agent 访问 BioGRID API，获取 BioGRID 精选的 2 × 10⁷ 条遗传和物理互作数据。本仓库提供的工具可帮助你的 Agent 技术栈从原始基因符号出发，生成有文献支持的互作网络、TSV 边列表以及可直接分析的统计数据——所有操作均通过经架构验证的 JSON 调用完成。这些工具会自行描述输入和输出，因此 Agent 可以自主发现、验证并修正调用。

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工具

1. get_interactions：检索涉及某个基因的所有 BioGRID 互作。
2. get_neighbors：轻量级封装，返回单个基因的一级互作对象。
3. export_edge_list：为一组基因生成 TSV/CSV 边列表，可直接用于 Cytoscape 或 graph-tool。
4. search_genes：对 BioGRID 基因表执行模糊搜索，以查找含义不明确的符号或别名。
5. interaction_stats：快速汇总基因列表的网络信息（计数、度分布、物理/遗传互作比例）。

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资源模板

1. biogrid://edge-list/{gene1,gene2,…}：基因集的 TSV 边列表（与 export_edge_list 相同，但会缓存且可分享）
2. biogrid://interaction/{biogrid_id}：让 Agent 无需解析整个 TSV，即可引用一条互作作为证据。
3. biogrid://gene/{gene_symbol}：快速“知识卡片”，模型可在介绍基因时引用。
4. biogrid://publications/{pubmed_id}：无需访问 NCBI，即可实现支持引文的回答或 RAG 工作流。
5. biogrid://dataset/{dataset_id}：批量下载特定版本的 BioGRID 数据集（tar/zip）。

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示例用例

工具名称	用途	核心参数（默认值）	典型输出	示例用例
get_interactions	获取涉及一个基因的所有 BioGRID 相互作用。	gene_symbol （必填）、species = 9606、type = "all" | "physical" | "genetic"、limit = 1000	JSON 相互作用对象数组，每个对象包含互作伙伴、实验系统、PubMed ID 和评分。	“显示报告的 TP53 的所有物理相互作用，以便我为 CRISPR 筛选筛选辅助因子候选对象。”
get_neighbors	轻量级封装，仅返回第一度互作伙伴。	与上述参数相同（limit 默认为 250）。	互作伙伴符号及元数据的 JSON 列表（非常适合提示词循环）。	“自动扩展蛋白质集合：‘给定 BRCA1，返回其前 25 个遗传互作伙伴，并将它们用于功能富集分析。’”
export_edge_list	为一组基因生成 TSV/CSV 边列表，可直接用于 Cytoscape、NetworkX、Gephi 等。	gene_symbols[] （必填）、species、type	单个文本块（TSV）或分块流：源、目标、相互作用类型、PubMed、证据。	“为我的 RNA-seq DEG 列表中的基因创建边列表，以便我在 Cytoscape 中对网络进行聚类并查找功能模块。”
search_genes	模糊搜索 BioGRID 的基因表，以查找含义不明确的符号或别名。	query （必填）、species	排序后的列表，包含官方符号、系统名称、BioGRID ID 和生物。	“解析别名：‘我不确定 p85 对应的是 PIK3R1 还是 PIK3R2——请搜索并让我选择正确的高置信度条目。’”
interaction_stats	快速汇总基因列表的网络信息（节点/边数量、度分布、物理：遗传比例）	gene_symbols[] （必填）、species、type	包含节点数、边数、平均度数、直方图分桶的 JSON。	“导出前，请帮我快速检查一下：我的 50 个阿尔茨海默病相关结果之间的相互作用网络有多稠密？”

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快速安装

1. 克隆并安装

git clone https://github.com/<you>/biogrid-mcp-server.git
cd biogrid-mcp-server
npm install

2. 设置你的 BioGRID API 密钥

https://webservice.thebiogrid.org/ 学术用途免费。

   export BIOGRID_API_KEY=YOUR_KEY_HERE

3. 运行服务

stdio 模式最适合本地大模型

npm run start

HTTP 模式——在一个端口上公开服务，供远程 Agent 使用（选择任意可用端口）：

npm run start:http -- --port 3335

你应该会看到类似内容：

[BIOGRID-MCP] server ready – manifest at /.well-known/mcp/manifest.json

5. 工具调用示例

{
  "name": "get_neighbors",
  "arguments": {
    "gene_symbol": "TP53",
    "species": 9606,
    "type": "genetic",
    "limit": 250
  }
}

这里的 9606 表示物种“人类”。 你将获得的示例

{
  "query": {"gene":"TP53","species":9606,"type":"genetic"},
  "neighbors": [
    {
      "partner": "MDM2",
      "biogridId": "111",
      "experimentalSystem": "Dosage Rescue",
      "pubmedIds": [12345]
    }
    /* … */
  ],
  "meta": {
    "total": 187,
    "timestamp": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SSZ",
    "biogrid_version": "4.4.229"
  }
}

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跨多个 MCP 服务的工作流示例

1. 变异分诊： search_genes → get_interactions → 按遗传证据筛选 → 根据 PubMed 支持度对互作伙伴排序。

2. 构建模块： get_neighbors（种子基因）→ export_edge_list → 输入 GRAPH-MCP 进行聚类 → overlay_expression。

3. 跨数据库富集： search_genes → STRING-MCP get_functional_enrichment → Reactome-MCP 通路叠加。

即将推出：http://github.com/kleonai/bio-mcp-servers，提供 Biology MCP 服务列表和使用指南。

开发指南

• src/api.ts – 围绕 BioGRID /interactions/ 和 /gene/ 端点的轻量 axios 封装
• src/parsers.ts – 将 TSV 转换为类型化对象
• src/tools.ts – 声明工具架构和处理程序
• src/server.ts – 接入 MCP 传输（stdio + express）
• 在 src/analytics.ts 中添加新的分析功能（例如中心性、聚类）

前提条件

要求	版本	备注
Node.js	≥ 18 LTS	支持 TypeScript + ESM
npm	≥ 9	随 Node 安装包提供
BioGRID API key	学术用途免费	在此申请

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该服务由 https://kleonlab.com/ 开发。