Biomart MCP

Biomart MCP

用于连接 Biomart 的 MCP 服务

Model Context Protocol（MCP）是一种开放协议，用于标准化应用向 Anthropic 开发的大模型提供上下文的方式。这里我们使用 MCP python-sdk，通过 pybiomart 软件包创建一个连接 Biomart 的 MCP 服务。

这里有一段简短的演示视频，展示了 MCP 服务在 Claude Desktop 上的运行效果。

安装

通过 Smithery 安装

通过 Smithery 为 Claude Desktop 自动安装 Biomart MCP：

npx -y @smithery/cli install @jzinno/biomart-mcp --client claude

克隆代码仓库

git clone https://github.com/jzinno/biomart-mcp.git
cd biomart-mcp

Claude Desktop

uv run --with mcp[cli] mcp install --with pybiomart biomart-mcp.py

Cursor

通过 Cursor 的 Agent 模式，其他模型（例如 OpenAI 或 DeepSeek 的模型）也可以使用 MCP 服务。点击 Cursor 设置齿轮图标，导航到 MCP，然后将 MCP 服务添加到全局配置，或者将 .cursor/mcp.json 添加到项目中，以便将其添加到项目范围内。

.cursor/mcp.json 示例：

{
    "mcpServers": {
        "Biomart": {
            "command": "uv",
            "args": [
                "run",
                "--with",
                "mcp[cli]",
                "--with",
                "pybiomart",
                "mcp",
                "run",
                "/your/path/to/biomart-mcp.py"
            ]
        }
    }
}

Glama

开发

# Create a virtual environment
uv venv

# MacOS/Linux
source .venv/bin/activate

# Windows
.venv\Scripts\activate

uv sync #or uv add mcp[cli] pybiomart

# Run the server in dev mode
mcp dev biomart-mcp.py

功能

Biomart-MCP 提供了多种与 Biomart 数据库交互的工具：

• Mart 和数据集发现：列出可用的 mart 和数据集，以探索 Biomart 数据库结构
• 属性和筛选器探索：查看特定数据集的常用属性和筛选器，或查看所有可用项
• 数据获取：使用特定属性和筛选器查询 Biomart，获取生物学数据
• ID 转换：在不同的生物学标识符之间转换（例如，将基因符号转换为 Ensembl ID）

贡献

欢迎提交拉取请求！关于开发的几点说明：

• 我们特意只使用 @mcp.tool()，以尽可能提高与支持 MCP 的客户端的兼容性，详情请参阅文档。
• 我们使用 @lru_cache 缓存计算开销较大或会调用外部 API 的函数结果。
• 我们需要注意不要撑爆模型的上下文窗口。例如，你会在许多地方看到 df.to_csv(index=False).replace("\r", "")。与 df.to_string() 相比，这种 CSV 格式的返回方式节省了更多 Token，因为后者的大部分 Token 都是空白字符。还要注意，从染色体中获取所有基因或类似的大型请求，也会超出上下文窗口容量。

未来可能实现的功能

当然，还可以添加更多功能，其中一些可能超出 biomart-mcp 这个名称的范围。以下是一些想法：

• 使用 bs4 为资源网站添加网页抓取功能。例如，我们获取到 NOTCH1 的 Ensembl 基因 ID 后，在某些情况下或许可以从 它在 UCSC 上的页面中提取汇总的 Comments and Description Text from UniProtKB 部分
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