Bio-OS MCP Server

Bio-OS MCP 服务

一个基于模型上下文协议（MCP）的工具和提示词服务，为 Bio-OS 提供工作流管理和 Docker 镜像构建能力。

用法

我们建议使用适用于 VSCode 的 CLINE 扩展与此 MCP 工具交互。有两种可用的部署方式：在本地计算机上独立安装，或在 Miracle Cloud IES 实例中使用 Code Server。请选择最适合您需求的方式。

本地安装（通过本地 VSCode 使用 MCP）

先决条件

Bio-OS MCP 服务需要以下依赖项：

1. 安装 uv（Python 包管理器）：

pip install uv

2. 安装 Cromwell（工作流执行引擎）：

brew install cromwell

安装

克隆 Bio-OS MCP 服务仓库：

git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git

配置

在 CLINE 的 MCP 设置中配置 Bio-OS MCP 服务脚本路径。将占位符替换为安装目录的绝对路径：

{
  "mcpServers": {
    "bioos": {
      "command": "path/to/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "path/to/bioos-mcp-server",
        "run",
        "path/to/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py"
      ],
      "env": {
        "PYTHONPATH": "path/to/bioos-mcp-server/src",
        "MIRACLE_ACCESS_KEY": "xxxxxxxxxxxx",
        "MIRACLE_SECRET_KEY": "xxxxxxxxxxxx"
      }
    }
  }
} 

按照下方所示的流程完成配置。状态变为绿色时，Bio-OS MCP 服务即可使用。如果连接不稳定，请点击“Retry Connection”：

由于 CLINE 尚不支持 MCP 提示词，请将 bioos-mcp-prompt.md 的内容复制到 CLINE 的 Custom Instructions 中，以获得最佳体验：

完成配置后，即可开始使用 Bio-OS MCP 服务进行开发。

云端安装（在 Miracle Cloud 中通过 Code Server 使用 MCP）

对于 Miracle Cloud 用户，我们提供了预配置的 Docker 镜像，其中包含 Bio-OS MCP 服务的所有依赖项。请按以下步骤操作：

1. 使用镜像 registry-vpc.miracle.ac.cn/infcprelease/iespro:250217 启动 IES 实例
2. 选择“Open with VSCode”以访问开发环境：

在 Code Server 中配置

1. 点击左侧边栏中的 CLINE 图标，并配置大模型的凭据：

2. 打开 CLINE 的 MCP 配置页面，确认 Bio-OS MCP 服务已正确连接。如有需要，请使用“Retry Connection”：

完成配置后，即可开始使用 Bio-OS MCP 服务进行开发。

功能

1. 工作流管理

• 提交并监控工作流
• 上传 WDL 工作流
• 验证 WDL 脚本
• 生成输入文件模板

2. Docker 镜像管理

• 构建 Docker 镜像
• 检查构建状态
• 监控构建进度
• 获取构建日志

API 参考

工具

1. submit_workflow

   • 功能：提交 Bio-OS 工作流
   • 参数：
     • ak：访问密钥
     • sk：秘密密钥
     • workspace_name：工作空间名称
     • workflow_name：工作流名称
     • input_json：输入 JSON 文件路径

2. import_workflow

   • 功能：将 WDL 工作流上传到 Bio-OS 系统
   • 参数：
     • ak：访问密钥
     • sk：秘密密钥
     • workspace_name：工作空间名称
     • workflow_name：工作流名称
     • workflow_source：WDL 文件路径
     • workflow_desc：工作流描述

3. validate_wdl

   • 功能：验证 WDL 工作流脚本
   • 参数：
     • wdl_path：WDL 文件路径

4. generate_inputs

   • 功能：生成 WDL 输入文件模板
   • 参数：
     • wdl_path：WDL 文件路径

5. build_docker_image

   • 功能：构建 Docker 镜像
   • 参数：
     • registry：镜像仓库地址
     • namespace_name：命名空间
     • repo_name：仓库名称
     • tag：版本标签
     • source_path：Dockerfile 或归档文件路径

6. check_build_status

   • 功能：检查 Docker 镜像构建状态
   • 参数：
     • task_id：构建任务 ID

提示词（Cline 尚不支持）

1. wdl_development_workflow_prompt

   • 功能：生成完整的 WDL 工作流开发指南
   • 内容：
     • WDL 脚本开发步骤
     • 任务结构指南
     • 运行时配置要求
     • Docker 镜像准备指南

2. wdl_runtime_prompt

   • 功能：生成 WDL 运行时配置模板
   • 内容：
     • 必需的 Docker 镜像配置
     • 内存设置（默认值：8 GB）
     • 磁盘设置（默认值：20 GB）
     • CPU 设置（默认值：4）

3. workflow_input_prompt

   • 功能：生成工作流输入准备指南
   • 内容：
     • 输入文件准备步骤
     • 参数验证指南
     • 文件路径要求

4. workflow_submission_prompt

   • 功能：生成工作流提交模板
   • 内容：
     • 所需凭据（ak/sk）
     • 工作区配置
     • 输入文件要求

5. docker_build_prompt

   • 功能：生成 Docker 构建流程指南
   • 内容：
     • Dockerfile 生成步骤
     • 构建配置要求
     • 镜像仓库设置
     • 构建状态监控指南

注意：Cline 环境目前不支持提示词。这些提示词仅可在直接使用 MCP 服务或通过 Claude Desktop 使用时调用。

✅ 经 MCPHub 认证

此服务已通过 MCPHub 官方认证。请在我们的 MCPHub 个人资料页面验证认证状态。

贡献

欢迎提交问题和拉取请求。

许可证

MIT 许可证