Cytoscape Desktop MCP

Cytoscape MCP 服务

为 Cytoscape Desktop 提供的嵌入式 Model Context Protocol (MCP) 服务，以 Cytoscape App 的形式打包。Claude Desktop 等 AI 客户端通过 HTTP 连接到 Cytoscape，并调用可直接控制桌面应用的工具，例如加载网络、设置活动视图等。

注意： 此应用目前处于实验阶段。界面和可用工具可能会发生变化。

架构

工作原理

安装后，该应用会在 Cytoscape 现有的 CyREST HTTP 服务中发布一个 MCP 端点。AI 客户端通过 Streamable HTTP 传输连接到 MCP 端点，并调用 MCP 工具来驱动 Cytoscape 桌面显示界面中的活动。

该应用还会在 Cytoscape Desktop UI 中添加两个可视化指示器：

MCP 工具栏按钮

状态栏左下角有一个醒目的 MCP 按钮。MCP 服务运行时，标签为绿色；未运行时则为红色。点击按钮会打开 Agent 配置对话框，其中显示完整的 MCP URL，以及所有受支持 Agent 的连接说明。

任务历史记录

每次调用 MCP 工具都会记录在 Cytoscape 的任务历史记录面板中（视图 > 显示任务历史记录），以便查看 Agent 调用了哪些工具以及调用时间。

AI Agent──► HTTP──► http://localhost:{rest.port}/mcp ──► Cytoscape Desktop
                                                               └── load network from NDEx or file
                                                               └── get loaded network views
                                                               └── set current network view
                                                               └── create network view

要求

• Cytoscape 3.10 或更高版本
• 互联网连接（用于从 NDEx 加载网络）
• 兼容 MCP 且支持 Streamable HTTP 传输的 AI 客户端（不包括 SSE，因为它已于 2025 年 2 月弃用）（例如 Claude Desktop）

试试看！

从 Cytoscape App Store 安装（推荐）

从 App Store 安装 Cytoscape MCP Server——这就是 MCP 服务本身，本页中的其他所有内容都依赖于它已安装并运行：

• https://apps.cytoscape.org/apps/cytoscapemcpserver

也可以在 Cytoscape 中安装：打开 Apps > App Manager，搜索 Cytoscape MCP Server 并安装。

手动安装 JAR

也可以获取应用 JAR：

• 从 Releases 页面下载最新的 cytoscape-mcp-<VERSION>.jar。
• 或者从源代码构建 JAR

然后：

1. 打开 Cytoscape Desktop。
2. 前往 Apps > App Manager > Install from File。
3. 选择 MCP App JAR 的文件路径；如果系统提示，请重启 Cytoscape。

启动后，可通过状态栏中的 MCP 按钮查看 MCP 状态。

将 Agent 连接到 Cytoscape Desktop MCP

请参阅 docs/AgentConfiguration.md，了解 Claude Desktop、Claude Code、GitHub Copilot（VS Code）、GitHub Copilot CLI 和 OpenAI Codex CLI 的分步设置说明。

Cytoscape Desktop MCP 诊断

• 大多数 Agent 都有 /mcp 命令或 UI 设置面板，可显示与 MCP 服务的连接状态以及此服务当前发布的工具列表；请检查其是否标记为“已连接”。
• 检查 MCP 健康状态端点

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/health
  

  将 {rest.port} 替换为 Cytoscape 的 CyREST 端口（显示在 Agent 配置对话框中）。你应该会看到 {"status":"ok","transport":"mcp-streamable-http"}。如果出现“连接被拒绝”错误，说明 Cytoscape 未运行或端口不正确。
• 使用外部 MCP 检查工具，对运行于 http://localhost:{rest.port}/mcp 的 Desktop MCP 服务进行验证，或查看当前工具目录：modelcontextprotocol/inspector

从源代码构建

如果你想直接从源代码构建应用 JAR，而不是使用发行版 JAR。

要求：

• Java 17 和 JDK
• Git
• Make

git clone https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp
cd cytoscape-desktop-mcp
make install

JAR 将生成在 build/libs/cytoscape-mcp-<VERSION>.jar。

完整的构建目标列表：

make help

发行标签

此仓库中的两个组件使用不同的标签命名空间发布：

组件	标签	生成内容
Cytoscape App（MCP 服务）	vX.Y.Z	cytoscape-mcp-<VERSION>.jar，以及 .mcpb 的便捷副本
MCPB bridge（claude-extension/）	mcpb-vX.Y.Z	cytoscape-mcp.mcpb，并发布到 npm 和 MCP Registry

Bridge 的版本与应用独立，因为它是单独的交付物，拥有独立的源代码树，用于提供 stdio-to-http 传输桥接，供某些 Agent 使用。请参阅 registry/README.md 了解发行操作手册。

Cytoscape Desktop MCP 工具目录

MCP 服务提供服务器上注册的所有工具的人类可读目录，采用 Markdown 格式，并包含每个工具输入和输出的完整 MCP Protocol JSON schema 定义。你可以通过以下多种方式获取目录：

• 应用在 Desktop 中加载后，MCP 服务会在运行时公开 <CyRest Url>/mcp/manifest 端点，可通过浏览器或命令行获取

curl http://localhost:{rest.port}/mcp/manifest

• 本地完成任何构建后，make build 会根据当前代码生成 MCP manifest，并将其写入静态文件 build/generated/manifest/MCPManifest.md，供审阅。
• 仓库中也存有该目录的静态副本：MCPManifest.md

通过 Agent 提示词激活 Cytoscape Desktop MCP 工具：

调用工具需要进行一些提示词工程，提供关键词或短语，以便激活大模型选择使用工具。请查看 MCPManifest.md，其中每个工具的描述都包含 3 到 4 个提示词片段示例，可供参考，了解如何触发大模型激活工具。

• 一个简单提示词示例，它会引导大模型对所有可用工具进行推理，并将它们编排为构建模块序列，以实现所请求的最终结果：

   > open a network using cytoscape desktop
  

Cytoscape Desktop MCP 配置属性

可在运行时通过 Edit > Preferences > Properties > cytoscapemcp 编辑属性：

属性	默认值	描述
mcp.ndexbaseurl	https://www.ndexbio.org	NDEx 基础 URL（立即生效）

文档

完整文档位于 docs/ 目录中：

• Agent 配置 — 连接 Claude Desktop、Claude Code、GitHub Copilot、Codex CLI 等
• 用户手册 — 配置参考和可用工具
• 教程 — 端到端操作指南：安装、连接、加载网络
• 常见问题 — 常见问题与故障排除

版权和许可

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致谢

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