decoupler-MCP

Name: decoupler-MCP
Author: scmcphub

本地服务

github.com/scmcphub科研与教育470 周前更新

代码仓库

关于 decoupler-MCP

decoupler-MCP 为 decoupler 提供 scRNA-Seq 分析的自然语言接口，面向研究人员和 Agent 开发者，涵盖数据处理、生物活性推断、分析及绘图工具。

主要功能

01读取和写入 scRNA-Seq 数据
02推断通路及转录因子活性
03执行聚类和差异表达分析
04生成小提琴图及 UMAP/t-SNE 图

适用场景

01通过自然语言探索 scRNA-Seq 数据
02推断表达数据中的通路活性
03构建调用 decoupler 函数的 Agent

MCP 相关

它通过 MCP 向兼容的 AI 客户端、插件和 Agent 框架提供 decoupler 分析功能，可本地运行或作为远程服务运行。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

暂未收录安装方式

我们还没有获取到这个服务的安装包或远程地址，请按项目 README 中的说明安装。

代码仓库

工具

还没有获取到工具列表

本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。

详细介绍

decoupler-MCP

通过 MCP 使用自然语言进行 scRNA-Seq 分析。

🪩 它能做什么？

IO 模块，例如读取和写入 scRNA-Seq 数据
通路活性／转录因子推断
工具模块，例如聚类、差异表达等
绘图模块，例如小提琴图、umap/tsne

❓ 适用于哪些人？

任何想用自然语言进行 scRNA-Seq 分析的人！
想在自己的应用中调用 decoupler 函数的 Agent 开发者

🌐 在哪里使用？

你可以在大多数支持 MCP 的 AI 客户端、插件或 Agent 框架中使用 decoupler-mcp：

AI 客户端，例如 Cherry Studio
插件，例如 Cline
Agent 框架，例如 Agno

🎬 演示

演示如何在 AI 客户端 Cherry Studio 中使用自然语言，通过 decoupler-mcp 分析 scRNA-Seq 细胞簇

📚 文档

scmcphub 的完整文档见 https://docs.scmcphub.org

🏎️ 快速开始

安装

从 PyPI 安装

pip install decoupler-mcp

运行以下命令进行测试

decoupler-mcp run

在本地运行 decoupler-mcp

在 MCP 客户端中参考以下配置：

检查路径

$ which decoupler 
/home/test/bin/decoupler-mcp

"mcpServers": {
  "decoupler-mcp": {
    "command": "/home/test/bin/decoupler-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

远程运行 decoupler-server

在 MCP 客户端中参考以下配置：

在你的服务端运行

decoupler-mcp run --transport shttp --port 8000

然后在本地 AI 客户端中配置 MCP 客户端，如下所示：


"mcpServers": {
  "decoupler-mcp": {
    "url": "http://localhost:8000/mcp"
  }
}

🤝 参与贡献

如有任何问题，欢迎提交 issue，或联系我（[email protected]）。也欢迎为代码贡献力量！

引用

如果你在研究中使用 decoupler-mcp，请考虑引用以下作品：

Badia-i-Mompel P., Vélez Santiago J., Braunger J., Geiss C., Dimitrov D., Müller-Dott S., Taus P., Dugourd A., Holland C.H., Ramirez Flores R.O. and Saez-Rodriguez J. 2022. decoupleR: ensemble of computational methods to infer biological activities from omics data. Bioinformatics Advances. https://doi.org/10.1093/bioadv/vbac016

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