关于 Interacting with the Drug Gene Interaction Database (DGIdb) via Claude Desktop
面向使用 Claude Desktop 的科学家和研究人员,提供 DGIdb 查询服务。它连接公开的 DGIdb GraphQL API,支持以自然语言查询药物与基因的相互作用及药物属性。
主要功能
- 01查询药物与基因相互作用
- 02查找与药物相关的基因
- 03查询药物属性
- 04连接 DGIdb GraphQL API
适用场景
- 01查询指定药物的相互作用
- 02查找与某种药物相关的基因
- 03在 Claude Desktop 中获取药物属性
MCP 相关
该服务将 DGIdb 查询作为工具提供给 MCP 客户端,包括 Claude Desktop。它连接 DGIdb 的公开 GraphQL API。
配置
本地服务的配置在各客户端中通用,复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。
工具
本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具,维护者暂未提供工具列表。
详细介绍
通过 Claude Desktop 与药物基因相互作用数据库(DGIdb)交互
许可证与引用
本项目采用 MIT 许可证,并附带学术引用要求。这意味着你可以自由使用、修改和分发代码,但任何使用本软件的学术或科学出版物都必须提供适当的署名。
用于学术/研究:
如果你在研究项目中使用本软件,且该项目最终产生了出版物、演示文稿或报告,则必须按照 CITATION.md 中提供的格式引用本作品。
用于商业/非学术用途:
商业和非学术用途遵循标准 MIT 许可证条款,无需遵守引用要求。
使用本软件即表示你同意这些条款。完整的许可证文本请参阅 LICENSE.md。本指南将帮助科学家和研究人员通过名为 Claude Desktop 的应用程序使用药物基因相互作用数据库(DGIdb)。完成此设置后,你可以用日常语言询问有关药物与基因相互作用的问题,并直接在 Claude 中获取结果。
这是什么?
- DGIdb: 一个综合数据库,包含药物如何与基因相互作用的信息。它汇集了许多不同来源的数据。
- MCP 服务: 充当桥梁的软件。这个特定的服务连接到 DGIdb API。“MCP”是 Model Context Protocol 的缩写,这是一种让 AI 模型(例如 Claude 中的模型)使用工具的方式。
- Claude Desktop: 一款可用于与 AI 助手交互的应用程序。正确配置后,Claude 可以使用此 MCP 服务为你从 DGIdb 获取数据。
本质上,这个服务为 Claude 提供了在 DGIdb 中查找信息所需的“工具”。
如何在 Claude Desktop 中使用
如果此 DGIdb MCP 服务已完成设置并部署(例如,由技术同事完成),你就可以将 Claude Desktop 应用程序连接到该服务。连接后,你可以向 Claude 提出如下问题:
- “药物 Imatinib 有哪些相互作用?”
- “查找与 Dovitinib 相互作用的基因。”
- “显示 Trametinib 的药物属性。”
随后,Claude 会使用此服务在 DGIdb 中查找答案,并将结果呈现给你。
Claude Desktop 配置
你需要告知 Claude Desktop 应用程序在哪里可以找到此 DGIdb 服务。通常需要编辑 Claude Desktop 的配置文件。
技术人员或管理员通常会负责部署服务,并向你提供一个专属 URL(网址)。例如,该服务可能位于这样的地址:https://dgidb-mcp-server.your-organization.workers.dev/mcp。
Claude Desktop 中的配置大致如下。你需要在 Claude Desktop 配置文件的 mcpServers 部分中添加“dgidb”部分:
{
"mcpServers": {
// ... (other server configurations might be here) ...
"dgidb": {
"command": "npx",
"args": [
"mcp-remote",
"https://dgidb-mcp-server.quentincody.workers.dev/mcp" // <-- This URL needs to be the actual address of YOUR deployed DGIdb MCP server
]
}
// ... (other server configurations might be here) ...
}
}
重要:
- 上述示例中的 URL
https://dgidb-mcp-server.quentincody.workers.dev/mcp仅供说明。你需要将其替换为运行你自己的 DGIdb MCP 服务实例的实际 URL。 - 更新配置后,通常需要重启 Claude Desktop,才能使更改生效。
配置完成后,Claude 中应该会提供 DGIdb 工具,让你能够轻松查询数据库。
技术用户:部署服务
如果您是技术用户,需要部署此服务(例如,部署到 Cloudflare Workers):
-
开始使用: 您可以将此服务部署到 Cloudflare Workers。部署按钮和命令行说明(通常涉及
npm create cloudflare@latest)请参阅原始的技术版 README。 -
自定义: 服务代码位于
src/index.ts。此文件定义了服务如何连接到 DGIdb,以及向 MCP 客户端提供哪些“工具”。 -
连接到其他客户端(例如 AI Playground): 部署后,您也可以通过提供服务 URL(例如,
https://your-dgidb-server-name.your-account.workers.dev/mcp),从 Cloudflare AI Playground 等其他客户端连接到您的 MCP 服务。
此 DGIdb MCP 服务使用公开可用的 DGIdb GraphQL API:https://dgidb.org/api/graphql。
评论
一个开放协议,规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话,MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板,两者通过标准消息通信,同一个服务可以被不同客户端复用。