Encode Toolkit

ENCODE Toolkit — 面向 Claude 的基因组学研究基础设施

在 Claude Code 中通过自然语言搜索 ENCODE、交叉检索 14 个数据库、运行 7 条分析流水线，并生成可直接用于发表的研究方法。

从 ENCODE 出发，探索更多数据：发现组蛋白峰，与 GWAS 变异交叉检索，查询 ClinVar 致病性，获取 GTEx 表达数据，分析 JASPAR 中的 TF 结合基序，运行流水线，并生成带完整溯源信息、可直接用于发表的研究方法——一切尽在一次对话中。

引用说明

如果您使用 ENCODE-Toolkit，请引用：

Alex M. Mawla. (2026). ENCODE-Toolkit: an MCP server, Claude plugin, and skills suite for ENCODE genomic data access and analysis. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.18917511

BibTeX

@software{mawla_2026_encode_toolkit,
  author  = {Mawla, Alex M.},
  title   = {ENCODE-Toolkit: an MCP server, Claude plugin, and skills suite for ENCODE genomic data access and analysis},
  year    = {2026},
  publisher = {Zenodo},
  doi     = {10.5281/zenodo.18917511},
  url     = {https://doi.org/10.5281/zenodo.18917511}
}

快速开始

Claude Code 插件（推荐）

启动新的 Claude Code 会话并输入：

/plugin marketplace add ammawla/encode-toolkit

/plugin install encode-toolkit

完成。现在即可使用全部 20 个工具、47 项技能和 MCP 连接器。

claude mcp add encode -- uvx encode-toolkit

npx encode-toolkit

pip install encode-toolkit

然后在任意 MCP 客户端配置中将 encode-toolkit 用作命令：

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "encode-toolkit"
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "uvx",
      "args": ["encode-toolkit"]
    }
  }
}

{
  "mcp": {
    "servers": {
      "encode": {
        "command": "uvx",
        "args": ["encode-toolkit"]
      }
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "uvx",
      "args": ["encode-toolkit"]
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "uvx",
      "args": ["encode-toolkit"]
    }
  }
}

已连接的数据库

ENCODE Toolkit 通过实时 API 工具和引导式技能集成了 14 个数据库。

可以向 Claude 提出的问题

搜索和探索

• “查找所有人类胰腺组织的组蛋白 ChIP-seq 实验”
• “小鼠脑有哪些 ATAC-seq 数据？”
• “搜索 GM12878 细胞系的 RNA-seq 数据”
• “胰腺有哪些组蛋白标记具有 ChIP-seq 数据？”

下载和跟踪

• “将 ENCSR133RZO 中的所有 BED 文件下载到 ~/data/encode”
• “跟踪实验 ENCSR133RZO 及其发表文献”
• “将我跟踪的实验的引文导出为 BibTeX”

跨数据库交叉引用

• “哪些 GWAS 变异与胰岛增强子重叠？”
• “检查 rs7903146 在 ClinVar 中的致病性”
• “提取 TCF7L2 在各组织中的 GTEx 表达数据”
• “查找 HNF4A 结合位点的 JASPAR 基序”

运行流程

• “为我的 H3K27ac 实验设置 ChIP-seq 流程”
• “使用 ENCODE 标准 QC 阈值运行 ATAC-seq 分析”

生成方法和溯源信息

• “记录我使用 bedtools 从 ENCSR133RZO 创建了 filtered_peaks.bed”
• “为我的分析生成包含引文的方法部分”

问题所在

如今使用基因组学数据库意味着：

1. 浏览 Web 门户，逐一点击数十个筛选条件
2. 手动在多个数据库中找到合适的实验和文件
3. 编写自定义脚本来批量下载
4. 无法追踪文件的来源

使用 ENCODE Toolkit，只需告诉 Claude 你需要什么：

“查找所有人类胰腺组织的组蛋白 ChIP-seq 数据”

Claude 会搜索 ENCODE，并返回一张结构化表格，其中包含 66 个实验的靶标、重复样本和文件数量。下载内容会按实验整理，并进行 MD5 校验和完整的来源追踪。

可用工具（20 个）

下方展示了五个核心工具。其余 15 个已折叠，以便于阅读。

encode_search_experiments

使用 20 多种筛选条件搜索 ENCODE 实验。

encode_get_experiment

获取单个实验的完整详情，包括所有文件、质量指标和审核信息。

encode_download_files

按登录号将指定文件下载到本地目录。

encode_batch_download

一步完成搜索和下载。默认以预览模式运行。

encode_track_experiment

在本地追踪实验及其出版物、方法和流程信息。

身份验证

ENCODE 的大多数数据均为公开数据，无需身份验证。 只需安装并使用即可。

如需访问受限或尚未发布的数据，请告诉 Claude：“存储我的 ENCODE 凭据”

凭据使用操作系统的密钥环加密（macOS Keychain、Linux Secret Service、Windows Credential Locker），绝不会以明文形式存储。请从你的 ENCODE 个人资料获取访问密钥。

插件技能（47）

作为 Claude Code 插件安装时，ENCODE Toolkit 包含 47 个由文献支持的工作流技能，可引导 Claude 完成复杂的基因组学任务。每项分析技能都包含基于证据的质量阈值、特定检测方法的指标，以及对原始文献的引用。

核心技能

为什么选择 ENCODE Toolkit

大多数基因组学工具只能提供一项功能。ENCODE Toolkit 则能覆盖完整的研究流程：

支持的检测类型

安全与隐私

• 100% 本地运行——无遥测、无分析、无跟踪
• 凭据静态加密，使用 OS 密钥环，并以 Fernet 作为后备方案
• 强制进行证书验证——不使用 verify=False
• 限制请求速率，遵守 ENCODE 的每秒 10 次请求政策
• 默认验证所有下载文件的 MD5
• 除通过 HTTPS 查询公共 API 外，数据不会离开您的设备

示例教程

逐步讲解真实的 Claude 会话，包括实际 API 输出和科学解读。

开发

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit.git
cd encode-toolkit
python -m venv .venv
source .venv/bin/activate
pip install -e ".[dev]"

在本地运行服务：

encode-toolkit

运行测试：

pytest

故障排除

作者

Dr. Alex M. Mawla, PhD

许可证

AGPL-3.0。完整条款请参阅 LICENSE。

商业许可咨询：[email protected]