🧬 Ensembl API MCP Server

🧬 Ensembl API MCP 服务

一款功能齐全的模型上下文协议（MCP）服务，可调用 Ensembl 的 REST API。使用 TypeScript MCP SDK 构建。

• 全面覆盖 – 10 个工具按功能领域划分，而非拆分成 100 多个独立端点，同时仍覆盖几乎整个 API。
• 可用于生产环境 – 全程使用 TypeScript，具备稳健的错误处理和整洁的 API 客户端层。
• 方便生物学家使用 – 按生物学任务（基因、变异、compara……）分组，而非按底层 REST 路径分组。

收录于：

• Smithery
• Glama

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使用场景：

• 🧬 基因信息 – 按 ID 或符号获取详细信息
• 🔍 基因搜索 – 搜索任意物种中的基因
• 🧬 序列检索 – 获取任意基因组区域的 DNA
• 🔬 变异数据 – 探索变异及其注释
• 📊 转录本信息 – 检查转录本和异构体
• 🌍 多物种 – Ensembl 中的所有物种，尽在此处
• 🔗 交叉引用 – 一次调用即可跳转到外部数据库
• ⚡ 速率限制 – 内置节流机制，确保请求不超出 Ensembl 限制

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安装

选择你偏好的安装方式：

选项 1：通过 Smithery

1. 访问 Smithery - Ensembl MCP Server。常见的平台选项包括：

# claude code:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client claude --key your-smithery-secret-key

# cursor:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client cursor --key your-smithery-secret-key

# vscode:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client vscode --key your-smithery-secret-key

# windsurf:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client windsurf --key your-smithery-secret-key

如需其他平台选项，请查看 MCP 的 Smithery 链接。

选项 2：本地开发环境设置

适用于开发或自定义配置：

1. 克隆并安装依赖项：

   git clone https://github.com/effieklimi/ensembl-mcp-server.git
   cd ensembl-mcp-server
   npm install
   

2. 手动配置 Claude Desktop：

   编辑配置文件：

   • macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
   • Windows： %APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json

   添加以下服务配置：

   {
     "mcpServers": {
       "ensembl": {
         "command": "npm",
         "args": ["run", "start"],
         "cwd": "/absolute/path/to/ensembl-mcp-server"
       }
     }
   }
   

3. 重启 Claude Desktop - Ensembl 工具将显示在可用工具中

开发环境设置

# Development with hot reload
npm run dev

# Run tests
npm test

# Production build (optional)
npm run build
npm run start:prod

参与贡献

欢迎你来帮忙！开始参与的方式如下：

快速联系

• 给开发者发送邮件：[email protected]

开发工作流

1. Fork 此仓库
2. 克隆你的 Fork：

   git clone https://github.com/YOUR_USERNAME/ensembl-mcp-server.git
   cd ensembl-mcp-server
   

3. 安装依赖项：

   npm install
   

4. 运行测试，确保一切正常：

   npm test
   

5. 启动开发服务：

   npm run dev
   

6. 进行修改并全面测试
7. 提交拉取请求

可用脚本

• npm run dev - 启动开发模式并启用热重载
• npm run start - 运行服务
• npm test - 运行所有测试
• npm run build - 编译 TypeScript（可选）
• npm run start:prod - 运行编译后的版本

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十个工具（及其端点）

1 · ensembl_feature_overlap

查找与某个区域或其他特征重叠的基因、转录本或调控元件。

GET /overlap/region/:species/:region
GET /overlap/id/:id

常见提问：“chr17:43-44 Mb 上有哪些基因？”——“哪些特征与 BRCA1 重叠？”

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2 · ensembl_regulatory

调控特征、结合矩阵及相关注释。

GET /overlap/region/:species/:region             (with regulatory filters)
GET /overlap/translation/:id                     (regulatory features on proteins)
GET /species/:species/binding_matrix/:binding_matrix_stable_id

使用场景：TF 结合位点、调控注释。

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3 · ensembl_protein_features

蛋白质层面的结构域和功能位点。

GET /overlap/translation/:id

使用场景：蛋白质结构域、信号肽、催化残基。

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4 · ensembl_meta

服务元数据、物种列表、发布信息和诊断信息。

GET /info/ping
GET /info/rest
GET /info/software
GET /info/data
GET /info/species
GET /info/divisions
GET /info/assembly/:species
GET /info/biotypes/:species
GET /info/analysis/:species
GET /info/external_dbs/:species
GET /info/variation/:species
GET /archive/id/:id
POST /archive/id

常见提问：“你们有哪些人类组装版本？”——服务健康检查。

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5 · ensembl_lookup

转换 ID ↔ 符号、获取交叉引用、重新编码变异。

GET  /lookup/id/:id
GET  /lookup/symbol/:species/:symbol
POST /lookup/id
POST /lookup/symbol
GET  /xrefs/id/:id
GET  /xrefs/symbol/:species/:symbol
GET  /xrefs/name/:species/:name
GET  /variant_recoder/:species/:id
POST /variant_recoder/:species

使用场景：“BRCA1 的 Ensembl ID 是什么？”——交叉引用 UniProt。

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6 · ensembl_sequence

检索 DNA、RNA 或蛋白质序列。

GET  /sequence/id/:id
GET  /sequence/region/:species/:region
POST /sequence/id
POST /sequence/region

使用场景：基因 FASTA、转录本 cDNA、基因组区域。

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7 · ensembl_mapping

坐标转换（基因组 ↔ cDNA/CDS/蛋白质）和组装版本转换。

GET /map/cdna/:id/:region
GET /map/cds/:id/:region
GET /map/translation/:id/:region
GET /map/:species/:asm_one/:region/:asm_two

使用场景：将 CDS 映射到 GRCh38，将蛋白质转换为基因组坐标。

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8 · ensembl_compara

比较基因组学——同源关系、基因树、比对。

GET /homology/id/:species/:id
GET /homology/symbol/:species/:symbol
GET /genetree/id/:id
GET /genetree/member/symbol/:species/:symbol
GET /genetree/member/id/:species/:id
GET /cafe/genetree/id/:id
GET /cafe/genetree/member/symbol/:species/:symbol
GET /cafe/genetree/member/id/:species/:id
GET /alignment/region/:species/:region

使用场景：查找直系同源基因、构建系统发育树、获取物种比对结果。

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9 · ensembl_variation

变异查询、VEP 后果、LD、表型映射。

GET  /variation/:species/:id
GET  /variation/:species/pmcid/:pmcid
GET  /variation/:species/pmid/:pmid
POST /variation/:species
GET  /vep/:species/hgvs/:hgvs_notation
POST /vep/:species/hgvs
GET  /vep/:species/id/:id
POST /vep/:species/id
GET  /vep/:species/region/:region/:allele
POST /vep/:species/region
GET  /ld/:species/:id/:population_name
GET  /phenotype/variant/:species/:id
GET  /phenotype/region/:species/:region
GET  /transcript_haplotypes/:species/:id

使用场景：VEP 预测、LD 区块、表型关联。

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10 · ensembl_ontotax

本体术语搜索和 NCBI 分类法遍历。

GET /ontology/id/:id
GET /ontology/name/:name
GET /taxonomy/id/:id
GET /taxonomy/name/:name

使用场景：查询 GO 术语、表型本体、分类学分类。

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通过 Smithery 安装

通过 Smithery 为 Claude Desktop 自动安装 ensembl-mcp-server：

npx -y @smithery/cli install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client claude