fhir-mcp-server-medagentbench

fhir-mcp-server-medagentbench

这是一个基于 Python 的 MCP（MedAgentBench Communications Protocol）服务，专为 MedAgentBench 环境设计。此服务模拟与 FHIR（Fast Healthcare Interoperability Resources）API 的交互。

它不会向 FHIR 服务发送实际的 HTTP 请求，而是拦截针对 FHIR 操作的 MCP 请求，并返回原本会发送的 HTTP 请求的文本表示（例如，GET https://fhir.example.com/Patient/123 或 POST https://fhir.example.com/Observation\n{...}）。这样无需连接在线 FHIR 端点，即可测试 MedAgentBench Agent。

功能

• 实现 MCP 处理器：
  • list_resources：列出可用的模拟资源（目前为 CapabilityStatement）。
  • read_resource：模拟通过 URI 读取 FHIR 资源。
  • list_tools：列出可用的 FHIR 模拟工具。
  • call_tool：模拟执行 FHIR 操作：
    • search_fhir：模拟搜索 FHIR 资源。
    • read_fhir：模拟通过 URI 读取特定的 FHIR 资源。
    • create_fhir_resource：模拟创建新的 FHIR 资源。
• 使用 mcp-server 库进行 MCP 通信。
• 使用 Poetry 进行配置和打包。
• 使用 pytest 和 pytest-asyncio 编写异步单元测试。

安装

确保已安装 Python >= 3.10 和 Poetry。

poetry install

配置

运行服务之前，必须设置 FHIR_BASE_URL 环境变量。此 URL 用于构造模拟请求字符串。

export FHIR_BASE_URL="https://your-fhir-server-base.com/fhir"
# Or for local testing:
# export FHIR_BASE_URL="http://localhost:8080/fhir"

使用方法

配置完成后，使用已安装的脚本运行服务：

fhir-mcp-server-medagentbench

服务将通过标准输入/输出开始监听 MCP 请求。

开发

设置

克隆仓库并安装依赖项，包括开发工具：

git clone https://github.com/MikeHolcomb/mcp-fhir-python-medagentbench.git
cd mcp-fhir-python-medagentbench
poetry install --with dev

代码检查与格式化

此项目使用 pre-commit 强制执行代码风格规范（black、isort），并检查问题（flake8、mypy）。

# Run all checks on staged files (usually run automatically on commit)
poetry run pre-commit run

# Run all checks on all files
poetry run pre-commit run --all-files

# Or run tools individually
poetry run black .
poetry run isort .
poetry run flake8 src tests
poetry run mypy src

测试

测试位于 tests/ 目录中，使用 pytest 运行。

poetry run pytest

# Run with coverage report
poetry run pytest --cov=src

由于 MCP 处理器具有异步特性，测试需要 pytest-asyncio。

许可证

本项目采用 MIT 许可证，详情请参阅 LICENSE 文件（如果尚未创建 LICENSE 文件，则可能需要创建）。

贡献

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