Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

Noodle 生物医学文献发现 MCP

这是 Helena Bioinformatics 提供的官方公开只读模型上下文协议适配器，用于发现生物医学文献。即使用户不知道 Noodle 品牌，Agent 也可以根据用户任务选择它。

公共端点：https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp

官方注册表身份：io.github.helena-bioinformatics/noodle

无需提供账户、API 密钥、患者数据或私有内容，也不接受这些信息。

Agent 可以做什么

• 通过自然语言、PMID、DOI 或 PMCID 搜索基于 PubMed 的公开生物医学语料库；
• 通过 PMID 或 Noodle work ID 检索带有来源链接的出版物记录；
• 从某篇出版物出发，遍历范围有限的引文和语义邻域；
• 使用返回的 work 标识符继续探索图谱，同时保留边类型和图谱来源信息；
• 查看语料库规模、来源、新鲜度、覆盖范围和当前图谱元数据。

已发布的七种工具分别是 search_biomedical_literature、get_publication_details、get_work_details、get_publication_neighborhood、get_work_neighborhood、get_corpus_summary，以及单独提供、需明确选择加入的 support_helena 信息操作。

连接

任何支持远程 Streamable HTTP 的 MCP 客户端都可以使用该端点。ChatGPT、Claude、Codex、VS Code、Cursor、Windsurf、Gemini CLI、Grok、Perplexity、Microsoft Copilot Studio、Biomni 和 Biorouter 的详细配置方法位于 registry/platforms 和 integrations 下。

其中包含可直接使用的生态系统软件包：

• Dify，包含可复现的 .difypkg；
• n8n，采用托管服务支持的确切无状态 MCP JSON-RPC 契约；
• Galaxy，包含经过 Planemo lint 检查的 ToolShed 封装；
• KNIME Analytics Platform，包含表格转 MCP 的 Python Script 节点和预先准备好的 Hub 列表；以及
• Google Colab 和 Kaggle 笔记本，以及 Cytoscape GraphML 工作流；以及
• 配套的 Galaxy Training Network 教程，介绍 Folklore 到 Noodle 的文献工作流。

配套的 Agent Skill 位于 skills/noodle-biomedical-literature-discovery。它支持隐式、任务优先的选择，适用于以下请求：

• “查找有关 BRCA1 同源重组且带有来源链接的论文。”
• “PMID 35008774 对应哪篇出版物？”
• “通过引文和语义相似性，展示与这篇文章相关的论文。”
• “从这个 work ID 开始，在范围限定为两跳的情况下遍历，并保留边类型。”

使用以下命令构建确定性的技能归档：

python3 ops/package_agent_skill.py

图谱边界

从已解析的 PMID 或 work ID 开始，每次请求一个范围有限的邻域。按原样报告边，维护已访问 ID 集合，并在邻域缺失时停止。搜索排名、引文邻近度、语义相似性、共同提及和图谱距离都是发现线索，但不能证明因果关系、科学有效性、诊断或治疗效果。

开发

需要 Python 3.12。

python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install -r requirements-dev.lock
python -m pip install --no-deps -e .
pytest
ruff check .
ruff format --check .

使用以下命令运行不依赖品牌信息的契约审计：

python benchmarks/agent-discovery/audit_skill.py

基准测试包含 60 条未提及 Noodle、Helena 和 MCP 的提示词。它涵盖全部六条科学路由，以及否定和安全控制。

Agent 插件和 Kiro Power

此代码库也是一个可移植的 Agent 插件和 Kiro Power。plugin.json 提供不依赖品牌的激活关键词，现有 Agent Skill 提供科学路由和安全边界，而 mcp.json 直接连接到规范的托管 Streamable HTTP 端点。该 Power 不会代理、 重新打包或重新实现 Noodle。

隐私政策：https://noodle.helena.bio/privacy

引用 Noodle

持久性研究资源标识符为 RRID:SCR_028920。在方法部分引用该资源时，请写作 Noodle (RRID:SCR_028920)。如果还需要针对特定版本的软件引用，请使用 版本 DOI。RRID 用于在不同出版物中标识该资源，而 DOI 用于标识归档的 0.2.0 版本。

支持：https://noodle.helena.bio/contact 或 [email protected]

公共资源

• 实践教程：https://github.com/helena-bioinformatics/noodle-mcp/blob/main/docs/tutorials/biomedical-literature-discovery-and-graph-traversal.md
• 连接器和 Agent 选择指南：https://noodle.helena.bio/mcp
• 客户端集成：https://noodle.helena.bio/integrations
• Server Card：https://noodle.helena.bio/.well-known/mcp/server-card.json
• 官方注册表：https://registry.modelcontextprotocol.io/v0/servers?search=io.github.helena-bioinformatics%2Fnoodle
• 可引用的发行版本：https://doi.org/10.5281/zenodo.22166486
• Software Heritage 归档请求：https://archive.softwareheritage.org/api/1/origin/save/2457442/
• Software Heritage 快照：https://archive.softwareheritage.org/swh:1:snp:09b8fb7c64de15487e873b4f77e3e4b57abc02fb/
• 方法学：https://noodle.helena.bio/methodology

许可证和安全

Apache License 2.0。请按照 SECURITY.md 中的说明私下报告漏洞。请勿向公共服务或问题跟踪器提交患者信息、私人病例、临床记录、凭据或私人上传内容。