JapanFold

Name: JapanFold
Author: japanfold

远程服务

japanfold.aiand.com科研与教育01 天前更新

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关于 JapanFold

JapanFold 是面向 AI Agent 的蛋白质建模与设计技能，可通过 JapanFold API 调用多种计算模型，无需本地 GPU。它也提供远程 MCP 服务，供兼容客户端调用。

主要功能

01蛋白质结构预测
02配体共折叠与亲和力评估
03结合体设计与评分
04序列嵌入
05多种模型可选

适用场景

01预测蛋白质序列结构
02评估蛋白质与配体结合
03为目标蛋白设计结合体

MCP 相关

JapanFold 提供远程 MCP 服务，地址为 https://api.japanfold.aiand.com/mcp。MCP 客户端可连接该服务以调用其蛋白质建模和设计能力。

配置

远程服务无需本地安装。选择你使用的客户端，复制配置或使用一键安装。

服务地址https://api.japanfold.aiand.com/mcp

一键复制安装命令

Claude CodeTerminalclaude mcp add --transport http japanfold-japanfold https://api.japanfold.aiand.com/mcp

Cursor.cursor/mcp.json{"mcpServers":{"japanfold-japanfold":{"type":"http","url":"https://api.japanfold.aiand.com/mcp"}}}在 Cursor 中打开

VS Code.vscode/mcp.json{"servers":{"japanfold-japanfold":{"type":"http","url":"https://api.japanfold.aiand.com/mcp"}}}在 VS Code 中打开

Claude Desktopclaude_desktop_config.json{"mcpServers":{"japanfold-japanfold":{"type":"http","url":"https://api.japanfold.aiand.com/mcp"}}}

Windsurf~/.codeium/windsurf/mcp_config.json{"mcpServers":{"japanfold-japanfold":{"serverUrl":"https://api.japanfold.aiand.com/mcp"}}}

命令在终端中运行；JSON 粘贴到对应客户端的 MCP 配置后重启。需要授权的服务会在首次连接时提示登录。

工具

详细介绍

JapanFold 技能

通过 JapanFold API，从你的 AI Agent 进行蛋白质折叠、与配体共同折叠（+ 结合亲和力预测）、结合剂设计和序列嵌入。前往 japanfold.aiand.com/account/token 获取密钥，并设置 JAPANFOLD_API_KEY。 无需本地 GPU。 在 Tenstorrent 上运行 Boltz-2 / ESMFold-2 / OpenFold3 / OpenBind-0 / RoseTTAFold3 / OpenDDE 进行结构预测，运行 AF2-IG 为你已设计的结合剂评分，运行 BoltzGen / RFdiffusion3 / PXDesign / RFD4-Proteina 进行设计，并运行 ESMC / SaProt 生成嵌入。

Agent 可直接调用 API，无需安装：

export JAPANFOLD_API_KEY=jf_live_...          # from japanfold.aiand.com/account/token
curl -s https://api.japanfold.aiand.com/v1/predictions \
  -H "Authorization: Bearer $JAPANFOLD_API_KEY" -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"model":"esmfold2","sequence":"MKTAYIAKQRQISFVKSHFSRQLEERLGLIEVQ"}'

基础 URL 为 https://api.japanfold.aiand.com，密钥放在 Authorization: Bearer 中。 GET /v1/models 会列出要发送的模型 ID（boltz2、esmfold2、openfold3 等）及其大小限制。供 Agent 读取的摘要见 llms.txt。

它是一个基于开放的 Agent Skills 标准构建的单文件 SKILL.md，因此只需一条命令即可安装到任何兼容的运行环境中。

安装

一行命令即可将其安装到所有支持开放标准的环境中：Claude Code、 Cursor、Codex、Gemini CLI、Cline、Windsurf、Copilot、Amp 等：

npx skills add japanfold/japanfold          # this project
npx skills add japanfold/japanfold -g       # global: every project / new chat

指定目标 Agent：-a claude-code、-a cursor、-a codex、-a '*'（全部）。
不想使用安装程序？它只有一个文件。将其原样下载到 Agent 的技能目录中。Claude Code 的命令如下： curl -fsSL --create-dirs -o ~/.claude/skills/japanfold/SKILL.md https://japanfold.aiand.com/skill.md。网页抓取工具只会返回页面摘要，因此 Agent 也应使用 curl。

Claude Science 可在应用内管理技能（无需安装程序）：选择 Customize → Skills，从此代码库添加（或粘贴 SKILL.md），然后发布。也可以完全跳过安装： API 是公开且自描述的，直接提出请求即可： “使用 api.japanfold.aiand.com 上的 JapanFold API 进行折叠……”。

使用

安装后，用自然语言向 Agent 提出请求：

“用 Boltz-2 折叠这个序列并报告置信度：MKTAYIAK……” “针对这个靶标设计 10 个纳米抗体结合剂。”

也可以在支持的环境中显式调用：/japanfold。

MCP

该 API 也作为远程 MCP 服务运行于 https://api.japanfold.aiand.com/mcp，并已列入 MCP Registry，条目名称为 io.github.japanfold/japanfold。claude.ai、Claude Desktop 和 ChatGPT 可将其添加为连接器并登录，无需密钥。Claude Code： claude mcp add --transport http japanfold https://api.japanfold.aiand.com/mcp --header "Authorization: Bearer $JAPANFOLD_API_KEY"。

要发布新的注册表版本，请更新 server.json 中的 version 并运行 mcp-publisher login github && mcp-publisher publish。

API

https://api.japanfold.aiand.com：异步（提交 → 轮询 → 下载），每次调用都需要密钥。完整规范见 /v1/openapi.json。端点、示例和限制请参阅 SKILL.md。

除非 Agent 发送 "params": {"fast": true}，否则快速模式默认关闭。快速模式可提高吞吐量，但准确度可能略低。工作台会为点击操作的用户启用该模式；API 和此技能则默认关闭，因此脚本化运行会采用准确模式。 ESMFold-2 在此硬件上始终以快速模式运行，其任务记录会包含 fast: true。

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