labmate-mcp

labmate-mcp 是一个 MCP 服务，可将 Claude 与科学数据库、计算化学工具、实验操作参考资料和写作工具连接起来。一次安装，覆盖整个研究工作流。

🚀 快速开始

pip install labmate-mcp

然后将以下内容添加到 Claude 配置中：

{
  "mcpServers": {
    "labmate": {
      "command": "labmate-mcp"
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "labmate": {
      "command": "labmate-mcp"
    }
  }
}

docker build -t labmate-mcp .
docker run -it labmate-mcp

重启 Claude。81 个工具中有 61 个开箱即用——无需 API 密钥。

提示

想使用逆合成、pKa 预测或 NMR 化学位移？运行 labmate-mcp --setup 添加免费的 API 密钥。

💬 我可以用它做什么？

只需自然地与 Claude 对话：

🔧 工具参考

📚 文献与发现 — 15 个工具

跨多个数据库搜索论文、探索引用关系图、查找开放获取 PDF，并追踪研究趋势。

按名称、SMILES 或分子式查找任何化合物。获取安全数据、结合亲和力、晶体结构等信息。

⚗️ 计算化学 — 11 个工具

由 AI 驱动的逆合成、正向反应预测、pKa、溶解度、ADMET 和 NMR 化学位移预测。

🧬 多肽化学 — 10 个工具

支持 450 多种氨基酸的序列到 SMILES 转换、环化、文库生成、pI 计算和 MS/MS 解读。

日常实验室计算器和参考库，涵盖命名反应、保护基、溶剂、后处理方案等。

🔧 化学实用工具 — 5 个工具

✍️ 写作与出版 — 10 个工具

在 Claude 中即可格式化引文、编制参考文献、生成实验部分模板、检查期刊要求并准备 SI。

📖 示例

文献工作流

You:    "Find the 5 most cited papers on photoredox catalysis from 2020–2024"
Claude: [returns papers ranked by citations with abstracts and TLDRs]

You:    "Who cited paper #2? What topics did they focus on?"
Claude: [shows forward citation graph with context snippets]

You:    "Is there a free PDF for paper #3?"
Claude: [finds a legal open access link via Unpaywall]

You:    "Generate BibTeX for all 5"
Claude: [outputs formatted BibTeX entries]

合成规划

You:    "I want to make 4-methoxybiphenyl from 4-bromoanisole"
Claude: [suggests Suzuki coupling, gives conditions and literature precedent]

You:    "Calculate amounts for a 200 mg scale, 5 mol% catalyst"
Claude: [returns exact mg for every reagent and solvent volume]

You:    "What's a good workup?"
Claude: [aqueous workup protocol with solvent, drying agent, and column conditions]

反应开发

You:    "I have a new C–H activation — how do I figure out the mechanism?"
Claude: [suggests KIE, radical clocks, Hammett, Stern–Volmer, and computational approaches]

You:    "Walk me through optimisation"
Claude: [covers DoE vs one-variable-at-a-time, green metrics, solvent screening]

You:    "How do I prove this is catalytic, not stoichiometric?"
Claude: [mercury drop test, hot filtration, TON benchmarks, nonlinear effects]

撰写论文

You:    "Format these 12 DOIs as an ACS bibliography"
Claude: [numbered reference list in ACS style]

You:    "Give me an experimental template for a Sonogashira"
Claude: [fill-in-the-blank procedure with safety notes]

You:    "What SI do I need for a small molecule paper?"
Claude: [checklist with ¹H/¹³C NMR, HRMS, mp, HPLC, formatting tips]

You:    "I'm submitting to Angew — what are the requirements?"
Claude: [word limits, abstract format, citation style, graphical abstract specs]

⚙️ 配置

添加 API 密钥最简单的方法：

labmate-mcp --setup

此操作会逐一引导你添加各个密钥，并将它们保存到 ~/.labmate-mcp.env。每次使用 labmate 时，系统都会自动加载这些密钥。

所有密钥均为可选项。 81 个工具中有 61 个无需任何配置即可使用。

{
  "mcpServers": {
    "labmate": {
      "command": "labmate-mcp",
      "env": {
        "RXN_API_KEY": "your-rxn-key",
        "ROWAN_API_KEY": "your-rowan-key",
        "UNPAYWALL_EMAIL": "[email protected]"
      }
    }
  }
}

RXN_API_KEY=your-rxn-key
ROWAN_API_KEY=your-rowan-key

🗄️ 内置数据库

以下内容均随 labmate 一同提供，无需调用 API，也无需联网。

🏗️ 架构

labmate_mcp/
├── server.py       5,248 lines   81 MCP tool definitions + response formatting
├── bench.py        4,714 lines   Calculators + reference databases
├── apis.py         1,744 lines   HTTP clients for 25+ scientific APIs
├── writing.py      1,488 lines   Citations, templates, journal guides, SI, thesis
├── chemistry.py      572 lines   Isotope patterns, CAS, units, periodic table, pH
├── peptide.py        384 lines   p2smi + pichemist + pep-calc.com integration
└── __init__.py         4 lines   Version
                  ──────────────
                  14,154 lines

🤝 贡献

欢迎贡献！详情请参阅 CONTRIBUTING.md。

高影响力领域：增加更多人名反应、实验模板和期刊指南，编写测试，以及报告 Bug。

📄 许可证

MIT — 可在学术界和工业界自由使用。

• 反应开发检查清单 — Kerr, M. A.; Jenkinson, M. A.; Sheridan, H.; Sparr, C. Chem. Soc. Rev. 2025. doi:10.1039/D4CS01046A
• p2smi — Feller, A. JOSS 2025, 10, 8319. doi:10.21105/joss.08319
• pichemist — Trastoy, B. et al. J. Chem. Inf. Model. 2023. AstraZeneca/peptide-tools
• OpenAlex — Priem, J.; Piwowar, H.; Orr, R. arXiv:2205.01833 (2022)