Liftover MCP server

Liftover MCP 服务

概述

此 MCP 服务为 Broad Institute 的 Liftover 工具提供程序化接口，该工具可在 liftover.broadinstitute.org 使用。

状态

🚧 正在积极开发 🚧

此项目目前正在积极开发中。功能和 API 可能会随时更改，恕不另行通知。

依赖项

• uv
• mcp[cli]
• fastmcp
• beautifulsoup4
• selenium

目录结构

+.
├── server.py            # Main FastMCP server entrypoint
├── liftover_api/        # Python package with tool logic and parsers
├── pyproject.toml       # Project metadata and dependencies
└── README.md           # Usage and documentation

设置和运行

将 MCP 服务添加到 MCP 服务列表（Cursor）

{
    "mcpServers": {
      "liftover": {
        "command": "uv",
        "args": ["--directory", "where you cloned the repo", "run", "server.py"],
        "env": {}
      }
    }
}

运行 MCP Inspector

# Install dependencies
uv sync

# Run MCP Inspector
uv --directory ./ run mcp dev server.py

运行 MCP 服务

# Install dependencies
uv sync

# Run the MCP server
uv run server.py

MCP 工具规范

工具名称

• liftover

输入参数示例

参数	类型	必填	描述
chr	str	可选	染色体名称（例如，"8" 或 "chr8"）
position	int	可选	单个位置（例如，141310715）
start	int	可选	区间起始位置（例如，141310715）
end	int	可选	区间结束位置（例如，141310720）
ref	str	可选	参考等位基因（例如，"T"）
alt	str	可选	替代等位基因（例如，"G"）
transcript	str	可选	转录本 ID（例如，"NM_001089.3"）
c_dot	str	可选	c. 表示法（例如，"c.875A>T"）
p_dot	str	可选	p. 表示法（例如，"p.Glu292Val"）
from_genome	str	必填	源基因组（例如，"hg19"）
to_genome	str	必填	目标基因组（例如，"hg38"）

• 每种输入格式仅指定所需参数

输入示例

• chr=8, position=141310715, from_genome=hg19, to_genome=hg38
• chr=8, start=141310715, end=141310720, from_genome=hg19, to_genome=hg38
• chr=8, position=141310715, ref=T, alt=G, from_genome=hg19, to_genome=hg38
• transcript=NM_001089.3, c_dot=c.875A>T, p_dot=p.Glu292Val, from_genome=hg19, to_genome=hg38

请参阅 liftover.broadinstitute.org

致谢

此工具依赖 Broad Institute 的 Liftover Web 服务。所有坐标转换功能均由其服务提供。

在工作中使用此工具时，请引用并致谢 Broad Institute。

访问 liftover.broadinstitute.org 了解有关原始服务的更多信息。

发布说明

v0.1.0-alpha (2025-04-22)

首次发布 alpha 版本，提供基本功能：

• ✨ 实现基本的 Liftover 功能
• 🎯 支持单个位置转换
• 🎯 支持区间转换
• 🎯 支持变异转换
• 🎯 支持 HGVS 表示法转换
• 📚 提供基础文档和使用示例

许可证

此 MCP 服务本身采用 Apache License 2.0 许可，详情请参阅 LICENSE 文件。

致谢

• liftover.broadinstitute.org
• FastMCP