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Nf-core tools MCP (Unofficial)

Nf-core tools MCP (Unofficial)

本地服务
github.com/FloWuenne科研与教育181 周前更新
代码仓库

关于 Nf-core tools MCP (Unofficial)

Nf-core tools MCP (Unofficial) 是面向 nf-core 工具及其流程和模块操作的实验性 MCP 服务，提供命令行和 Python 包两种实现。

主要功能

  1. 01基于 nf-core 模板创建流程
  2. 02列出 nf-core 模块
  3. 03基于模板创建模块
  4. 04将模块安装到流程或仓库
  5. 05命令行与 Python 实现

适用场景

  1. 01启动 nf-core 流程
  2. 02查找可用的 nf-core 模块
  3. 03将模块添加到流程或仓库

MCP 相关

它将 nf-core 流程和模块操作作为工具提供给 MCP 客户端，并提供命令行和 Python 两种服务实现。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

暂未收录安装方式

我们还没有获取到这个服务的安装包或远程地址，请按项目 README 中的说明安装。

代码仓库

工具

还没有获取到工具列表

本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。

详细介绍

Nf-core tools MCP（非官方）

一个用于试验 nf-core tools 功能的 MCP 仓库。

概述

此 MCP 提供了一套用于访问 nf-core tools 管线和模块的工具：

  • 使用 nf-core 模板创建管线
  • 列出 nf-core 模块
  • 使用 nf-core modules 模板创建模块
  • 将现有 nf-core 模块安装到管线或模块仓库中

为便于测试，工具通过命令行（cli）和直接调用 Python 包（python）两种方式实现。这两种实现各有一个 MCP 服务文件：

  1. nf-core.test-server.cli.py
  2. nf-core.test-server.python.py

安装

使用 FastMCP 安装以在 Claude Desktop 中使用
  1. 使用 uv 创建 venv：
uv venv
  1. 激活环境：
source .venv/bin/activate
  1. 添加所需的软件包：
uv add "mcp[cli]" nf-core
  1. 安装服务
fastmcp install nf-core.test-server.cli.py ## CLI server
fastmcp install nf-core.test-server.python.py ## Python based server
将服务添加到 Cursor
{
  "mcpServers": {
    "mix_server": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "[Full path to the server directory (this repo folder)]]",
        "run",
        "server.py"
      ]
    }
  }
}

评论

支持 Markdown

第一次接触 MCP？

从协议是什么，到在客户端里装上第一个服务，这几条回答覆盖了大多数入门问题。

一个开放协议，规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话，MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板，两者通过标准消息通信，同一个服务可以被不同客户端复用。