MCP Simple PubMed

MCP Simple PubMed

一个通过 Entrez API 提供 PubMed 文章访问功能的 MCP 服务。

功能

工具

• 搜索 PubMed - 使用关键词、MeSH 术语、作者姓名、日期范围和布尔运算符搜索数据库
• 获取全文 - 下载可用的全文（适用于 PubMed Central 中的开放获取文章）
• 访问摘要 - 通过资源 URI 获取文章摘要和元数据

提示词（v0.1.14 新增）

MCP 提示词可帮助你构建有效的 PubMed 搜索：

• 系统综述搜索 - 为系统综述生成全面的搜索策略，包含 MeSH 术语、同义词和日期筛选条件
• PICO 搜索 - 使用 PICO 框架（人群、干预、对照、结局）构建临床问题搜索
• 作者搜索 - 使用规范的姓名格式查找特定作者发表的所有文章

这些提示词会引导 AI 构建经过优化的 PubMed 查询，让你更轻松地开展全面的文献检索。

注意事项

请注意，该工具返回的全文为 XML 格式。不过，与“便于人类阅读”的文本相比，这种格式对 AI 更有用，因为它提供了有关文档结构的额外信息。至少 Claude 3.5 Sonnet 表示它更喜欢这种格式。

还请注意，该工具以及其他工具无法提供论文全文，并不一定是因为全文不可用。测试该工具时，我遇到一篇在 PubMed 上没有全文的论文。Claude 使用我们通过 DOI 获取的出版物 URL 并通过 fetch 访问时，收到了“forbidden”错误。不过，我可以通过常规浏览器访问同一个页面。

换句话说，如果你的 AI 助手无法通过此工具获取论文全文，不妨尝试使用常规网页浏览器手动访问。

最后，当然，该工具无法让你访问付费墙后的论文或付费论文。你或许可以通过所在图书馆的访问权限阅读这些论文；或者作为最后的手段，访问某个致力于免费提供公共资金资助研究成果的网站。

安装

通过 Smithery 安装

要通过 Smithery 自动为 Claude Desktop 安装 Simple PubMed：

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

手动安装

pip install mcp-simple-pubmed

配置

该服务需要以下环境变量：

• PUBMED_EMAIL：你的电子邮箱地址（NCBI 要求）
• PUBMED_API_KEY：可选 API 密钥，用于提高请求速率限制

标准速率限制为每秒 3 个请求。由于在典型使用场景中，AI 不太可能产生更多流量，因此未实现速率限制。如果需要，你可以注册 API 密钥，将请求速率提高到每秒 10 个。请阅读 NCBI 页面上的相关说明。

在 Claude Desktop 中使用

将以下内容添加到 Claude Desktop 配置文件（claude_desktop_config.json）中：

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "[email protected]",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

（Windows）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "[email protected]",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

macOS SSL 证书修复

如果你在 macOS 上遇到 SSL 证书验证错误（例如 [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain），需要安装正确的证书包：

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

将 3.13 替换为你的 Python 版本号。此脚本随从 python.org 下载的 Python 安装包一起提供。

你也可以在 Finder 中运行它：

如果在 Claude Desktop 打开时进行此更改，需要退出并重新启动它才能生效。

许可证

MIT License