Rdkit Chemical Informatics

MCP RDKit 项目

概述

mcp_rdkit 项目将 RDKit 库与 MCP（模型上下文协议）框架集成，提供高级化学信息学工具。它包含分子可视化、描述符计算以及与 MCP 服务交互等功能。

功能

• 分子可视化：使用 RDKit 生成分子图像。
• 描述符计算：计算分子量、logP 等分子描述符。
• MCP 服务集成：与 MCP 服务通信，以执行高级化学信息学任务。

项目结构

• mcp_rdkit/

  • __main__.py：应用程序的入口点。它会初始化 MCP 服务并以“stdio”模式运行。
  • rdkit_helper.py：包含 RDKit 操作的辅助函数，包括：
    • 将 PIL 图像转换为 base64。
    • 与 MCP 服务交互。
    • 使用 RDKit 进行化学计算。

• setup.py：打包和分发配置。

要求

• Python 3.8 或更高版本
• RDKit 库
• MCP 框架

安装

1. 使用 pip 安装软件包：

   pip install mcp-rdkit
   

2. 运行应用程序：

   python -m mcp_rdkit
   

演示

你可以将其直接集成到 Claude App 中：

用法

• 运行 MCP 服务： 应用程序会启动一个 MCP 服务，用于处理化学信息学任务。

• 生成分子图像： 使用 RDKit 辅助函数可视化分子。

• 计算描述符： 使用 RDKit 的描述符计算工具进行化学分析。

MCP 配置示例

若要通过 MCP 使用 RDKit 服务，请将以下配置添加到你的 mcp 配置文件中：

"rdkit-server": {
  "type": "stdio",
  "command": "python",
  "args": [
    "-m",
    "mcp_rdkit"
  ]
}

RDKIT MCP 已通过 MCP Review 认证并编入索引。