mosaic for drug target intelligence

mosaic-mcp

面向临床前药物靶点情报的 MCP 服务：提供靶点概况、 化合物、文献、结构、临床研发管线、验证先例和空白领域分析——共 11 个工具，其中 5 个免费，6 个 Pro。每项统计都附带覆盖状态，因此“我们没有查过”不会显示为零。

你想要哪一种？

此软件包需要自备数据库。 它只有 MCP 工具层—— 包含查询，不包含数据。你需要将其连接到自己管理的 PostgreSQL 实例， 该实例中需包含 Mosaic 架构，然后它便会基于该实例提供工具。Mosaic 知识图谱没有公开的只读凭据。

如果你想使用 Mosaic 精选的知识图谱——其中包含 60 个肿瘤学靶点、 与之关联的约 128K 个化合物、57,896 篇论文和 9,062 项临床试验 （统计日期：2026-10-07），每月更新——请使用托管服务。 无需数据库，也无需本地安装：

• Claude.ai 连接器（OAuth、Streamable HTTP）：https://mcp.getmosaic.dev/mcp
• 使用 API 密钥的远程 MCP（SSE）：https://mcp.getmosaic.dev/sse
• 登录、API 密钥，以及任意人类基因的按需档案：https://getmosaic.dev

快速开始（可自托管）

pip install mosaic-mcp

使用 Claude Desktop

将以下内容添加到你的 claude_desktop_config.json：

{
  "mcpServers": {
    "mosaic": {
      "command": "mosaic-mcp",
      "env": {
        "DATABASE_URL": "postgresql://USER:PASSWORD@YOUR-HOST:5432/mosaic_db?sslmode=require"
      }
    }
  }
}

使用 Claude Code

claude mcp add mosaic -- mosaic-mcp

独立运行

export DATABASE_URL="postgresql://..."   # your own Postgres
mosaic-mcp                               # stdio transport

uvx mosaic-mcp 和 python -m mosaic_mcp.server 也可以使用。此软件包 仅支持 stdio：使用 --transport sse 会因 NotImplementedError 而退出，因为 远程传输由上文的托管服务提供。

工具

免费（5 个）

工具	返回内容
mosaic_get_target_profile	靶点档案：生物学信息、已获批药物和临床药物、按 Open Targets 排名的疾病关联、验证证据、机构、评分——每个维度都附带覆盖状态
mosaic_get_target_compounds	对该靶点具有实测活性的化合物；可按效力排序（默认），也可按最高临床阶段排序
mosaic_get_target_papers	有关该靶点的论文；在数据库包含注释时，按 NCBI Gene ID（PubTator3）匹配，最多显示至声明的语料截止日期
mosaic_get_target_structure	AlphaFold 结构快照和口袋；如果口袋由低置信度残基构成，会显示警示
mosaic_get_coverage_grid	任意人类基因符号的覆盖网格：身份信息（HGNC）和结构（AlphaFold DB）可实时解析；其他维度标记为 queued

免费调用最多返回 10 个化合物或论文；Pro 最多返回 50 个。

Pro（6 个）

工具	返回内容
mosaic_clinical_pipeline	作用于该靶点的化合物相关临床试验（通过 ChEMBL 机制关联或 pChEMBL ≥ 6 确认）
mosaic_target_validation	实验先例：曾尝试过哪些方法，以及所用的模型系统
mosaic_pathway_context	该靶点参与的通路
mosaic_target_network	靶点的一阶邻域：化合物、疾病、通路、机构及相互作用蛋白
mosaic_synthetic_lethal_whitespace	与靶点存在功能耦合但药物活性较低的伙伴——已评估的候选对象与未评估的伙伴分开列出
mosaic_resistance_bypass_map	候选耐药旁路和逃逸靶点

mosaic_request_dossier 和 mosaic_get_dossier（按需生成档案）仅在托管服务上运行； 它们需要该服务的抓取和合成流程。

配置

变量	必填	描述
DATABASE_URL	是	自有实例的 PostgreSQL 连接字符串；路径必须指向存有 Mosaic 架构的数据库。
MOSAIC_TIER	否	在可自托管安装中，设为 pro（或 enterprise）即可启用 Pro 工具。
MOSAIC_API_KEY	否	在 stdio 模式下，任何值都会被视为 Pro；本地不会进行验证。密钥由托管服务验证。

更新日志

完整历史记录见 CHANGELOG.md。最新版本：2.1.1 — mosaic-mcp 命令再次可以启动（自 1.7.0 起因 ImportError 而无法启动）。2.1.0 将 mcp 版本限制在 2 以下，否则全新安装后会在导入时失败；该版本还包含对托管服务进行实时审计后发现的问题修复。

许可证

MCP 服务工具采用 Apache 2.0 许可证。托管知识图谱数据需订阅才能获得 Pro 级访问权限。