pubcrawl

---

✨ 什么是 PubCrawl？

PubCrawl 将你的 AI 助手（Claude Desktop、Cursor 或任何兼容 MCP 的客户端）直接连接到临床医生和研究人员实际使用的原始来源，让你可以用日常语言提问，并获得有 PubMed、Europe PMC、FDA/UK 药品标签和 ClinicalTrials.gov 作为依据的回答，其中包含可供验证的真实 PMID、NCT ID 和 DOI。

每个工具都是对官方 API 的轻量、确定性封装。内容绝不凭空捏造；每条结果都会注明来源。

其他 MCP 服务都做不到的事

询问 “比较 semaglutide 在美国和英国的标签”，PubCrawl 就会获取两份最新标签并映射对应章节——美国的 Indications and Usage ↔ 英国的 4.1 Therapeutic indications，依此类推——让差异清晰可见，而不是想当然：

	美国处方信息	英国 SmPC
适应症	血糖控制 · 对已确诊 CVD 的 T2D 患者 降低 MACE 风险 · 对患有 CKD 的 T2D 患者 降低持续性 eGFR 下降、ESKD 和 CV 死亡风险	仅用于血糖控制——CV 和肾脏结局仅作为 §4.4/4.5/5.1 的交叉引用出现，并非适应症
禁忌症	个人或家族 MTC 或 MEN 2 病史 · 过敏反应	仅过敏反应

在美国标签中获批的心血管声明，在英国却意味着一种未获批适应症。如果你为这两个市场撰写、审核或检查医疗文案，这一差异就是全部工作所在——而 compare_labels 是唯一能揭示这一点的 MCP 工具。

其他

• 🔬 文献、药品说明书和临床试验领域共 14 个工具
• 🧾 设计上可验证——结果链接回 DailyMed、eMC、PubMed 和 ClinicalTrials.gov
• 📰 通过 Europe PMC 获取预印本——展示正式发表前的研究成果
• 🆓 无需 API 密钥（可选的免费 NCBI 密钥可提高 PubMed 速率限制）
• 🧪 完全类型化、经过测试并通过 CI 检查——每次发布时，文献检索均由 OpenGATE 验证，药品说明书和试验则由仓库内的 保真度基准测试 验证

由 PharmaTools.AI 构建。

---

🚀 快速开始（60 秒）

1. 将 PubCrawl 添加到客户端配置中——无需安装，首次运行时由 npx 获取。

对于 Claude Desktop，编辑 claude_desktop_config.json：

• macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Windows： %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pharmatools/pubcrawl"]
    }
  }
}

2. 重启客户端。 PubCrawl 会出现在 + → 连接器 下。

3. 开始提问：

“比较阿托伐他汀在美国和英国的药品说明书，并查找近期针对该药物的 III 期试验。”

就是这么简单。→ 更多示例 · API 密钥及其他选项

---

🧰 工具

📚 文献

工具	功能
search_pubmed	按日期范围、文章类型和排序方式筛选并搜索 PubMed。返回 PMID、标题、作者、期刊和 DOI。
search_europepmc	搜索 Europe PMC——其收录范围比 PubMed 更广，也索引预印本（bioRxiv、medRxiv）和专利。每条结果都包含摘要片段、引用次数、开放获取状态和预印本标记。可筛选仅显示预印本或开放获取内容。
get_abstract	获取文章的完整结构化摘要——按带标签的章节（背景、方法、结果、结论）拆分，并附有关键词和 MeSH 主题词。
get_full_text	从 PubMed Central 获取开放获取文章的全文，包括解析后的章节、图表标题和参考文献计数。
find_related	使用 PubMed 的邻近算法查找相似文章，并按相关性得分排序。
format_citation	生成 APA、Vancouver、Harvard 或 BibTeX 格式的引文。
trending_papers	查找某个主题的近期论文，可选筛选 Nature、Science、Cell、NEJM、Lancet、JAMA 等高影响力期刊。

💊 药品说明书

工具	功能
resolve_drug_name	将商品名转换为通用名（或将通用名转换为美国商品名），并提供药物类别和常见适应症。通过 RxNorm/openFDA 确定性地处理，不使用 AI。
get_uspi	通过 openFDA 获取美国处方信息（引用来源为 DailyMed）中的章节——适应症、用法用量、警告、禁忌症等。
get_smpc	从 eMC 获取英国药品特性概要——相当于美国处方信息的英国版本，包含编号的 SmPC 章节。
compare_labels	并列比较同一药物在美国（USPI）和英国（SmPC）的药品说明书，并配对对应章节（美国适应症 ↔ 英国 4.1）。缺失的部分总会说明原因，被截断的章节会标记为 truncated，us_drug / uk_drug 可指定各市场使用的不同名称（Farxiga / Forxiga）。
search_by_indication	查找获批用于某种疾病的药物。通过 openFDA 搜索 FDA 药品说明书，然后交叉核对 eMC 上的英国可用情况。

🧫 临床试验

工具	功能
search_trials	搜索 ClinicalTrials.gov 上的临床试验。可按疾病、干预措施、招募状态和试验分期筛选。返回 NCT ID、申办方、受试者人数和链接。
get_trial	根据 NCT ID 获取临床试验的完整详情——入选标准、研究设计、试验组、主要/次要结局、地点及关联的 PubMed ID。

---

💬 示例

连接后，只需自然地提问：

文献

• “在 PubMed 中搜索近期关于 semaglutide 的临床试验。”
• “在 Europe PMC 中搜索关于 GLP-1 受体激动剂的预印本，并按引用次数从高到低排序。”
• “获取 PMID 38127654 的摘要，然后查找相关论文，并用 Vancouver 格式引用所有论文。”
• “本月 CRISPR 基因疗法领域有哪些热门论文？仅限高影响力期刊。”
• “提取那篇 PMC 文章的全文，并总结方法部分。”

药品标签

• “获取 metformin 的 FDA 处方信息——只要适应症和警告。”
• “提取 atorvastatin 的英国 SmPC。”
• “比较 lisinopril 在美国和英国的标签，并突出差异。”
• “Ozempic 的通用名和药物类别是什么？”
• “哪些药物同时获准在美国和英国用于治疗 2 型糖尿病？”

临床试验

• “查找正在招募的 pembrolizumab 乳腺癌 3 期试验。”
• “获取 NCT03086486 的入选标准和主要结局。”

跨来源（PubCrawl 的优势所在）

• “针对 semaglutide：总结美国标签中的心血管适应症，然后查找关键性试验及其 NEJM 论文。”

---

🏗 架构

分为三层——工具负责注册 MCP 接口，lib 客户端负责调用各个外部 API，共享的缓存和解析器则确保响应快速且一致。

每个工具文件都会导出一个 register*Tool(server) 函数，其中包含 zod schema 和异步处理程序。所有网络调用都会受到速率限制、缓存，并设有时间限制。完整的架构说明请参阅 CLAUDE.md，添加工具请参阅 CONTRIBUTING.md。

---

🔧 配置

安装选项

# Zero-install (recommended): npx fetches it on demand — see Quick start above.

# Or install globally:
npm install -g @pharmatools/pubcrawl

# Config for a global install:
#   { "mcpServers": { "pubcrawl": { "command": "pubcrawl" } } }

NCBI API 密钥（可选）

没有密钥时，PubMed 请求限制为每秒 3 次。免费密钥可将上限提高至每秒 10 次。

1. 在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/ 创建免费 NCBI 账户
2. 依次进入 Account Settings → API Key Management → 创建密钥
3. 将密钥添加到配置中：

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pharmatools/pubcrawl"],
      "env": { "NCBI_API_KEY": "your_key_here" }
    }
  }
}

HTTP 传输

PubCrawl 还提供无状态 Streamable HTTP 传输，供基于浏览器的客户端和托管客户端使用：

npm run start:http   # serves POST /mcp and GET /health on PORT (default 3000)

---

🗺 路线图

以下是计划内容的概要——完整列表请参阅 ROADMAP.md。

• get_europepmc_fulltext — 阅读由 search_europepmc 检索到的预印本和开放获取文章
• get_adverse_events — 使用 openFDA 查询 FAERS 不良事件
• 增加 EMA / EPAR 标签，以完善美国和英国的 compare_labels
• MeSH 查询辅助工具，让 PubMed 搜索更加精准
• 为常见综述工作流提供 MCP 资源和提示词

欢迎提出想法——提交问题。

---

🛠 开发

git clone https://github.com/nickjlamb/pubcrawl.git
cd pubcrawl
npm install

npm run dev      # TypeScript watch mode
npm run build    # compile to dist/
npm start        # run the stdio server
npm test         # Vitest unit suite
npm run lint     # ESLint

单元测试位于 tests/，使用固定数据负载测试解析、缓存、引用、格式化和标签配对逻辑（不发起网络调用）。CI 会在每次推送和拉取请求时依次运行 lint → test → build。初次接触此代码库？请从 CONTRIBUTING.md 开始。

测量保真度

npm run bench            # labelling + trials fidelity benchmark against the live sources
npm run bench -- --ci    # what the release gate runs: exit 1 if a verified case fails

每次发布和每周都会运行两道质量关卡。OpenGATE 的检索评分器会将 PubMed 和 Europe PMC 记录与人工核验的锚点进行比对。仓库内的保真度基准测试也会对药品标签和临床试验进行同样的比对：compare_labels 会与美国和英国锚点的金标准集合进行比对（某个短语必须出现在一方，而不能出现在另一方，这样才能揭示真实差异，而不是将其平滑处理），此外还会进行逐字核验，重新获取原始 openFDA 记录和 eMC 页面，并确认每个返回的句子都是源内容的子字符串。这两道关卡都不会使用 LLM 裁判。

---

📦 发布与更新日志

版本遵循语义化版本。完整历史请参阅更新日志，说明和资源请参阅发布版本。

🤝 参与贡献

欢迎并感谢贡献，包括错误报告、新数据源和新工具。请先阅读贡献指南以了解如何开始，然后提交问题或拉取请求。

📚 引用

如果 PubCrawl 为您发表的工作提供了支持，请引用它——参阅 CITATION.cff，或：

@software{lamb_pubcrawl,
  author    = {Lamb, Nick},
  title     = {PubCrawl: verifiable biomedical literature, drug labelling and clinical trials for AI assistants},
  year      = {2026},
  publisher = {Zenodo},
  doi       = {10.5281/zenodo.22101559},
  url       = {https://doi.org/10.5281/zenodo.22101559}
}

---

📄 许可证

MIT © PharmaTools.AI