opentargets

Open Targets MCP 服务

一个只读 MCP 服务，可通过 Open Targets Platform 探索靶点、疾病、药物和遗传证据。使用名称或 ID，检索支持证据，并探索药物再利用候选项。无需 Open Targets API 密钥。

安装

需要 uv。

Claude Code

claude mcp add opentargets -- uvx opentargets-mcp

Claude Desktop 和 Cursor：将以下内容添加到 claude_desktop_config.json（Settings → Developer → Edit Config）或 ~/.cursor/mcp.json，然后重启：

{
  "mcpServers": {
    "opentargets": {
      "command": "uvx",
      "args": ["opentargets-mcp"]
    }
  }
}

VS Code

code --add-mcp '{"name":"opentargets","command":"uvx","args":["opentargets-mcp"]}'

Codex

codex mcp add opentargets -- uvx opentargets-mcp

其他任何 stdio MCP 客户端的配置方式都相同：命令为 uvx，参数为 opentargets-mcp。

提示：

• 如果客户端报告 spawn uvx ENOENT，请使用 which uvx 查到的完整路径。
• 使用 opentargets-mcp@latest 作为参数，以获取新版本。
• 在 Apple Silicon 上，cryptography 构建错误可能意味着 uv 选用了 Intel（Rosetta）Python。uv python find 可作为初步排查线索；缓存的工具环境和桌面客户端可能使用不同的解释器。

你可以询问什么

• “哪些药物靶向 EGFR？它们的研发进展如何？”
• “哪些基因与哮喘的关联最强？”
• “展示 BRAF 与黑色素瘤之间的关联证据。”
• “为 2 型糖尿病推荐药物再利用候选项。”

可使用名称或 ID：基因符号、疾病和药物名称、rsID，或 Ensembl、MONDO 和 ChEMBL ID。如果名称匹配到多个实体，工具会列出候选项供你选择。

工具

共 68 个工具。运行 uvx opentargets-mcp --list-tools 查看完整列表。

领域	示例
靶点	get_target_info、get_target_known_drugs
疾病	get_disease_info、get_disease_associated_targets
药物	get_drug_info、get_drug_adverse_events
证据	get_target_disease_evidence
变异和研究	get_variant_info、get_credible_sets
搜索和查询	search_entities、map_ids
工作流	get_drug_repurposing_candidates
原始 GraphQL	graphql_query、graphql_schema

许多工具接受 fields（点分隔路径，例如 ["target.approvedSymbol"]），仅返回所需内容。对于精选工具未覆盖的内容，请使用 graphql_query。

证据结果会在可用时包含数据源 ID 和 PubMed 引用。使用 get_api_metadata，在分析中记录 Open Targets API 和数据发布版本。clinicalReportCount 统计的是报告记录数，而非唯一试验数；如需完整报告，请使用 graphql_query。

工作原理

flowchart LR
    A(["AI agent<br/>Claude · Codex · VS Code · Cursor"])

    subgraph S["opentargets-mcp"]
        direction TB
        S1["1. Resolve names to IDs"]
        S2["2. Run read-only queries"]
        S3["3. Return structured JSON"]
        S1 --> S2 --> S3
    end

    subgraph O["Open Targets Platform"]
        direction TB
        API["GraphQL API"]
        DB[("ChEMBL · GWAS Catalog<br/>ClinVar · Europe PMC · more")]
        API --- DB
    end

    A <-->|MCP| S
    S <-->|GraphQL| O

    classDef client fill:#e8f0fe,stroke:#4285f4,color:#1f2328
    classDef step fill:#ffffff,stroke:#34a853,color:#1f2328
    classDef data fill:#ffffff,stroke:#f9ab00,color:#1f2328
    class A client
    class S1,S2,S3 step
    class API,DB data
    style S fill:#e6f4ea,stroke:#34a853,color:#1f2328
    style O fill:#fef7e0,stroke:#f9ab00,color:#1f2328

用自然语言提问；服务会将名称转换为 Open Targets ID，执行只读查询并返回结构化结果。无需 API 密钥。

配置

默认设置适用于本地使用。如需更改，请设置环境变量或传入标志（uvx opentargets-mcp --help）：

变量	标志	默认值
MCP_TRANSPORT	--transport	stdio（也支持 http、sse）
FASTMCP_SERVER_HOST	--host	0.0.0.0
FASTMCP_SERVER_PORT	--port	8000
OPEN_TARGETS_API_URL	--api	https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
OPEN_TARGETS_RATE_LIMIT_RPS	--rate-limit-rps	0（关闭）；限制传入的 MCP 请求
OPEN_TARGETS_RATE_LIMIT_BURST	--rate-limit-burst	20

代理设置从 HTTPS_PROXY、HTTP_PROXY 和 NO_PROXY 中读取。

自托管

从源代码构建：

git clone https://github.com/nickzren/opentargets-mcp
cd opentargets-mcp
uv run opentargets-mcp

使用 Docker（通过端口 8000 提供 HTTP），在克隆的仓库目录中运行：

docker compose up -d --build

将 MCP 客户端连接到 http://localhost:8000/mcp。

开发

uv sync --extra dev
uv run ruff check src tests
uv run pytest -m "not live"   # offline
uv run pytest -m live         # calls the Open Targets API

示例脚本位于 examples/。

许可证

MIT