omophub-mcp

OMOPHub MCP 服务

为 AI Agent 提供医学词汇表。
搜索、映射和浏览 1,100 多万个 OMOP 概念：SNOMED CT、ICD-10、RxNorm、LOINC 等。可直接通过 Claude、Cursor、VS Code 或任何兼容 MCP 的客户端使用。

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为什么选择 OMOPHub MCP？

如今使用医学词汇表意味着要下载数 GB 的 CSV 文件，将其载入本地数据库，再编写 SQL 查找所需内容。每次都如此。

OMOPHub MCP 服务让你的 AI 助手即时访问整个 OHDSI ATHENA 词汇表。无需设置数据库，无需处理 CSV，无需切换上下文。直接提问即可。

You: "Map ICD-10 code E11.9 to SNOMED"

Claude: Found it - E11.9 (Type 2 diabetes mellitus without complications)
        maps to SNOMED concept 201826 (Type 2 diabetes mellitus)
        via standard 'Maps to' relationship.

使用场景：

• 概念查询 - 在几秒内查找临床术语对应的 OMOP 概念 ID
• 跨词汇表映射 - 在 ICD-10、SNOMED、RxNorm、LOINC 和 120 多种词汇表之间进行映射
• 层级浏览 - 探索祖先概念和后代概念，以定义表型
• 构建概念集 - 让你的 AI Agent 为队列定义组装完整的概念集
• 代码验证 - 验证医学代码并检查其标准映射

快速开始

1. 获取 API 密钥

在 omophub.com 注册 → 在控制面板中创建 API 密钥。

2. 添加到 AI 客户端

{
  "mcpServers": {
    "omophub": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@omophub/omophub-mcp"],
      "env": {
        "OMOPHUB_API_KEY": "oh_your_key_here"
      }
    }
  }
}

claude mcp add omophub -- npx -y @omophub/omophub-mcp
# Then set OMOPHUB_API_KEY in your environment

{
  "mcpServers": {
    "omophub": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@omophub/omophub-mcp"],
      "env": {
        "OMOPHUB_API_KEY": "oh_your_key_here"
      }
    }
  }
}

{
  "servers": {
    "omophub": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@omophub/omophub-mcp"],
      "env": {
        "OMOPHUB_API_KEY": "oh_your_key_here"
      }
    }
  }
}

# Start HTTP server on port 3100
npx -y @omophub/omophub-mcp --transport=http --port=3100 --api-key=oh_your_key_here

# MCP endpoint: http://localhost:3100/mcp
# Health check:  http://localhost:3100/health

claude mcp add omophub --transport http \
  -H "Authorization: Bearer oh_your_key_here" \
  https://mcp.omophub.com

{
  "servers": {
    "omophub": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.omophub.com",
      "headers": { "Authorization": "Bearer oh_your_key_here" }
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "omophub": {
      "url": "https://mcp.omophub.com",
      "headers": { "Authorization": "Bearer oh_your_key_here" }
    }
  }
}

# HTTP mode (default in Docker) - serves MCP on port 3100
docker run -e OMOPHUB_API_KEY=oh_your_key_here -p 3100:3100 omophub/omophub-mcp

# Stdio mode (for piping)
docker run -i -e OMOPHUB_API_KEY=oh_your_key_here omophub/omophub-mcp --transport=stdio

3. 开始提问

“2 型糖尿病的 OMOP 概念 ID 是什么？”

“将 ICD-10 代码 E11.9 映射到 SNOMED”

“显示 SNOMED 中 Diabetes mellitus 的所有后代概念”

可用工具

资源

提示词

示例提示词

查找概念 → search_concepts

"在 RxNorm 中搜索 metformin"

跨词汇映射 → map_concept

"我有 SNOMED 概念 201826——对应的 ICD-10 编码是什么？"

构建概念集 → search_concepts → get_hierarchy → map_concept

"帮我构建一个 2 型糖尿病概念集，包含所有后代概念"

完整性在这里至关重要。 map_concept 一次返回一页 （page_size 为 1-200，默认值为 100）。广泛使用的药物成分可能有远超 1,000 个 NDC 映射，因此单次调用得到的是样本，而非完整结果。检查 响应中的 has_more，并持续递增 page，直到其值为 false—— 否则概念集看起来完整，实际上却悄悄漏掉了一些编码。

使用 find_similar_concepts 进行探索，而非用于此目的：它基于嵌入相似度 排序，因此无法判断概念是否属于某个集合，也无法做到穷尽搜索，无论 page_size 设置得多大都一样。

验证编码 → get_concept_by_code → map_concept

"ICD-10 编码 E11.9 有效吗？它映射到 SNOMED 中的什么概念？"

语义搜索 → semantic_search

"查找与“心脏病发作”相关的概念"

探索概念 → explore_concept

"提供有关 SNOMED 概念 201826 的所有信息"

FHIR 到 OMOP 的解析 → fhir_resolve

"将 FHIR SNOMED 编码 44054006 解析到 OMOP——它应放在哪个表中？"

CodeableConcept → fhir_resolve_codeable_concept

"这个 CodeableConcept 同时包含 SNOMED 44054006 和 ICD-10 E11.9——用于 OMOP 时我应该选哪个？"

查找相似概念 → find_similar_concepts

"有哪些概念与“2 型糖尿病”相似？"

配置

环境变量

CLI 参数

# Stdio mode (default)
npx @omophub/omophub-mcp --api-key=oh_your_key --base-url=https://custom.api.com/v1

# HTTP mode
npx @omophub/omophub-mcp --transport=http --port=3100 --api-key=oh_your_key

# Stdio mode with standalone health endpoint
npx @omophub/omophub-mcp --api-key=oh_your_key --health-port=8080

健康检查端点（Docker / Kubernetes）

在 HTTP 模式下，健康检查端点位于 MCP 端点所在的同一端口，路径为 /health：

npx @omophub/omophub-mcp --transport=http --port=3100 --api-key=oh_your_key
curl http://localhost:3100/health
# → {"status":"ok","version":"1.5.0","uptime_seconds":42}

在 stdio 模式下，使用 --health-port 启用独立健康检查端点：

HEALTH_PORT=8080 OMOPHUB_API_KEY=oh_your_key npx @omophub/omophub-mcp
curl http://localhost:8080/health

Docker 镜像默认使用端口 3100 的 HTTP 模式，并内置健康检查。

开发

git clone https://github.com/OMOPHub/omophub-mcp.git
cd omophub-mcp
npm install
npm run build
npm test

本地运行：

OMOPHUB_API_KEY=oh_your_key npx tsx src/index.ts

故障排除

链接

• 文档
• 获取 API 密钥
• Python SDK
• 社区与支持

许可证

MIT - 参见 LICENSE